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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1dky | ||||||
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タイトル | THE SUBSTRATE BINDING DOMAIN OF DNAK IN COMPLEX WITH A SUBSTRATE PEPTIDE, DETERMINED FROM TYPE 2 NATIVE CRYSTALS | ||||||
要素 |
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キーワード | COMPLEX (MOLECULAR CHAPERONE/PEPTIDE) / DNAK (Hsp70) / HEAT SHOCK PROTEIN 70 KDA (HSP70) / COMPLEX (MOLECULAR CHAPERONE-PEPTIDE) / COMPLEX (MOLECULAR CHAPERONE-PEPTIDE) complex | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 stress response to copper ion / sigma factor antagonist activity / chaperone cofactor-dependent protein refolding / protein unfolding / cellular response to unfolded protein / protein folding chaperone / 封入体 / heat shock protein binding / ADP binding / ATP-dependent protein folding chaperone ...stress response to copper ion / sigma factor antagonist activity / chaperone cofactor-dependent protein refolding / protein unfolding / cellular response to unfolded protein / protein folding chaperone / 封入体 / heat shock protein binding / ADP binding / ATP-dependent protein folding chaperone / unfolded protein binding / response to heat / protein-folding chaperone binding / protein refolding / protein-containing complex assembly / DNA複製 / ATP hydrolysis activity / protein-containing complex / zinc ion binding / ATP binding / 生体膜 / 細胞膜 / 細胞質基質 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Escherichia coli (大腸菌) | ||||||
手法 | X線回折 / 解像度: 2.8 Å | ||||||
データ登録者 | Zhu, X. / Zhao, X. / Burkholder, W.F. / Gragerov, A. / Ogata, C.M. / Gottesman, M.E. / Hendrickson, W.A. | ||||||
引用 | ジャーナル: Science / 年: 1996 タイトル: Structural analysis of substrate binding by the molecular chaperone DnaK. 著者: Zhu, X. / Zhao, X. / Burkholder, W.F. / Gragerov, A. / Ogata, C.M. / Gottesman, M.E. / Hendrickson, W.A. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1dky.cif.gz | 85.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1dky.ent.gz | 65.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1dky.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dk/1dky ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dk/1dky | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 23806.750 Da / 分子数: 2 / 断片: SUBSTRATE BINDING DOMAIN / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A6Y8 #2: タンパク質・ペプチド | 分子量: 786.941 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.07 Å3/Da / 溶媒含有率: 43 % | |||||||||||||||
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結晶化 | *PLUS pH: 7 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: or dialysis | |||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
放射 | 散乱光タイプ: x-ray |
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放射波長 | 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.8→20 Å / Num. obs: 9117 / % possible obs: 85.2 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 37 % |
反射 | *PLUS Num. measured all: 23005 / Rmerge(I) obs: 0.043 |
反射 シェル | *PLUS 最高解像度: 2.8 Å / 最低解像度: 3 Å / % possible obs: 61.6 % / Rmerge(I) obs: 0.116 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 2.8→8 Å / σ(F): 2
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原子変位パラメータ | Biso mean: 30.29 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.8→8 Å
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拘束条件 |
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精密化 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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