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- PDB-1dfl: SCALLOP MYOSIN S1 COMPLEXED WITH MGADP:VANADATE-TRANSITION STATE -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1dfl
タイトルSCALLOP MYOSIN S1 COMPLEXED WITH MGADP:VANADATE-TRANSITION STATE
要素(MYOSIN HEAD) x 3
キーワードCONTRACTILE PROTEIN / MYOSIN MOTOR / CONFORMATIONAL CHANGES
機能・相同性
機能・相同性情報


myosin filament / myosin complex / myofibril / cytoskeletal motor activity / actin filament binding / calmodulin binding / calcium ion binding / ATP binding
類似検索 - 分子機能
EF-hand domain / DNA repair protein XRCC4-like, C-terminal / Myosin tail / Myosin tail / Myosin N-terminal SH3-like domain / Myosin S1 fragment, N-terminal / Myosin, N-terminal, SH3-like / Myosin N-terminal SH3-like domain profile. / Short calmodulin-binding motif containing conserved Ile and Gln residues. / Myosin head, motor domain ...EF-hand domain / DNA repair protein XRCC4-like, C-terminal / Myosin tail / Myosin tail / Myosin N-terminal SH3-like domain / Myosin S1 fragment, N-terminal / Myosin, N-terminal, SH3-like / Myosin N-terminal SH3-like domain profile. / Short calmodulin-binding motif containing conserved Ile and Gln residues. / Myosin head, motor domain / Myosin head (motor domain) / Myosin motor domain profile. / Myosin. Large ATPases. / IQ motif profile. / IQ motif, EF-hand binding site / Kinesin motor domain superfamily / EF-hand domain pair / EF-hand, calcium binding motif / EF-Hand 1, calcium-binding site / EF-hand calcium-binding domain. / EF-hand calcium-binding domain profile. / EF-hand domain / EF-hand domain pair / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / VANADATE ION / Myosin essential light chain, striated adductor muscle / Myosin regulatory light chain, striated adductor muscle / Myosin heavy chain, striated muscle
類似検索 - 構成要素
生物種Argopecten irradians (無脊椎動物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 4.2 Å
データ登録者Houdusse, A. / Szent-Gyorgyi, A.G. / Cohen, C.
引用
ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2000
タイトル: Three conformational states of scallop myosin S1.
著者: Houdusse, A. / Szent-Gyorgyi, A.G. / Cohen, C.
#1: ジャーナル: Cell(Cambridge,Mass.) / 年: 1999
タイトル: Atomic Structure of Scallop Myosin Subfragment S1 Complexed with Mgadp: A Novel Conformation of the Myosin Head.
著者: Houdusse, A. / Kalabokis, V.N. / Himmel, D. / Szent-Gyorgyi, A.G. / Cohen, C.
#2: ジャーナル: Structure / 年: 1996
タイトル: Structure of the Regulatory Domain of Scallop Myosin at 2 A Resolution: Implications for Regulation.
著者: Houdusse, A. / Cohen, C.
履歴
登録1999年11月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02000年10月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32018年1月31日Group: Experimental preparation / カテゴリ: exptl_crystal_grow / Item: _exptl_crystal_grow.temp
改定 1.42024年2月7日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: MYOSIN HEAD
Y: MYOSIN HEAD
Z: MYOSIN HEAD
B: MYOSIN HEAD
W: MYOSIN HEAD
X: MYOSIN HEAD
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)257,10816
ポリマ－255,8466
非ポリマー1,26210
水0
1
A: MYOSIN HEAD
Y: MYOSIN HEAD
Z: MYOSIN HEAD
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)128,5548
ポリマ－127,9233
非ポリマー6315
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: MYOSIN HEAD
W: MYOSIN HEAD
X: MYOSIN HEAD
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)128,5548
ポリマ－127,9233
非ポリマー6315
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)53.032, 243.475, 124.650
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 100.20, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

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タンパク質 , 3種, 6分子 ABYWZX

#1: タンパク質 MYOSIN HEAD /


分子量: 94843.883 Da / 分子数: 2 / 断片: HEAVY CHAIN / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Argopecten irradians (無脊椎動物) / 組織: SKELETAL MUSCLE骨格筋 / 参照: UniProt: P24733
#2: タンパク質 MYOSIN HEAD /


分子量: 15914.102 Da / 分子数: 2 / 断片: REGULATORY LIGHT CHAIN / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Argopecten irradians (無脊椎動物) / 組織: SKELETAL MUSCLE骨格筋 / 参照: UniProt: P13543
#3: タンパク質 MYOSIN HEAD /


分子量: 17165.070 Da / 分子数: 2 / 断片: ESSENTIAL LIGHT CHAIN / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Argopecten irradians (無脊椎動物) / 組織: SKELETAL MUSCLE骨格筋 / 参照: UniProt: P07291

-
非ポリマー , 4種, 10分子

#4: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 化合物 ChemComp-VO4 / VANADATE ION / バナジン酸塩


分子量: 114.939 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: VO4
#6: 化合物 ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP / アデノシン二リン酸


分子量: 427.201 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O10P2 / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
#7: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.09 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.25 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6
詳細: PEG 8000, MES, pH 6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 4K
結晶化
*PLUS
詳細: drop consists of equal amounts of protein and reservoir solutions
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
120 mg/mlprotein1drop
250 mMcacodylate1reservoir
350 mMammonium sulfate1reservoir
410 mM1reservoirMgCl2
515 %(v/v)glycerol1reservoir
67 %(v/v)PEG80001reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CHESS / ビームライン: A1 / 波長: 0.9
検出器検出器: CCD
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.8→40 Å / Num. obs: 426824 / % possible obs: 95.5 % / Biso Wilson estimate: 30 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.098 / Net I/σ(I): 20.4
反射 シェル解像度: 3.8→3.87 Å / 冗長度: 2.5 % / Rmerge(I) obs: 0.216 / % possible all: 80.9
反射
*PLUS
最高解像度: 3.8 Å / 最低解像度: 40 Å / Num. obs: 29173 / Biso Wilson estimate: 30 Å2 / Num. measured all: 426824
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 80.9 %

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
AMoRE位相決定
CNS精密化
DENZOデータ削減
CCP4(TRUNCATE)データスケーリング
精密化解像度: 4.2→20 Å / σ(F): 1
詳細: AT THIS RESOLUTION, WE PERFORMED ONLY A RIGID BODY REFINEMENT. NO POSITIONAL REFINEMENT WAS DONE.
Rfactor反射数%反射
Rfree0.4 1128 -
Rwork0.394 --
obs0.394 22179 95 %
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 4.2→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10430 0 70 0 10500
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.019
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg2.3
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it
ソフトウェア
*PLUS
名称: CNS / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最高解像度: 3.8 Å
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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