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万見
- PDB-1dd5: CRYSTAL STRUCTURE OF THERMOTOGA MARITIMA RIBOSOME RECYCLING FACTO... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1dd5
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF THERMOTOGA MARITIMA RIBOSOME RECYCLING FACTOR, RRF
要素RIBOSOME RECYCLING FACTOR
キーワードRIBOSOME (リボソーム) / THREE-HELIX BUNDLE (ヘリックスバンドル) / BETA-ALPHA-BETA SANDWICH
機能・相同性
機能・相同性情報


cytoplasmic translational termination / ribosomal large subunit binding / 翻訳 (生物学) / 細胞質基質 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Ribosome-recycling factor / Ribosome recycling factor / Ribosome recycling factor domain / RRF superfamily / Ribosome recycling factor / Gyrase A; domain 2 - #40 / Topoisomerase I; Chain A, domain 4 / Gyrase A; domain 2 / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle ...Ribosome-recycling factor / Ribosome recycling factor / Ribosome recycling factor domain / RRF superfamily / Ribosome recycling factor / Gyrase A; domain 2 - #40 / Topoisomerase I; Chain A, domain 4 / Gyrase A; domain 2 / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
酢酸 / Ribosome-recycling factor
類似検索 - 構成要素
生物種Thermotoga maritima (テルモトガ・マリティマ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.55 Å
データ登録者Selmer, M. / Al-Karadaghi, S. / Hirokawa, G. / Kaji, A. / Liljas, A.
引用
ジャーナル: Science / 年: 1999
タイトル: Crystal structure of Thermotoga maritima ribosome recycling factor: a tRNA mimic.
著者: Selmer, M. / Al-Karadaghi, S. / Hirokawa, G. / Kaji, A. / Liljas, A.
#1: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 1999
タイトル: Crystallization and Preliminary X-ray Analysis of Thermotoga Maritima Ribosome Recycling Factor
著者: Selmer, M. / Al-Karadaghi, S. / Hirokawa, G. / Kaji, A. / Liljas, A.
#2: ジャーナル: To be Published
タイトル: Cloning and Overexpression of Thermotoga Maritima RRF
著者: Atarashi, K. / Kaji, A.
履歴
登録1999年11月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.01999年12月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32018年3月7日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 1.42024年2月7日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: RIBOSOME RECYCLING FACTOR
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,6683
ポリマ－21,5481
非ポリマー1202
水1,17165
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)47.250, 47.250, 297.550
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number96
Space group name H-MP43212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-238-

HOH

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要素

#1: タンパク質 RIBOSOME RECYCLING FACTOR /


分子量: 21548.021 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermotoga maritima (テルモトガ・マリティマ)
プラスミド: PET-11A / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)PLYSS / 参照: UniProt: Q9X1B9
#2: 化合物 ChemComp-ACY / ACETIC ACID / 酢酸 / 酢酸


分子量: 60.052 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H4O2
#3: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 65 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.86 Å3/Da / 溶媒含有率: 68 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 5.5
詳細: ammonium sulfate, acetate, glycerol , pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, temperature 298K
結晶化
*PLUS
pH: 7.6 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: drop consists of equal volume of protein and reservoir solutions
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
15 mg/mlprotein1drop
210 mMTris-HCl1drop
350 mM1dropNH4Cl
40.5 mMdithiothreitol1drop
50.1 Msodium acetate1reservoir
62.0 Mammonium sulfate1reservoir

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21001
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)波長
シンクロトロンESRF BM1410.9786,0.9788,0.9184
シンクロトロンMAX II I71120.947
検出器
タイプID検出器日付
MARRESEARCH1IMAGE PLATE1999年3月27日
MARRESEARCH2IMAGE PLATE1999年1月13日
放射プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.97861
20.97881
30.91841
40.9471
反射解像度: 2.55→30 Å / Num. all: 11927 / Num. obs: 11648 / % possible obs: 97.4 % / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 6.7 % / Biso Wilson estimate: 50.7 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.049 / Net I/σ(I): 27
反射 シェル解像度: 2.55→2.65 Å / 冗長度: 5.8 % / Rmerge(I) obs: 0.153 / Mean I/σ(I) obs: 9.5 / Num. unique all: 1261 / % possible all: 91.8
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 91.8 %

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
MLPHARE位相決定
CNS精密化
CCP4(SCALA)データスケーリング
精密化解像度: 2.55→30 Å / Rfactor Rfree error: 0.011 / Data cutoff high rms absF: 1478170 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber / 詳細: Solved by selenomethionine MAD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.277 597 5 %RANDOM
Rwork0.23 ---
all0.232 11878 --
obs0.232 11878 99.3 %-
溶媒の処理溶媒モデル: flat model / Bsol: 23.6 Å2 / ksol: 0.331 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 40.8 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.44 Å0.35 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.41 Å0.35 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.55→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1504 0 0 73 1577
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.3
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.006
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d22.3
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.96
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it3.820.75
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it5.361
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it11.212
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it13.182.5
LS精密化 シェル解像度: 2.55→2.71 Å / Rfactor Rfree error: 0.04 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.398 100 5.2 %
Rwork0.345 1808 -
obs--99.1 %
ソフトウェア
*PLUS
名称: CNS / 分類: refinement
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg22.3
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg0.96

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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