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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1dad | ||||||
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タイトル | DETHIOBIOTIN SYNTHETASE COMPLEXED WITH ADP | ||||||
要素 | DETHIOBIOTIN SYNTHETASE | ||||||
キーワード | LIGASE (リガーゼ) / BIOTIN BIOSYNTHESIS / MAGNESIUM (マグネシウム) / ATP-BINDING | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 デチオビオチン合成酵素 / dethiobiotin synthase activity / biotin biosynthetic process / magnesium ion binding / protein homodimerization activity / ATP binding / 細胞質基質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Escherichia coli (大腸菌) | ||||||
手法 | X線回折 / 解像度: 1.6 Å | ||||||
データ登録者 | Huang, W. / Jia, J. / Schneider, G. / Lindqvist, Y. | ||||||
引用 | ジャーナル: Biochemistry / 年: 1995 タイトル: Mechanism of an ATP-dependent carboxylase, dethiobiotin synthetase, based on crystallographic studies of complexes with substrates and a reaction intermediate. 著者: Huang, W. / Jia, J. / Gibson, K.J. / Taylor, W.S. / Rendina, A.R. / Schneider, G. / Lindqvist, Y. #1: ジャーナル: Structure / 年: 1994 タイトル: Crystal Structure of an ATP-Dependent Carboxylase, Dethiobiotin Synthetase, at 1.65 A Resolution 著者: Huang, W. / Lindqvist, Y. / Schneider, G. / Gibson, K.J. / Flint, D. / Lorimer, G. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1dad.cif.gz | 57.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1dad.ent.gz | 41.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1dad.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/da/1dad ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/da/1dad | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 24028.289 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P13000, デチオビオチン合成酵素 |
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#2: 化合物 | ChemComp-ADP / |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.21 Å3/Da / 溶媒含有率: 34 % | ||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | *PLUS 温度: 20 ℃ / pH: 6.5 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 | ||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
放射光源 | 波長: 1.5418 |
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検出器 | タイプ: RIGAKU / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1994年5月3日 |
放射 | 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | Num. obs: 25367 / % possible obs: 87 % / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.051 |
反射 | *PLUS 最高解像度: 1.6 Å / Num. measured all: 91245 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 1.6→6 Å / σ(F): 1 /
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原子変位パラメータ | Biso mean: 27.1 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.6→6 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: X-PLOR / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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