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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1d4x | ||||||
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タイトル | Crystal Structure of Caenorhabditis Elegans Mg-ATP Actin Complexed with Human Gelsolin Segment 1 at 1.75 A resolution. | ||||||
要素 |
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キーワード | CONTRACTILE PROTEIN / ACTIN (アクチン) / GELSOLIN S1 / C.ELEGANS (カエノラブディティス・エレガンス) / MG-ATP | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 striated muscle atrophy / regulation of establishment of T cell polarity / regulation of plasma membrane raft polarization / regulation of receptor clustering / renal protein absorption / positive regulation of keratinocyte apoptotic process / positive regulation of protein processing in phagocytic vesicle / positive regulation of actin nucleation / phosphatidylinositol 3-kinase catalytic subunit binding / positive regulation of cysteine-type endopeptidase activity involved in apoptotic signaling pathway ...striated muscle atrophy / regulation of establishment of T cell polarity / regulation of plasma membrane raft polarization / regulation of receptor clustering / renal protein absorption / positive regulation of keratinocyte apoptotic process / positive regulation of protein processing in phagocytic vesicle / positive regulation of actin nucleation / phosphatidylinositol 3-kinase catalytic subunit binding / positive regulation of cysteine-type endopeptidase activity involved in apoptotic signaling pathway / actin cap / sequestering of actin monomers / regulation of podosome assembly / myosin II binding / negative regulation of viral entry into host cell / actin filament severing / actin filament capping / barbed-end actin filament capping / actin filament depolymerization / actin polymerization or depolymerization / cell projection assembly / cardiac muscle cell contraction / podosome / 筋形質 / Sensory processing of sound by outer hair cells of the cochlea / embryo development ending in birth or egg hatching / relaxation of cardiac muscle / cortical actin cytoskeleton organization / phagocytosis, engulfment / cortical actin cytoskeleton / hepatocyte apoptotic process / mitotic cytokinesis / cilium assembly / Caspase-mediated cleavage of cytoskeletal proteins / phagocytic vesicle / phosphatidylinositol-4,5-bisphosphate binding / response to muscle stretch / actin filament polymerization / central nervous system development / actin filament organization / protein destabilization / structural constituent of cytoskeleton / cellular response to type II interferon / actin filament binding / マイクロフィラメント / lamellipodium / actin binding / blood microparticle / secretory granule lumen / ficolin-1-rich granule lumen / amyloid fibril formation / 細胞骨格 / Amyloid fiber formation / focal adhesion / calcium ion binding / Neutrophil degranulation / positive regulation of gene expression / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / ATP binding / 細胞膜 / 細胞質基質 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Caenorhabditis elegans (センチュウ) Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 1.75 Å | ||||||
データ登録者 | Vorobiev, S. / Ono, S. / Almo, S.C. | ||||||
引用 | ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.Usa / 年: 2003 タイトル: The structure of nonvertebrate actin: implications for the ATP hydrolytic mechanism. 著者: Vorobiev, S. / Strokopytov, B. / Drubin, D.G. / Frieden, C. / Ono, S. / Condeelis, J. / Rubenstein, P.A. / Almo, S.C. #1: ジャーナル: Nature / 年: 1993 タイトル: Structure of gelsolin segment 1-actin complex and mechanosm of filament severing 著者: McLaughlin, P.J. / Gooch, J.T. / Mannherz, H.-G. / Weeds, A.G. #2: ジャーナル: Nature / 年: 1990 タイトル: Atomic structure of the actin:DNase I complex 著者: Kabsch, W. / Mannherz, H.-G. / Suck, D. / Pai, E.F. / Holmes, K.C. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1d4x.cif.gz | 123.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1d4x.ent.gz | 93.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1d4x.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/d4/1d4x ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/d4/1d4x | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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2 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
-タンパク質 , 2種, 2分子 AG
#1: タンパク質 | 分子量: 41710.492 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Caenorhabditis elegans (センチュウ) 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P10983, UniProt: P0DM41*PLUS |
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#2: タンパク質 | 分子量: 14201.010 Da / 分子数: 1 / Fragment: SEGMENT 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P06396 |
-非ポリマー , 6種, 507分子
#3: 化合物 | ChemComp-MG / |
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#4: 化合物 | ChemComp-SO4 / |
#5: 化合物 | ChemComp-ATP / |
#6: 化合物 | ChemComp-SO2 / |
#7: 化合物 | ChemComp-CA / |
#8: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.01 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.14 % | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 詳細: 100 MM TRIS-HCL, PH 8.0, 2 MM MG-ATP, 1.60 M LI2SO4,, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X9B / 波長: 1.072 |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 1999年1月1日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.072 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.75→25 Å / Num. all: 64713 / Num. obs: 64713 / % possible obs: 96.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.91 % / Biso Wilson estimate: 17.041 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.041 / Net I/σ(I): 24.2 |
反射 シェル | 解像度: 1.75→1.81 Å / 冗長度: 2.57 % / Rmerge(I) obs: 0.102 / % possible all: 88.3 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 88.3 % |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 1.75→23.2 Å / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: R. A. ENGH AND R. HUBER
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.75→23.2 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: X-PLOR / バージョン: 3.851 / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS 最低解像度: 25 Å / Rfactor Rwork: 0.199 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS Biso mean: 24.14 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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