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- PDB-1cxp: CRYOGENIC CRYSTAL STRUCTURE OF HUMAN MYELOPEROXIDASE ISOFORM C -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1cxp
タイトルCRYOGENIC CRYSTAL STRUCTURE OF HUMAN MYELOPEROXIDASE ISOFORM C
要素(MYELOPEROXIDASEミエロペルオキシダーゼ) x 2
キーワードOXIDOREDUCTASE (酸化還元酵素) / HEME-PROTEIN / PEROXIDASE (ペルオキシダーゼ)
機能・相同性
機能・相同性情報


ミエロペルオキシダーゼ / hypochlorous acid biosynthetic process / Events associated with phagocytolytic activity of PMN cells / phagocytic vesicle lumen / response to gold nanoparticle / response to yeast / respiratory burst involved in defense response / low-density lipoprotein particle remodeling / response to food / アズール顆粒 ...ミエロペルオキシダーゼ / hypochlorous acid biosynthetic process / Events associated with phagocytolytic activity of PMN cells / phagocytic vesicle lumen / response to gold nanoparticle / response to yeast / respiratory burst involved in defense response / low-density lipoprotein particle remodeling / response to food / アズール顆粒 / removal of superoxide radicals / defense response to fungus / response to mechanical stimulus / peroxidase activity / hydrogen peroxide catabolic process / 分泌 / defense response / azurophil granule lumen / heparin binding / response to oxidative stress / response to lipopolysaccharide / リソソーム / defense response to bacterium / intracellular membrane-bounded organelle / chromatin binding / heme binding / Neutrophil degranulation / negative regulation of apoptotic process / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / 核質 / metal ion binding / 細胞核
類似検索 - 分子機能
Myeloperoxidase, subunit C / Haem peroxidase domain superfamily, animal type / Haem peroxidase, animal-type / Haem peroxidase domain superfamily, animal type / Animal haem peroxidase / Animal heme peroxidase superfamily profile. / Peroxidases proximal heme-ligand signature. / Haem peroxidase superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
酢酸塩 / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / ミエロペルオキシダーゼ
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Fiedler, T.J. / Fenna, R.E.
引用
ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2000
タイトル: X-ray crystal structure and characterization of halide-binding sites of human myeloperoxidase at 1.8 A resolution.
著者: Fiedler, T.J. / Davey, C.A. / Fenna, R.E.
#1: ジャーナル: Arch.Biochem.Biophys. / 年: 1995
タイトル: Structure of the Green Heme in Myeloperoxidase
著者: Fenna, R. / Zeng, J. / Davey, C.
#2: ジャーナル: Biochemistry / 年: 1996
タイトル: 2.3 Angstrom Resolution X-Ray Crystal Structure of the Bisubstrate Analogue Inhibitor Salicylhydroxamic Acid Bound to Human Myeloperoxidase: A Model for a Prereaction Complex with Hydrogen Peroxide
著者: Davey, C.A. / Fenna, R.E.
#3: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1992
タイトル: X-Ray Crystal Structure of Canine Myeloperoxidase at 3 Angstrom Resolution
著者: Zeng, J. / Fenna, R.E.
#4: ジャーナル: Biochem.Biophys.Res.Commun. / 年: 1994
タイトル: Site-Directed Mutagenesis of Human Myeloperoxidase: Further Identification of Residues Involved in Catalytic Activity and Heme Interaction
著者: Jacquet, A. / Garcia-Quintana, L. / Deleersnyder, V. / Fenna, R. / Bollen, A. / Moguilevsky, N.
履歴
登録1999年8月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02000年4月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_conn_angle / struct_asym / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.occupancy / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_PDB_ins_code / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_PDB_ins_code / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: MYELOPEROXIDASE
C: MYELOPEROXIDASE
B: MYELOPEROXIDASE
D: MYELOPEROXIDASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)135,30025
ポリマ－130,2754
非ポリマー5,02521
水15,097838
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
2
A: MYELOPEROXIDASE
C: MYELOPEROXIDASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)67,69813
ポリマ－65,1382
非ポリマー2,56111
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area15250 Å2
ΔGint-95 kcal/mol
Surface area22990 Å2
手法PISA
3
B: MYELOPEROXIDASE
D: MYELOPEROXIDASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)67,60212
ポリマ－65,1382
非ポリマー2,46510
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area14960 Å2
ΔGint-85 kcal/mol
Surface area22900 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)111.030, 63.380, 92.170
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 97.36, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper: (Code: given
Matrix: (-0.60975, 0.67889, -0.40903), (0.68132, 0.18528, -0.70815), (-0.40497, -0.71048, -0.57552)
ベクター: 48.06874, -6.94558, 34.28273)

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要素

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タンパク質 , 2種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質 MYELOPEROXIDASE / ミエロペルオキシダーゼ


分子量: 11903.343 Da / 分子数: 2 / 断片: LIGHT CHAIN / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / Cell: NEUTROPHIL / 組織: BLOOD血液 / 参照: UniProt: P05164, ペルオキシダーゼ
#2: タンパク質 MYELOPEROXIDASE / ミエロペルオキシダーゼ


分子量: 53234.191 Da / 分子数: 2 / 断片: HEAVY CHAIN / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / Cell: NEUTROPHIL / 組織: BLOOD血液 / 参照: UniProt: P05164, ペルオキシダーゼ

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糖 , 2種, 6分子

#3: 多糖 alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2- ...alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharideオリゴ糖 / 分子量: 1056.964 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpa1-3[DManpa1-6]DManpb1-4DGlcpNAcb1-4[LFucpa1-6]DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/4,6,5/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5][a1221m-1a_1-5]/1-1-2-3-3-4/a4-b1_a6-f1_b4-c1_c3-d1_c6-e1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{}[(6+1)][a-D-Manp]{}}}[(6+1)][a-L-Fucp]{}}}LINUCSPDB-CARE
#7: 糖
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン / N-アセチルグルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

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非ポリマー , 6種, 853分子

#4: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド / 塩化物


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン / 硫酸塩


分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#6: 化合物 ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME / Heme B


分子量: 616.487 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4
#8: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#9: 化合物
ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン / 酢酸塩


分子量: 59.044 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#10: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 838 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.47 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.14 %
結晶化手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: POLYETHYLENE GLYCOL 8000, AMMONIUM SULFATE, SODIUM ACETATE, CALCIUM CHLORIDE, pH 5.50, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP
結晶化
*PLUS
pH: 5.5
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
120 mg/mlMPO1drop
250 mMsodium acetate1drop
350 mMammonium sulfate1drop
42 mM1dropCaCl2
56 %(w/v)PEG80001drop
622-25 %(w/v)PEG80001reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 85 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU300 / 波長: 1.5418
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1997年5月13日 / 詳細: LONG FOCUSING MIRRORS, ADSC
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.75→50 Å / Num. obs: 128125 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.1 % / Biso Wilson estimate: 16.82 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.053 / Net I/σ(I): 12.6
反射 シェル解像度: 1.75→1.81 Å / 冗長度: 3.9 % / Rmerge(I) obs: 0.22 / Mean I/σ(I) obs: 5.92 / % possible all: 99.4
反射
*PLUS
最高解像度: 1.75 Å / 最低解像度: 50 Å / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.1 % / Num. measured all: 525526
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 99.4 % / 冗長度: 3.9 % / Rmerge(I) obs: 0.22 / Mean I/σ(I) obs: 5.92

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
X-PLORモデル構築
X-PLOR3.851精密化
X-PLOR位相決定
精密化解像度: 1.8→30 Å / σ(F): 2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.239 5714 5 %
Rwork0.197 --
obs0.197 113220 96.1 %
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.22 Å0.18 Å
Luzzati d res low-5 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9142 0 327 838 10307
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.013
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.23
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it
Refine LS restraints NCSNCS model details: MATRIX 1 RELATES CHAIN A TO CHAIN B
LS精密化 シェル解像度: 1.8→1.86 Å / Total num. of bins used: 10
Rfactor反射数%反射
Rfree0.292 512 5 %
Rwork0.266 9904 -
obs--88.65 %
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / バージョン: 3.851 / 分類: refinement
LS精密化 シェル
*PLUS
Rfactor Rfree: 0.292 / Rfactor Rwork: 0.266 / Rfactor obs: 0.266

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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