+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1cxp | |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | CRYOGENIC CRYSTAL STRUCTURE OF HUMAN MYELOPEROXIDASE ISOFORM C | |||||||||
要素 | (MYELOPEROXIDASEミエロペルオキシダーゼ) x 2 | |||||||||
キーワード | OXIDOREDUCTASE (酸化還元酵素) / HEME-PROTEIN / PEROXIDASE (ペルオキシダーゼ) | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 ミエロペルオキシダーゼ / hypochlorous acid biosynthetic process / Events associated with phagocytolytic activity of PMN cells / phagocytic vesicle lumen / response to gold nanoparticle / response to yeast / respiratory burst involved in defense response / low-density lipoprotein particle remodeling / response to food / アズール顆粒 ...ミエロペルオキシダーゼ / hypochlorous acid biosynthetic process / Events associated with phagocytolytic activity of PMN cells / phagocytic vesicle lumen / response to gold nanoparticle / response to yeast / respiratory burst involved in defense response / low-density lipoprotein particle remodeling / response to food / アズール顆粒 / removal of superoxide radicals / defense response to fungus / response to mechanical stimulus / peroxidase activity / hydrogen peroxide catabolic process / 分泌 / defense response / azurophil granule lumen / heparin binding / response to oxidative stress / response to lipopolysaccharide / リソソーム / defense response to bacterium / intracellular membrane-bounded organelle / chromatin binding / heme binding / Neutrophil degranulation / negative regulation of apoptotic process / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / 核質 / metal ion binding / 細胞核 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | |||||||||
手法 | X線回折 / 解像度: 1.8 Å | |||||||||
データ登録者 | Fiedler, T.J. / Fenna, R.E. | |||||||||
引用 | ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2000 タイトル: X-ray crystal structure and characterization of halide-binding sites of human myeloperoxidase at 1.8 A resolution. 著者: Fiedler, T.J. / Davey, C.A. / Fenna, R.E. #1: ジャーナル: Arch.Biochem.Biophys. / 年: 1995 タイトル: Structure of the Green Heme in Myeloperoxidase 著者: Fenna, R. / Zeng, J. / Davey, C. #2: ジャーナル: Biochemistry / 年: 1996 タイトル: 2.3 Angstrom Resolution X-Ray Crystal Structure of the Bisubstrate Analogue Inhibitor Salicylhydroxamic Acid Bound to Human Myeloperoxidase: A Model for a Prereaction Complex with Hydrogen Peroxide 著者: Davey, C.A. / Fenna, R.E. #3: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1992 タイトル: X-Ray Crystal Structure of Canine Myeloperoxidase at 3 Angstrom Resolution 著者: Zeng, J. / Fenna, R.E. #4: ジャーナル: Biochem.Biophys.Res.Commun. / 年: 1994 タイトル: Site-Directed Mutagenesis of Human Myeloperoxidase: Further Identification of Residues Involved in Catalytic Activity and Heme Interaction 著者: Jacquet, A. / Garcia-Quintana, L. / Deleersnyder, V. / Fenna, R. / Bollen, A. / Moguilevsky, N. | |||||||||
履歴 |
|
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
---|
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1cxp.cif.gz | 258.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb1cxp.ent.gz | 209.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1cxp.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cx/1cxp ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cx/1cxp | HTTPS FTP |
---|
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
2 |
| ||||||||
3 |
| ||||||||
単位格子 |
| ||||||||
非結晶学的対称性 (NCS) | NCS oper: (Code: given Matrix: (-0.60975, 0.67889, -0.40903), ベクター: |
-要素
-タンパク質 , 2種, 4分子 ABCD
#1: タンパク質 | 分子量: 11903.343 Da / 分子数: 2 / 断片: LIGHT CHAIN / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / Cell: NEUTROPHIL / 組織: BLOOD血液 / 参照: UniProt: P05164, ペルオキシダーゼ #2: タンパク質 | 分子量: 53234.191 Da / 分子数: 2 / 断片: HEAVY CHAIN / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / Cell: NEUTROPHIL / 組織: BLOOD血液 / 参照: UniProt: P05164, ペルオキシダーゼ |
---|
-糖 , 2種, 6分子
#3: 多糖 | #7: 糖 | ChemComp-NAG / |
---|
-非ポリマー , 6種, 853分子
#4: 化合物 | #5: 化合物 | #6: 化合物 | #8: 化合物 | #9: 化合物 | ChemComp-ACT / #10: 水 | ChemComp-HOH / | |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
---|
-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.47 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.14 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
結晶化 | 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5 詳細: POLYETHYLENE GLYCOL 8000, AMMONIUM SULFATE, SODIUM ACETATE, CALCIUM CHLORIDE, pH 5.50, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS pH: 5.5 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
|
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 85 K |
---|---|
放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU300 / 波長: 1.5418 |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1997年5月13日 / 詳細: LONG FOCUSING MIRRORS, ADSC |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.75→50 Å / Num. obs: 128125 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.1 % / Biso Wilson estimate: 16.82 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.053 / Net I/σ(I): 12.6 |
反射 シェル | 解像度: 1.75→1.81 Å / 冗長度: 3.9 % / Rmerge(I) obs: 0.22 / Mean I/σ(I) obs: 5.92 / % possible all: 99.4 |
反射 | *PLUS 最高解像度: 1.75 Å / 最低解像度: 50 Å / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.1 % / Num. measured all: 525526 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 3.9 % / Rmerge(I) obs: 0.22 / Mean I/σ(I) obs: 5.92 |
-解析
ソフトウェア |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 解像度: 1.8→30 Å / σ(F): 2
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine analyze |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.8→30 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine LS restraints NCS | NCS model details: MATRIX 1 RELATES CHAIN A TO CHAIN B | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | 解像度: 1.8→1.86 Å / Total num. of bins used: 10
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ソフトウェア | *PLUS 名称: X-PLOR / バージョン: 3.851 / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | *PLUS Rfactor Rfree: 0.292 / Rfactor Rwork: 0.266 / Rfactor obs: 0.266 |