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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1coh | |||||||||
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タイトル | STRUCTURE OF HAEMOGLOBIN IN THE DEOXY QUATERNARY STATE WITH LIGAND BOUND AT THE ALPHA HAEMS | |||||||||
要素 |
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キーワード | OXYGEN TRANSPORT (血液) | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 nitric oxide transport / hemoglobin alpha binding / haptoglobin-hemoglobin complex / organic acid binding / cellular oxidant detoxification / hemoglobin binding / renal absorption / hemoglobin complex / 血液 / Scavenging of heme from plasma ...nitric oxide transport / hemoglobin alpha binding / haptoglobin-hemoglobin complex / organic acid binding / cellular oxidant detoxification / hemoglobin binding / renal absorption / hemoglobin complex / 血液 / Scavenging of heme from plasma / endocytic vesicle lumen / blood vessel diameter maintenance / hydrogen peroxide catabolic process / oxygen carrier activity / Late endosomal microautophagy / Heme signaling / response to hydrogen peroxide / carbon dioxide transport / Erythrocytes take up oxygen and release carbon dioxide / Erythrocytes take up carbon dioxide and release oxygen / Cytoprotection by HMOX1 / 血小板 / oxygen binding / 血圧 / Chaperone Mediated Autophagy / positive regulation of nitric oxide biosynthetic process / tertiary granule lumen / Factors involved in megakaryocyte development and platelet production / blood microparticle / ficolin-1-rich granule lumen / iron ion binding / heme binding / Neutrophil degranulation / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / 生体膜 / metal ion binding / 細胞質基質 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | |||||||||
手法 | X線回折 / 解像度: 2.9 Å | |||||||||
データ登録者 | Luisi, B. | |||||||||
引用 | ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1989 タイトル: Structure of haemoglobin in the deoxy quaternary state with ligand bound at the alpha haems. 著者: Luisi, B. / Shibayama, N. #1: ジャーナル: Acc.Chem.Res. / 年: 1987 タイトル: Stereochemistry of Cooperative Mechanisms in Hemoglobin 著者: Perutz, M.F. / Fermi, G. / Luisi, B. / Shaanan, B. / Liddington, R.C. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1coh.cif.gz | 121.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1coh.ent.gz | 98.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1coh.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/co/1coh ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/co/1coh | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
類似構造データ |
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-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
-タンパク質 , 2種, 4分子 ACBD
#1: タンパク質 | 分子量: 15150.353 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P69905 #2: タンパク質 | 分子量: 15890.198 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P68871 |
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-非ポリマー , 4種, 203分子
#3: 化合物 | #4: 化合物 | #5: 化合物 | #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.23 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.9 % |
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結晶化 | *PLUS 手法: その他 |
溶液の組成 | *PLUS 濃度: 2.45-2.55 M / 一般名: ammonium sulfate |
-データ収集
放射 | 散乱光タイプ: x-ray |
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放射波長 | 相対比: 1 |
反射 | *PLUS 最高解像度: 2.9 Å / Num. obs: 11733 / Num. measured all: 55367 / Rmerge(I) obs: 0.108 |
-解析
ソフトウェア | 名称: EREF / 分類: 精密化 | ||||||||||||
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精密化 | 最高解像度: 2.9 Å | ||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 最高解像度: 2.9 Å
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