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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1cib | ||||||
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タイトル | STRUCTURE OF ADENYLOSUCCINATE SYNTHETASE FROM E. COLI COMPLEXED WITH GDP, IMP, HADACIDIN, AND NO3 | ||||||
要素 | ADENYLOSUCCINATE SYNTHETASEアデニロコハク酸シンターゼ | ||||||
キーワード | LIGASE (リガーゼ) / GTP-HYDROLYSING ENZYMES / PURINE 2 NUCLEOTIDE BIOSYNTHESIS / GDP | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 アデニロコハク酸シンターゼ / adenylosuccinate synthase activity / adenosine biosynthetic process / IMP metabolic process / 'de novo' AMP biosynthetic process / nucleobase-containing small molecule interconversion / purine nucleotide biosynthetic process / guanosine tetraphosphate binding / DNA damage response / GTP binding ...アデニロコハク酸シンターゼ / adenylosuccinate synthase activity / adenosine biosynthetic process / IMP metabolic process / 'de novo' AMP biosynthetic process / nucleobase-containing small molecule interconversion / purine nucleotide biosynthetic process / guanosine tetraphosphate binding / DNA damage response / GTP binding / magnesium ion binding / 生体膜 / 細胞質基質 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Escherichia coli (大腸菌) | ||||||
手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å | ||||||
データ登録者 | Hou, Z. / Cashel, M. / Fromm, H.J. / Honzatko, R.B. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 1999 タイトル: Effectors of the stringent response target the active site of Escherichia coli adenylosuccinate synthetase. 著者: Hou, Z. / Cashel, M. / Fromm, H.J. / Honzatko, R.B. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1cib.cif.gz | 108.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1cib.ent.gz | 80.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1cib.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ci/1cib ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ci/1cib | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
-タンパク質 , 1種, 1分子 A
#1: タンパク質 | 分子量: 47269.598 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 生物種: coli / 株: K-12 / プラスミド: PTRC99A / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): PUR A H1238 参照: UniProt: P0A7D4, アデニロコハク酸シンターゼ |
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-非ポリマー , 6種, 415分子
#2: 化合物 | ChemComp-NO3 / |
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#3: 化合物 | ChemComp-MG / |
#4: 化合物 | ChemComp-GDP / |
#5: 化合物 | ChemComp-HDA / |
#6: 化合物 | ChemComp-IMP / |
#7: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.14 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.86 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | pH: 6.5 / 詳細: 16% PEG 8000, 100MM NA-CACODYLATE (PH 6.5) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 120 K |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: SIEMENS / 波長: 1.5418 |
検出器 | タイプ: SIEMENS / 検出器: AREA DETECTOR / 日付: 1997年2月1日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.2→50 Å / Num. obs: 29374 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 2.5 % / Rmerge(I) obs: 0.085 |
反射 シェル | 解像度: 2.2→2.4 Å / % possible all: 97 |
反射 | *PLUS % possible obs: 97 % / Num. measured all: 154316 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 93 % |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 1GIM 解像度: 2.3→6 Å / Rfactor Rfree error: 0.005 / Data cutoff low absF: 0 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
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原子変位パラメータ | Biso mean: 25 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.3→6 Å
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拘束条件 |
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Xplor file |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: X-PLOR / バージョン: 3.1 / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS 最高解像度: 2.3 Å / 最低解像度: 6 Å / σ(F): 0 / % reflection Rfree: 10 % / Rfactor obs: 0.17 / Rfactor Rfree: 0.24 / Rfactor Rwork: 0.17 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS Biso mean: 25 Å2 |