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- PDB-1ceb: THE STRUCTURE OF THE NON-COVALENT COMPLEX OF RECOMBINANT KRINGLE ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1ceb
タイトルTHE STRUCTURE OF THE NON-COVALENT COMPLEX OF RECOMBINANT KRINGLE 1 DOMAIN OF HUMAN PLASMINOGEN WITH AMCHA (TRANS-4-AMINOMETHYLCYCLOHEXANE-1-CARBOXYLIC ACID)
要素PLASMINOGENプラスミン
キーワードSERINE PROTEASE (セリンプロテアーゼ)
機能・相同性
機能・相同性情報


プラスミン / trans-synaptic signaling by BDNF, modulating synaptic transmission / trophoblast giant cell differentiation / tissue remodeling / protein antigen binding / 再生 (生物学) / mononuclear cell migration / negative regulation of cell-cell adhesion mediated by cadherin / Signaling by PDGF / positive regulation of fibrinolysis ...プラスミン / trans-synaptic signaling by BDNF, modulating synaptic transmission / trophoblast giant cell differentiation / tissue remodeling / protein antigen binding / 再生 (生物学) / mononuclear cell migration / negative regulation of cell-cell adhesion mediated by cadherin / Signaling by PDGF / positive regulation of fibrinolysis / Dissolution of Fibrin Clot / negative regulation of cell-substrate adhesion / myoblast differentiation / biological process involved in interaction with symbiont / labyrinthine layer blood vessel development / muscle cell cellular homeostasis / Activation of Matrix Metalloproteinases / apolipoprotein binding / extracellular matrix disassembly / positive regulation of blood vessel endothelial cell migration / negative regulation of fibrinolysis / fibrinolysis / Degradation of the extracellular matrix / serine-type peptidase activity / platelet alpha granule lumen / Schaffer collateral - CA1 synapse / kinase binding / Regulation of Insulin-like Growth Factor (IGF) transport and uptake by Insulin-like Growth Factor Binding Proteins (IGFBPs) / 凝固・線溶系 / Platelet degranulation / protein-folding chaperone binding / collagen-containing extracellular matrix / blood microparticle / endopeptidase activity / protease binding / protein domain specific binding / negative regulation of cell population proliferation / external side of plasma membrane / signaling receptor binding / serine-type endopeptidase activity / glutamatergic synapse / enzyme binding / 細胞膜 / タンパク質分解 / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / 細胞膜
類似検索 - 分子機能
Peptidase S1A, plasmin / Plasminogen Kringle 4 / Plasminogen Kringle 4 / divergent subfamily of APPLE domains / PAN/Apple domain profile. / PAN domain / PAN/Apple domain / Kringle domain / Kringle / Kringle, conserved site ...Peptidase S1A, plasmin / Plasminogen Kringle 4 / Plasminogen Kringle 4 / divergent subfamily of APPLE domains / PAN/Apple domain profile. / PAN domain / PAN/Apple domain / Kringle domain / Kringle / Kringle, conserved site / Kringle superfamily / Kringle domain signature. / Kringle domain profile. / Kringle domain / Kringle-like fold / Serine proteases, trypsin family, histidine active site / Serine proteases, trypsin family, serine active site / Peptidase S1A, chymotrypsin family / Serine proteases, trypsin family, histidine active site. / Serine proteases, trypsin domain profile. / Serine proteases, trypsin family, serine active site. / Trypsin-like serine protease / Serine proteases, trypsin domain / トリプシン / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Peptidase S1, PA clan / Βバレル / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
TRANS-4-AMINOMETHYLCYCLOHEXANE-1-CARBOXYLIC ACID / プラスミン
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 解像度: 2.07 Å
データ登録者Tulinsky, A. / Mathews, I.I.
引用
ジャーナル: Biochemistry / 年: 1996
タイトル: Crystal structures of the recombinant kringle 1 domain of human plasminogen in complexes with the ligands epsilon-aminocaproic acid and trans-4-(aminomethyl)cyclohexane-1-carboxylic Acid.
著者: Mathews, I.I. / Vanderhoff-Hanaver, P. / Castellino, F.J. / Tulinsky, A.
#1: ジャーナル: Eur.J.Biochem. / 年: 1994
タイトル: 1H-NMR Assignments and Secondary Structure of Human Plasminogen Kringle 1
著者: Rejante, M.R. / Llinas, M.
#2: ジャーナル: Blood Coagulation Fibrinolysis / 年: 1994
タイトル: The Structure of Recombinant Plasminogen Kringle 1 and the Fibrin Binding Site
著者: Wu, T.-P. / Padmanabhan, K.P. / Tulinsky, A.
#3: ジャーナル: Proteins / 年: 1988
タイトル: Lysine(Slash)Fibrin Binding Sites of Kringles Modeled After the Structure of Kringle 1 of Prothrombin
著者: Tulinsky, A. / Park, C.H. / Mao, B. / Llinas, M.
履歴
登録1995年12月3日処理サイト: BNL
改定 1.01996年4月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年11月29日Group: Derived calculations / Other
カテゴリ: pdbx_database_status / struct_conf / struct_conf_type
Item: _pdbx_database_status.process_site

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PLASMINOGEN
B: PLASMINOGEN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,6474
ポリマ－20,3322
非ポリマー3142
水2,702150
1
A: PLASMINOGEN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)10,3232
ポリマ－10,1661
非ポリマー1571
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: PLASMINOGEN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)10,3232
ポリマ－10,1661
非ポリマー1571
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)64.300, 51.700, 46.800
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Atom site foot note1: CIS PROLINE - PRO A 30 / 2: CIS PROLINE - PRO B 30
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper: (Code: given
Matrix: (0.99956, -0.02947, 0.003414), (-0.029442, -0.999535, -0.007949), (0.003647, 0.007845, -0.999963)
ベクター: -0.4161, -25.19968, 80.78391)

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要素

#1: タンパク質 PLASMINOGEN / プラスミン / K1PG


分子量: 10166.165 Da / 分子数: 2 / 断片: KRINGLE 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 器官: BLOOD血液 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P00747, プラスミン
#2: 化合物 ChemComp-AMH / TRANS-4-AMINOMETHYLCYCLOHEXANE-1-CARBOXYLIC ACID / トラネキサム酸 / トラネキサム酸


分子量: 157.210 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H15NO2 / コメント: 薬剤*YM
#3: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 150 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.91 Å3/Da / 溶媒含有率: 35.65 %
結晶
*PLUS
溶媒含有率: 37 %
結晶化
*PLUS
pH: 6.5 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: seeding
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
11.6 Mcitric acid1drop
21.4-1.5 Msodium citrate1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 295 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.5418
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IIC / 検出器: IMAGE PLATE
放射単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射最高解像度: 2.06 Å / Num. obs: 7028 / % possible obs: 70 % / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 2.6 % / Rmerge(I) obs: 0.0795 / Net I/σ(I): 1
反射 シェル解像度: 2.07→2.25 Å / Rmerge(I) obs: 0.14 / Mean I/σ(I) obs: 1 / % possible all: 56
反射
*PLUS
最高解像度: 2.07 Å / 最低解像度: 10 Å / Num. measured all: 17924
反射 シェル
*PLUS
最高解像度: 2.07 Å / 最低解像度: 2.5 Å / % possible obs: 60 % / Rmerge(I) obs: 0.133

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解析

ソフトウェア
名称分類
RAXISデータ収集
PROLSQ精密化
R-AXISデータ削減
精密化解像度: 2.07→7 Å / σ(F): 3
詳細: NO ELECTRON DENSITY WAS OBSERVED FOR THE INTERKRINGLE RESIDUES 3A - 2A AND 80 - 86 IN BOTH MOLECULES.
Rfactor反射数%反射
obs0.178 5900 57 %
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.07→7 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1278 0 22 150 1450
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONp_bond_d0.020.02
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_d0.050.04
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_deg
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_d0.060.06
X-RAY DIFFRACTIONp_hb_or_metal_coord
X-RAY DIFFRACTIONp_mcbond_it11.5
X-RAY DIFFRACTIONp_mcangle_it1.42
X-RAY DIFFRACTIONp_scbond_it22.5
X-RAY DIFFRACTIONp_scangle_it2.63
X-RAY DIFFRACTIONp_plane_restr0.030.04
X-RAY DIFFRACTIONp_chiral_restr0.180.15
X-RAY DIFFRACTIONp_singtor_nbd0.230.6
X-RAY DIFFRACTIONp_multtor_nbd0.320.6
X-RAY DIFFRACTIONp_xhyhbond_nbd0.280.6
X-RAY DIFFRACTIONp_xyhbond_nbd
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_tor3.73
X-RAY DIFFRACTIONp_staggered_tor21.715
X-RAY DIFFRACTIONp_orthonormal_tor2520
X-RAY DIFFRACTIONp_transverse_tor
X-RAY DIFFRACTIONp_special_tor

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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