+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1c30 | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | CRYSTAL STRUCTURE OF CARBAMOYL PHOSPHATE SYNTHETASE: SMALL SUBUNIT MUTATION C269S | ||||||
要素 | (CARBAMOYL PHOSPHATE SYNTHETASE: ...) x 2 | ||||||
キーワード | LIGASE (リガーゼ) / AMIDOTRANSFERASE / ATP-GRASP / SUBSTRATE CHANNELING | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 carbamoyl-phosphate synthase complex / carbamoyl-phosphate synthase (glutamine-hydrolysing) / carbamoyl-phosphate synthase (ammonia) / carbamoyl-phosphate synthase (ammonia) activity / carbamoyl-phosphate synthase (glutamine-hydrolyzing) activity / pyrimidine nucleobase biosynthetic process / arginine biosynthetic process / glutaminase activity / : / amino acid binding ...carbamoyl-phosphate synthase complex / carbamoyl-phosphate synthase (glutamine-hydrolysing) / carbamoyl-phosphate synthase (ammonia) / carbamoyl-phosphate synthase (ammonia) activity / carbamoyl-phosphate synthase (glutamine-hydrolyzing) activity / pyrimidine nucleobase biosynthetic process / arginine biosynthetic process / glutaminase activity / : / amino acid binding / glutamine metabolic process / amino acid biosynthetic process / 'de novo' UMP biosynthetic process / 'de novo' pyrimidine nucleobase biosynthetic process / protein heterodimerization activity / nucleotide binding / ATP binding / metal ion binding / 細胞質基質 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Escherichia coli (大腸菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2 Å | ||||||
データ登録者 | Thoden, J.B. / Huang, X. / Raushel, F.M. / Holden, H.M. | ||||||
引用 | ジャーナル: Biochemistry / 年: 1999 タイトル: The small subunit of carbamoyl phosphate synthetase: snapshots along the reaction pathway. 著者: Thoden, J.B. / Huang, X. / Raushel, F.M. / Holden, H.M. | ||||||
履歴 |
|
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
---|
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1c30.cif.gz | 1.2 MB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb1c30.ent.gz | 975 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1c30.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c3/1c30 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c3/1c30 | HTTPS FTP |
---|
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
2 |
| ||||||||
3 |
| ||||||||
4 |
| ||||||||
5 |
| ||||||||
単位格子 |
|
-要素
-CARBAMOYL PHOSPHATE SYNTHETASE: ... , 2種, 8分子 ACEGBDFH
#1: タンパク質 | 分子量: 117981.750 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 発現宿主: Bacteria (細菌) 参照: UniProt: P00968, carbamoyl-phosphate synthase (glutamine-hydrolysing) #2: タンパク質 | 分子量: 41465.816 Da / 分子数: 4 / Mutation: C269S / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 発現宿主: Bacteria (細菌) 参照: UniProt: P00907, UniProt: P0A6F1*PLUS, carbamoyl-phosphate synthase (glutamine-hydrolysing) |
---|
-非ポリマー , 8種, 4069分子
#3: 化合物 | ChemComp-MN / #4: 化合物 | ChemComp-K / #5: 化合物 | ChemComp-CL / #6: 化合物 | ChemComp-PO4 / #7: 化合物 | ChemComp-ORN / #8: 化合物 | ChemComp-ADP / #9: 化合物 | ChemComp-NET / #10: 水 | ChemComp-HOH / | |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
---|
-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.27 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.43 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
結晶化 | 温度: 277 K / 手法: バッチ法 / pH: 7.4 詳細: PEG 8000, POTASSIUM CHLORIDE, MANGANESE CHLORIDE, TETRAETHYLAMMONIUM CHLORIDE, L-ORNITHINE, ADP, BERYLLIUM FLUORIDE, HEPPS, pH 7.4, BATCH, temperature 277.0K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 4 ℃ / 手法: batch method | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
|
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
---|---|
放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.70849 |
検出器 | タイプ: CUSTOM-MADE / 検出器: CCD / 日付: 1999年6月9日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.70849 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2→30 Å / Num. all: 546635 / Num. obs: 546635 / % possible obs: 97.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.2 % / Rmerge(I) obs: 0.088 / Net I/σ(I): 14.8 |
反射 シェル | 解像度: 2→2.07 Å / 冗長度: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.291 / % possible all: 96.8 |
反射 | *PLUS Num. measured all: 2305540 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 96.8 % / Num. unique obs: 53813 / Num. measured obs: 186320 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 |
-解析
ソフトウェア |
| ||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 解像度: 2→30 Å / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: ENGH & HUBER
| ||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2→30 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||
ソフトウェア | *PLUS 名称: TNT / バージョン: 5E / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS σ(F): 0 / Rfactor all: 0.189 | ||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
|