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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1c0p | ||||||
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タイトル | D-AMINO ACIC OXIDASE IN COMPLEX WITH D-ALANINE AND A PARTIALLY OCCUPIED BIATOMIC SPECIES | ||||||
要素 | D-AMINO ACID OXIDASED-アミノ酸オキシダーゼ | ||||||
キーワード | OXIDOREDUCTASE (酸化還元酵素) / ALPHA-BETA-ALPHA MOTIF / FLAVIN CONTAINING PROTEIN / OXIDASE (酸化酵素) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 D-amino acid metabolic process / D-アミノ酸オキシダーゼ / D-amino-acid oxidase activity / FAD binding / ペルオキシソーム 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Rhodosporidium toruloides (菌類) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 1.2 Å | ||||||
データ登録者 | Umhau, S. / Pollegioni, L. / Molla, G. / Diederichs, K. / Welte, W. / Pilone, S.M. / Ghisla, S. | ||||||
引用 | ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2000 タイトル: The x-ray structure of D-amino acid oxidase at very high resolution identifies the chemical mechanism of flavin-dependent substrate dehydrogenation. 著者: Umhau, S. / Pollegioni, L. / Molla, G. / Diederichs, K. / Welte, W. / Pilone, M.S. / Ghisla, S. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1c0p.cif.gz | 183.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1c0p.ent.gz | 145.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1c0p.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c0/1c0p ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c0/1c0p | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
-タンパク質 , 1種, 1分子 A
#1: タンパク質 | 分子量: 39614.922 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rhodosporidium toruloides (菌類) / プラスミド: PT7.7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P80324, D-アミノ酸オキシダーゼ |
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-非ポリマー , 5種, 616分子
#2: 化合物 | ChemComp-FAD / |
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#3: 化合物 | ChemComp-DAL / |
#4: 化合物 | ChemComp-PER / |
#5: 化合物 | ChemComp-GOL / |
#6: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.14 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.85 % | ||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 100 MM HEPES 200 MM AMMONIUM SULFATE 16% POLYETHYLENE GLYCOL (PEG) 10000, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K | ||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 18 ℃ | ||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: X11 / 波長: 0.9114 |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1999年3月2日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9114 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.2→100 Å / Num. all: 1000770 / Num. obs: 155642 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6.4 % / Biso Wilson estimate: 16.2 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.067 / Net I/σ(I): 15.7 |
反射 シェル | 解像度: 1.2→1.25 Å / 冗長度: 5.8 % / Rmerge(I) obs: 0.524 / % possible all: 99.9 |
反射 | *PLUS 最高解像度: 1.2 Å / Num. measured all: 1000779 / Rmerge(I) obs: 0.084 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 99.9 % / Rmerge(I) obs: 0.424 / Mean I/σ(I) obs: 2.7 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 1.2→100 Å / σ(F): 4 / σ(I): 4 / 立体化学のターゲット値: ENGH & HUBER
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.2→100 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: SHELXL-97 / 分類: refinement | |||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS 最高解像度: 1.2 Å / 最低解像度: 100 Å / σ(F): 4 / Rfactor obs: 0.118 / Rfactor Rfree: 0.15 / Rfactor Rwork: 0.116 | |||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS タイプ: s_angle_d / Dev ideal: 1.57 |