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- PDB-1byf: STRUCTURE OF TC14; A C-TYPE LECTIN FROM THE TUNICATE POLYANDROCAR... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1byf
タイトルSTRUCTURE OF TC14; A C-TYPE LECTIN FROM THE TUNICATE POLYANDROCARPA MISAKIENSIS
要素PROTEIN (POLYANDROCARPA LECTIN)
キーワードSUGAR BINDING PROTEIN / C-TYPE LECTIN / GALACTOSE-SPECIFIC
機能・相同性
機能・相同性情報


carbohydrate binding
類似検索 - 分子機能
TC14-like, C-type lectin-like domain / C-type lectin, conserved site / C-type lectin domain signature. / Mannose-Binding Protein A; Chain A / Mannose-Binding Protein A, subunit A / Lectin C-type domain / C-type lectin domain profile. / C-type lectin-like / C-type lectin (CTL) or carbohydrate-recognition domain (CRD) / C-type lectin-like/link domain superfamily ...TC14-like, C-type lectin-like domain / C-type lectin, conserved site / C-type lectin domain signature. / Mannose-Binding Protein A; Chain A / Mannose-Binding Protein A, subunit A / Lectin C-type domain / C-type lectin domain profile. / C-type lectin-like / C-type lectin (CTL) or carbohydrate-recognition domain (CRD) / C-type lectin-like/link domain superfamily / C-type lectin fold / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
酢酸塩 / レクチン
類似検索 - 構成要素
生物種Polyandrocarpa misakiensis (無脊椎動物)
手法X線回折 / 単一同系置換・異常分散 / 解像度: 2 Å
データ登録者Poget, S.F. / Legge, G.B. / Bycroft, M. / Williams, R.L.
引用
ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1999
タイトル: The structure of a tunicate C-type lectin from Polyandrocarpa misakiensis complexed with D -galactose.
著者: Poget, S.F. / Legge, G.B. / Proctor, M.R. / Butler, P.J. / Bycroft, M. / Williams, R.L.
#1: ジャーナル: Roux's Arch.Dev.Biol. / 年: 1995
タイトル: Expression of Genes for 2 C-Type Lectins During Budding of the Ascidian Polyandrocarpa-Misakiensis
著者: Shimada, M. / Fujiwara, S. / Kawamura, K.
#2: ジャーナル: DEVELOPMENT / 年: 1991
タイトル: Budding-Specific Lectin Induced in Epithelial Cells is an Extracellular Matrix Component for Stem Cell Aggregation in Tunicates
著者: Kawamura, K. / Fujiwara, S. / Sugino, Y.M.
#3: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 1990
タイトル: A Calcium-Dependent Galactose-Binding Lectin from the Tunicate Polyandrocarpa Misakiensis. Isolation, Characterization, and Amino Acid Sequence
著者: Suzuki, T. / Takagi, T. / Furukohri, T. / Kawamura, K. / Nakauchi, M.
履歴
登録1998年10月14日登録サイト: BNL / 処理サイト: RCSB
改定 1.01999年7月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12007年10月16日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32023年12月27日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PROTEIN (POLYANDROCARPA LECTIN)
B: PROTEIN (POLYANDROCARPA LECTIN)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,12419
ポリマ－28,0852
非ポリマー1,03917
水5,026279
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3810 Å2
ΔGint-212 kcal/mol
Surface area10640 Å2
手法PISA, PQS
2
A: PROTEIN (POLYANDROCARPA LECTIN)
ヘテロ分子

B: PROTEIN (POLYANDROCARPA LECTIN)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,12419
ポリマ－28,0852
非ポリマー1,03917
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_645-x+1,y-1/2,-z+1/21
Buried area2440 Å2
ΔGint-233 kcal/mol
Surface area12100 Å2
手法PISA
3
B: PROTEIN (POLYANDROCARPA LECTIN)
ヘテロ分子

A: PROTEIN (POLYANDROCARPA LECTIN)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,12419
ポリマ－28,0852
非ポリマー1,03917
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_645-x+1,y-1/2,-z+1/21
Buried area2760 Å2
ΔGint-226 kcal/mol
Surface area11780 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)54.180, 66.450, 85.900
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper: (Code: given
Matrix: (0.1615, -0.0535, -0.9854), (-0.0478, -0.9978, 0.0463), (-0.9857, 0.0396, -0.1637)
ベクター: 45.192, 49.1087, 50.4948)

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 PROTEIN (POLYANDROCARPA LECTIN) / TC14


分子量: 14042.505 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Polyandrocarpa misakiensis (無脊椎動物)
解説: SYNTHETIC GENE / プラスミド: PRSETA-LEC
細胞内の位置 (発現宿主): CYTOPLASM AS INCLUSION BODIES
遺伝子 (発現宿主): TC14-1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / Variant (発現宿主): C41 / 参照: UniProt: P16108

-
非ポリマー , 5種, 296分子

#2: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 化合物
ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン / 酢酸塩


分子量: 59.044 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#5: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル / グリセリン


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#6: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 279 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.8 Å3/Da / 溶媒含有率: 48 %
結晶化pH: 6.5
詳細: PROTEIN WAS CRYSTALLIZED FROM 7% PEG 8000, 0.2 M ZN(ACETATE) AND 100 MM NA( CACODYLATE), PH 6.5
結晶
*PLUS
結晶化
*PLUS
温度: 17 ℃ / pH: 7.2 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
10.4 mMprotein1drop
212.5 mM1dropCaCl2
32.5 mMD-galactose1drop
410 mMTris1drop
525 mM1dropNaCl
67 %(w/v)PEG80001reservoir
70.2 M1reservoirZn(ac)2v2H2O
80.1 Msodium cacodylate1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: ELLIOTT GX-13 / 波長: 1.5418
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1998年4月15日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: MIRRORS / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→52.7 Å / Num. obs: 20632 / % possible obs: 95.9 % / 冗長度: 6.6 % / Biso Wilson estimate: 17.63 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.068 / Rsym value: 0.068 / Net I/σ(I): 8.3
反射 シェル解像度: 2→2.05 Å / 冗長度: 5.6 % / Rmerge(I) obs: 0.185 / Mean I/σ(I) obs: 4 / Rsym value: 0.185 / % possible all: 87.9
反射
*PLUS
Num. measured all: 115502
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 87.9 %

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
SHARP位相決定
REFMAC精密化
CCP4(SCALA)データスケーリング
精密化構造決定の手法: 単一同系置換・異常分散 / 解像度: 2→35 Å / SU B: 3.8 / SU ML: 0.11 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.2 / ESU R Free: 0.17
詳細: ELECTRON DENSITY FOR RESIDUE MET A 1 AND MET B 1 IS PRESENT BUT MODELLING WITH ACCEPTABLE GEOMETRY WAS NOT POSSIBLE. A CHAIN OF 5 VERY HIGH ELECTRON DENSITY SPHERES ADJACENT AND ORTHOGONAL TO ...詳細: ELECTRON DENSITY FOR RESIDUE MET A 1 AND MET B 1 IS PRESENT BUT MODELLING WITH ACCEPTABLE GEOMETRY WAS NOT POSSIBLE. A CHAIN OF 5 VERY HIGH ELECTRON DENSITY SPHERES ADJACENT AND ORTHOGONAL TO THE SIDE-CHAIN OF ASP A 2 AND ASP B 2 WAS MODELLED AS ZN-HOH-ZN-HOH-ZN, BUT THE RESOLUTION IS NOT HIGH ENOUGH FOR UNAMBIGUOUS CHARACTERISATION.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.25 1039 5.3 %RANDOM
Rwork0.207 ---
obs-19550 96 %-
原子変位パラメータBiso mean: 20 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→35 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1928 0 39 279 2246
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONp_bond_d0.0060.02
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_d0.0230.04
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_deg
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_d0.020.05
X-RAY DIFFRACTIONp_hb_or_metal_coord
X-RAY DIFFRACTIONp_mcbond_it0.8262
X-RAY DIFFRACTIONp_mcangle_it1.4533
X-RAY DIFFRACTIONp_scbond_it0.9782
X-RAY DIFFRACTIONp_scangle_it1.5473
X-RAY DIFFRACTIONp_plane_restr
X-RAY DIFFRACTIONp_chiral_restr0.0990.15
X-RAY DIFFRACTIONp_singtor_nbd0.1680.3
X-RAY DIFFRACTIONp_multtor_nbd0.1970.3
X-RAY DIFFRACTIONp_xhyhbond_nbd
X-RAY DIFFRACTIONp_xyhbond_nbd0.1340.3
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_tor3.17
X-RAY DIFFRACTIONp_staggered_tor14.615
X-RAY DIFFRACTIONp_orthonormal_tor
X-RAY DIFFRACTIONp_transverse_tor34.920
X-RAY DIFFRACTIONp_special_tor15
ソフトウェア
*PLUS
名称: REFMAC / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最高解像度: 2 Å / σ(F): 0 / Rfactor obs: 0.206 / Rfactor Rfree: 0.25
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
Biso mean: 20 Å2
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONp_bond_d0.02
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_d0.04
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_d0.05
X-RAY DIFFRACTIONp_chiral_restr0.15
X-RAY DIFFRACTIONp_mcbond_it2
X-RAY DIFFRACTIONp_scbond_it2
X-RAY DIFFRACTIONp_mcangle_it3
X-RAY DIFFRACTIONp_scangle_it3

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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