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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1bs4 | ||||||
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タイトル | PEPTIDE DEFORMYLASE AS ZN2+ CONTAINING FORM (NATIVE) IN COMPLEX WITH INHIBITOR POLYETHYLENE GLYCOL | ||||||
要素 | PROTEIN (PEPTIDE DEFORMYLASE) | ||||||
キーワード | HYDROLASE (加水分解酵素) / COMPLEX(ENZYME-INHIBITOR) / IRON METALLOPROTEASE / PROTEIN SYNTHESIS (タンパク質生合成) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 co-translational protein modification / ペプチドデホルミラーゼ / peptide deformylase activity / ferrous iron binding / ribosome binding / hydrolase activity / 翻訳 (生物学) / zinc ion binding / 細胞質基質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Escherichia coli (大腸菌) | ||||||
手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å | ||||||
データ登録者 | Becker, A. / Schlichting, I. / Kabsch, W. / Groche, D. / Schultz, S. / Wagner, A.F.V. | ||||||
引用 | ジャーナル: Nat.Struct.Biol. / 年: 1998 タイトル: Iron center, substrate recognition and mechanism of peptide deformylase. 著者: Becker, A. / Schlichting, I. / Kabsch, W. / Groche, D. / Schultz, S. / Wagner, A.F. #1: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 1998 タイトル: Structure of Peptide Deformylase and Identification of the Substrate Binding Site 著者: Becker, A. / Schlichting, I. / Kabsch, W. / Schultz, S. / Wagner, A.F.V. #2: ジャーナル: Biochem.Biophys.Res.Commun. / 年: 1998 タイトル: Isolation and Crystallization of Functionally Competent Escherichia Coli Peptide Deformylase Forms Containing Either Iron or Nickel in the Active Site 著者: Groche, D. / Becker, A. / Schlichting, I. / Kabsch, W. / Schultz, S. / Wagner, A.F.V. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1bs4.cif.gz | 121.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1bs4.ent.gz | 93.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1bs4.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bs/1bs4 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bs/1bs4 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 19226.248 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 詳細: PDF PROTEIN FROM ESCHERICHIA COLI IS CRYSTALLIZED AS ZN2+ CONTAINING FORM, COCRYSTALLIZED WITH INHIBITOR POLYETHYLENE GLYCOL (PEG) 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: JM109 / 細胞内の位置: CYTOPLASMA / 遺伝子: DEF / プラスミド: P925C / 遺伝子 (発現宿主): DEF / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): JM109 / 参照: UniProt: P0A6K3, EC: 3.5.1.31 #2: 化合物 | #3: 化合物 | #4: 化合物 | #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 5 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.88 Å3/Da / 溶媒含有率: 57 % | ||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | pH: 7.4 詳細: REFERENCE: D.GROCHE,A.BECKER,I.SCHLICHTING,W.KABSCH, S.SCHULTZ,A.F.V.WAGNER ( 1998) BIOCHEM.BIOPHYS.RES.COMM. 246, 342, pH 7.4 | ||||||||||||||||||||||||||||||
結晶 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: Groche, D., (1998) Biochem.Biophys.Res.Comm., 246, 342. | ||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 293 K |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: ELLIOTT GX-18 / 波長: 1.5418 |
検出器 | タイプ: SIEMENS-NICOLET X100 / 検出器: AREA DETECTOR / 日付: 1997年6月15日 / 詳細: FRANKS DOUBLE-MIRROR |
放射 | モノクロメーター: NI FILTER / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.9→20 Å / Num. obs: 51676 / % possible obs: 99.2 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.6 % / Biso Wilson estimate: 21.2 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.048 / Net I/σ(I): 16.63 |
反射 シェル | 解像度: 1.9→2.01 Å / 冗長度: 2 % / Rmerge(I) obs: 0.162 / Mean I/σ(I) obs: 2.8 / % possible all: 98.4 |
反射 | *PLUS Num. measured all: 188577 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 1ICJ 解像度: 1.9→6 Å / Rfactor Rfree error: 0.003 / Data cutoff high absF: 100000 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 詳細: BULK SOLVENT MODEL USED
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原子変位パラメータ | Biso mean: 28.5 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.9→6 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.9→2.01 Å / Rfactor Rfree error: 0.01 / Total num. of bins used: 6
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Xplor file |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: X-PLOR / バージョン: 3.851 / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS 最低解像度: 6 Å / σ(F): 0 / % reflection Rfree: 10.1 % / Rfactor Rfree: 0.24 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS Biso mean: 28.5 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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LS精密化 シェル | *PLUS Rfactor Rfree: 0.274 / % reflection Rfree: 9.8 % / Rfactor Rwork: 0.257 |