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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1bog | ||||||
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タイトル | ANTI-P24 (HIV-1) FAB FRAGMENT CB41 COMPLEXED WITH AN EPITOPE-HOMOLOGOUS PEPTIDE | ||||||
要素 |
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キーワード | COMPLEX (ANTIBODY/PEPTIDE) / POLYSPECIFICITY / CROSS REACTIVITY / FAB-FRAGMENT / HIV-1 / COMPLEX (ANTIBODY-PEPTIDE) / COMPLEX (ANTIBODY-PEPTIDE) complex | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 immunoglobulin complex, circulating / immunoglobulin receptor binding / complement activation, classical pathway / antigen binding / antibacterial humoral response 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Mus musculus (ハツカネズミ) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.6 Å | ||||||
データ登録者 | Keitel, T. / Kramer, A. / Wessner, H. / Scholz, C. / Schneider-Mergener, J. / Hoehne, W. | ||||||
引用 | ジャーナル: Cell(Cambridge,Mass.) / 年: 1997 タイトル: Crystallographic analysis of anti-p24 (HIV-1) monoclonal antibody cross-reactivity and polyspecificity. 著者: Keitel, T. / Kramer, A. / Wessner, H. / Scholz, C. / Schneider-Mergener, J. / Hohne, W. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1bog.cif.gz | 92.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1bog.ent.gz | 74.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1bog.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bo/1bog ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bo/1bog | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: 抗体 | 分子量: 23972.771 Da / 分子数: 1 / 断片: FAB FRAGMENT / 由来タイプ: 天然 / 詳細: FAB DERIVED FROM IGG2A KAPPA / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 細胞株: CB 4-1-1-F6 B-CELL HYBRIDOMA / 株: BALB-C / 参照: GenBank: 387371 |
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#2: 抗体 | 分子量: 22669.508 Da / 分子数: 1 / 断片: FAB FRAGMENT / 由来タイプ: 天然 / 詳細: FAB DERIVED FROM IGG2A KAPPA / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 細胞株: CB 4/1/1/F6 B-CELL HYBRIDOMA / 株: BALB/C / 参照: UniProt: P01864 |
#3: タンパク質・ペプチド | 分子量: 1186.292 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 |
#4: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 4.8 Å3/Da / 溶媒含有率: 71 % | ||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | pH: 7.5 / 詳細: pH 7.5 | ||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 | ||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 288 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: X11 / 波長: 0.918 |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1995年10月1日 / 詳細: BENT MIRROR |
放射 | モノクロメーター: GE(111) / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.918 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.6→91 Å / Num. obs: 30270 / % possible obs: 96 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 5.5 % / Biso Wilson estimate: 42 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.076 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 2HFL 2hfl 解像度: 2.6→91 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.6→91 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: REFMAC / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS Rfactor obs: 0.246 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS |