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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1bht | ||||||
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タイトル | NK1 FRAGMENT OF HUMAN HEPATOCYTE GROWTH FACTOR | ||||||
要素 | HEPATOCYTE GROWTH FACTOR肝細胞増殖因子 | ||||||
キーワード | HEPARIN-BINDING DOMAIN / KRINGLE / C-MET RECEPTOR ANGONIST/ ANTAGONIST / GROWTH FACTOR (成長因子) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 regulation of p38MAPK cascade / regulation of branching involved in salivary gland morphogenesis by mesenchymal-epithelial signaling / Drug-mediated inhibition of MET activation / skeletal muscle cell proliferation / MET activates STAT3 / negative regulation of hydrogen peroxide-mediated programmed cell death / MET interacts with TNS proteins / MET Receptor Activation / hepatocyte growth factor receptor signaling pathway / MET receptor recycling ...regulation of p38MAPK cascade / regulation of branching involved in salivary gland morphogenesis by mesenchymal-epithelial signaling / Drug-mediated inhibition of MET activation / skeletal muscle cell proliferation / MET activates STAT3 / negative regulation of hydrogen peroxide-mediated programmed cell death / MET interacts with TNS proteins / MET Receptor Activation / hepatocyte growth factor receptor signaling pathway / MET receptor recycling / MET activates PTPN11 / MET activates RAP1 and RAC1 / myoblast proliferation / MET activates PI3K/AKT signaling / MET activates PTK2 signaling / positive regulation of DNA biosynthetic process / cellular response to hepatocyte growth factor stimulus / negative regulation of release of cytochrome c from mitochondria / chemoattractant activity / negative regulation of interleukin-6 production / positive regulation of interleukin-10 production / 上皮間葉転換 / positive regulation of osteoblast differentiation / MET activates RAS signaling / negative regulation of peptidyl-serine phosphorylation / negative regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway via death domain receptors / Interleukin-7 signaling / cell chemotaxis / negative regulation of autophagy / platelet alpha granule lumen / liver development / epithelial cell proliferation / growth factor activity / cell morphogenesis / Negative regulation of MET activity / negative regulation of inflammatory response / Constitutive Signaling by Aberrant PI3K in Cancer / positive regulation of peptidyl-tyrosine phosphorylation / Platelet degranulation / PIP3 activates AKT signaling / mitotic cell cycle / PI5P, PP2A and IER3 Regulate PI3K/AKT Signaling / RAF/MAP kinase cascade / Interleukin-4 and Interleukin-13 signaling / positive regulation of MAPK cascade / positive regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / positive regulation of cell migration / positive regulation of protein phosphorylation / signaling receptor binding / negative regulation of apoptotic process / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / extracellular space / extracellular region / 生体膜 / identical protein binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 多重同系置換 / 解像度: 2 Å | ||||||
データ登録者 | Ultsch, M.H. / Lokker, N.A. / Godowski, P.J. / De Vos, A.M. | ||||||
引用 | ジャーナル: Structure / 年: 1998 タイトル: Crystal structure of the NK1 fragment of human hepatocyte growth factor at 2.0 A resolution. 著者: Ultsch, M. / Lokker, N.A. / Godowski, P.J. / de Vos, A.M. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1bht.cif.gz | 86.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1bht.ent.gz | 70 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1bht.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bh/1bht ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bh/1bht | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCS oper:
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 20309.295 Da / 分子数: 2 断片: NK1 FRAGMENT, HEPARIN BINDING DOMAIN PLUS C-MET BINDING DOMAIN 由来タイプ: 組換発現 詳細: HEPES BUFFER MOLECULE BOUND IN KRINGLE BINDING POCKET 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞内の位置: CYTOPLASM細胞質 / プラスミド: PF-NK1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): 27C7 / 参照: UniProt: P14210 #2: 化合物 | #3: 化合物 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 7 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.82 Å3/Da / 溶媒含有率: 56 % | |||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | pH: 7.5 詳細: 40% PEG 3400, 0.1M HEPES PH 7.5, 0.3M AMMONIUM SULFATE. PROTEIN CONCENTRATION OF 3MG/ML | |||||||||||||||||||||||||
結晶 | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 | |||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 287 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: CHESS / ビームライン: A1 / 波長: 0.908 |
検出器 | タイプ: FUJI / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1994年1月1日 / 詳細: COLLIMATOR |
放射 | モノクロメーター: GRAPHITE(002) / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.908 Å / 相対比: 1 |
反射 | 最高解像度: 2 Å / Num. obs: 1807 / % possible obs: 94 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5.2 % / Rmerge(I) obs: 0.066 / Rsym value: 0.056 / Net I/σ(I): 11.7 |
反射 シェル | 解像度: 2→2.09 Å / 冗長度: 3 % / Rmerge(I) obs: 0.17 / Rsym value: 0.26 / % possible all: 87 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 多重同系置換 / 解像度: 2→10 Å / Data cutoff high absF: 10000000 / Data cutoff low absF: 0.001 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
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原子変位パラメータ | Biso mean: 37.4 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2→10 Å
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拘束条件 |
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Refine LS restraints NCS | NCS model details: NONRESTRAINED | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | 解像度: 2→2.09 Å / Total num. of bins used: 8
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Xplor file |
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