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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1bgy | ||||||
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タイトル | CYTOCHROME BC1 COMPLEX FROM BOVINE | ||||||
要素 | (CYTOCHROME BC1 ...ユビキノール-シトクロムcレダクターゼ) x 11 | ||||||
キーワード | ELECTRON TRANSPORT (電子伝達系) / CYTOCHROME (シトクロム) / MEMBRANE PROTEIN (膜タンパク質) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 mitochondrial respiratory chain complex III assembly / Respiratory electron transport / mitochondrial respiratory chain complex III / mitochondrial respiratory chain complex IV / quinol-cytochrome-c reductase / ubiquinone binding / ubiquinol-cytochrome-c reductase activity / mitochondrial electron transport, ubiquinol to cytochrome c / respirasome / respiratory electron transport chain ...mitochondrial respiratory chain complex III assembly / Respiratory electron transport / mitochondrial respiratory chain complex III / mitochondrial respiratory chain complex IV / quinol-cytochrome-c reductase / ubiquinone binding / ubiquinol-cytochrome-c reductase activity / mitochondrial electron transport, ubiquinol to cytochrome c / respirasome / respiratory electron transport chain / ミトコンドリア / 2 iron, 2 sulfur cluster binding / metalloendopeptidase activity / ミトコンドリア内膜 / oxidoreductase activity / heme binding / ミトコンドリア / タンパク質分解 / 生体膜 / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Bos taurus (ウシ) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3 Å | ||||||
データ登録者 | Iwata, S. / Lee, J.W. / Okada, K. / Lee, J.K. / Iwata, M. / Ramaswamy, S. / Jap, B.K. | ||||||
引用 | ジャーナル: Science / 年: 1998 タイトル: Complete structure of the 11-subunit bovine mitochondrial cytochrome bc1 complex. 著者: Iwata, S. / Lee, J.W. / Okada, K. / Lee, J.K. / Iwata, M. / Rasmussen, B. / Link, T.A. / Ramaswamy, S. / Jap, B.K. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1bgy.cif.gz | 784.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1bgy.ent.gz | 637.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1bgy.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bg/1bgy ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bg/1bgy | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCS oper: (Code: given Matrix: (-0.066, 0.136, 0.988), ベクター: |
-要素
-CYTOCHROME BC1 ... , 11種, 22分子 AMBNCODPEQFRGSHTIUJVKW
#1: タンパク質 | 分子量: 49266.254 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) 細胞内の位置: MITOCHONDRIAL INNER MEMBRANEミトコンドリア内膜 器官: HEART心臓 / Organelle: MITOCHONDRIONミトコンドリア / 組織: HEART MUSCLE / 参照: UniProt: P31800, quinol-cytochrome-c reductase #2: タンパク質 | 分子量: 46575.469 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) 細胞内の位置: MITOCHONDRIAL INNER MEMBRANEミトコンドリア内膜 器官: HEART心臓 / Organelle: MITOCHONDRIONミトコンドリア / 組織: HEART MUSCLE / 参照: UniProt: P23004, quinol-cytochrome-c reductase #3: タンパク質 | 分子量: 42620.340 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) 細胞内の位置: MITOCHONDRIAL INNER MEMBRANEミトコンドリア内膜 器官: HEART心臓 / Organelle: MITOCHONDRIONミトコンドリア / 組織: HEART MUSCLE / 参照: UniProt: P00157, quinol-cytochrome-c reductase #4: タンパク質 | 分子量: 27323.277 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) 細胞内の位置: MITOCHONDRIAL INNER MEMBRANEミトコンドリア内膜 器官: HEART心臓 / Organelle: MITOCHONDRIONミトコンドリア / 組織: HEART MUSCLE / 参照: UniProt: P00125, quinol-cytochrome-c reductase #5: タンパク質 | 分子量: 21640.580 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) 細胞内の位置: MITOCHONDRIAL INNER MEMBRANEミトコンドリア内膜 器官: HEART心臓 / Organelle: MITOCHONDRIONミトコンドリア / 組織: HEART MUSCLE / 参照: UniProt: P13272, quinol-cytochrome-c reductase #6: タンパク質 | 分子量: 13371.190 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) 細胞内の位置: MITOCHONDRIAL INNER MEMBRANEミトコンドリア内膜 器官: HEART心臓 / Organelle: MITOCHONDRIONミトコンドリア / 組織: HEART MUSCLE / 参照: UniProt: P00129, quinol-cytochrome-c reductase #7: タンパク質 | 分子量: 9606.027 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) 細胞内の位置: MITOCHONDRIAL INNER MEMBRANEミトコンドリア内膜 器官: HEART心臓 / Organelle: MITOCHONDRIONミトコンドリア / 組織: HEART MUSCLE / 参照: UniProt: P13271, quinol-cytochrome-c reductase #8: タンパク質 | 分子量: 9189.116 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) 細胞内の位置: MITOCHONDRIAL INNER MEMBRANEミトコンドリア内膜 器官: HEART心臓 / Organelle: MITOCHONDRIONミトコンドリア / 組織: HEART MUSCLE / 参照: UniProt: P00126, quinol-cytochrome-c reductase #9: タンパク質 | 分子量: 7964.259 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) 細胞内の位置: MITOCHONDRIAL INNER MEMBRANEミトコンドリア内膜 器官: HEART心臓 / Organelle: MITOCHONDRIONミトコンドリア / 組織: HEART MUSCLE / 参照: UniProt: P13272, quinol-cytochrome-c reductase #10: タンパク質 | 分子量: 7209.311 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) 細胞内の位置: MITOCHONDRIAL INNER MEMBRANEミトコンドリア内膜 器官: HEART心臓 / Organelle: MITOCHONDRIONミトコンドリア / 組織: HEART MUSCLE / 参照: UniProt: P00130, quinol-cytochrome-c reductase #11: タンパク質 | 分子量: 6370.390 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) 細胞内の位置: MITOCHONDRIAL INNER MEMBRANEミトコンドリア内膜 器官: HEART心臓 / Organelle: MITOCHONDRIONミトコンドリア / 組織: HEART MUSCLE / 参照: UniProt: P07552, quinol-cytochrome-c reductase |
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-非ポリマー , 3種, 7分子
#12: 化合物 | ChemComp-HEM / #13: 化合物 | #14: 化合物 | ChemComp-FES / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.6 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.5 % | ||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | pH: 6.8 / 詳細: pH 6.8 | ||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS pH: 7.2 / 手法: unknown | ||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID2 / 波長: 0.99 |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1996年8月1日 |
放射 | 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.99 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 3→40 Å / Num. obs: 111672 / % possible obs: 81.9 % / 冗長度: 3.9 % / Biso Wilson estimate: 29.4 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.92 / Net I/σ(I): 8.9 |
反射 シェル | 解像度: 3→3.11 Å / Rmerge(I) obs: 0.24 / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / % possible all: 27.9 |
反射 | *PLUS Num. measured all: 440419 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 27.9 % |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 1BE3 解像度: 3→20 Å / 交差検証法: THROUGHOUT
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原子変位パラメータ | Biso mean: 30 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 3→20 Å
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拘束条件 |
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