+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1bgp | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | CRYSTAL STRUCTURE OF BARLEY GRAIN PEROXIDASE 1 | ||||||
要素 | BARLEY GRAIN PEROXIDASE | ||||||
キーワード | OXIDOREDUCTASE (酸化還元酵素) / PEROXIDASE (ペルオキシダーゼ) / CHROMOPROTEIN | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 ペルオキシダーゼ / peroxidase activity / hydrogen peroxide catabolic process / response to oxidative stress / heme binding / extracellular region / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Hordeum vulgare (オオムギ) | ||||||
手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å | ||||||
データ登録者 | Henriksen, A. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 1998 タイトル: Structure of barley grain peroxidase refined at 1.9-A resolution. A plant peroxidase reversibly inactivated at neutral pH. 著者: Henriksen, A. / Welinder, K.G. / Gajhede, M. | ||||||
履歴 |
|
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
---|
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1bgp.cif.gz | 72.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb1bgp.ent.gz | 56.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1bgp.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bg/1bgp ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bg/1bgp | HTTPS FTP |
---|
-関連構造データ
関連構造データ | 1schS S: 精密化の開始モデル |
---|---|
類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
単位格子 |
|
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 33865.188 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Hordeum vulgare (オオムギ) / 参照: UniProt: Q40069, ペルオキシダーゼ |
---|---|
#2: 化合物 | ChemComp-CA / |
#3: 化合物 | ChemComp-NA / |
#4: 化合物 | ChemComp-HEM / |
#5: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
---|
-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.28 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.12 % | ||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
結晶化 | pH: 7.5 / 詳細: pH 7.5 | ||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: Henriksen, A., (1992) J. Mol. Biol., 228, 690. | ||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
|
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 287 K |
---|---|
放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RUH2R / 波長: 1.5418 |
検出器 | タイプ: RIGAKU / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1994年3月1日 / 詳細: COLLIMATOR |
放射 | モノクロメーター: GRAPHITE(002) / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.9→38 Å / Num. obs: 24371 / % possible obs: 96.8 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5.8 % / Biso Wilson estimate: 18.9 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.097 / Rsym value: 0.088 / Net I/σ(I): 7.4 |
反射 シェル | 解像度: 1.9→1.99 Å / 冗長度: 3.7 % / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / Rsym value: 0.416 / % possible all: 81.4 |
反射 | *PLUS Num. measured all: 140862 / Rmerge(I) obs: 0.088 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 81.4 % / Rmerge(I) obs: 0.416 |
-解析
ソフトウェア |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 1SCH, POLY-ALA CHAIN 解像度: 1.9→38 Å / Isotropic thermal model: RESTRAINED / σ(F): 0
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 23.5 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.21 Å / Luzzati d res low obs: 30 Å / Luzzati sigma a obs: 0.23 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.9→38 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | 解像度: 1.9→1.99 Å / Total num. of bins used: 8 /
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Xplor file |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ソフトウェア | *PLUS 名称: X-PLOR / バージョン: 3.1 / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS Rfactor Rfree: 0.23 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
|