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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1bg4 | |||||||||
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タイトル | XYLANASE FROM PENICILLIUM SIMPLICISSIMUM | |||||||||
要素 | ENDO-1,4-BETA-XYLANASEキシラナーゼ | |||||||||
キーワード | FAMILY 10 XYLANASE / PENICILLIUM SIMPLICISSIMUM / TIM-BARREL (TIMバレル) / GLYCOSYL HYDROLASE (グリコシダーゼ) | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 endo-1,4-beta-xylanase activity / キシラナーゼ / xylan catabolic process / extracellular region 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Penicillium simplicissimum (菌類) | |||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.75 Å | |||||||||
データ登録者 | Schmidt, A. / Kratky, C. | |||||||||
引用 | ジャーナル: Protein Sci. / 年: 1998 タイトル: Structure of the xylanase from Penicillium simplicissimum. 著者: Schmidt, A. / Schlacher, A. / Steiner, W. / Schwab, H. / Kratky, C. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1bg4.cif.gz | 76.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1bg4.ent.gz | 59.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1bg4.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bg/1bg4 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bg/1bg4 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 1xyzS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 32566.473 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: PENICILLIUM SIMPLICISSIMUM (OUDEM.) THOM / 由来: (天然) Penicillium simplicissimum (菌類) / 細胞内の位置: SECRETED分泌 / 参照: UniProt: P56588, キシラナーゼ | ||||||
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#2: 化合物 | ChemComp-NA / #3: 化合物 | #4: 化合物 | ChemComp-GOL / #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.25 Å3/Da / 溶媒含有率: 62 % 解説: DATA WERE COLLECTED AT THE ELETTRA SYNCHROTRON LIGHT SOURCE, TRIESTE, ITALY | ||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 277 K / pH: 8.4 詳細: PROTEIN WAS CRYSTALLIZED FROM 1.9M (NH4)2SO4, 0.1M TRISHCL PH 8.4 AT 4 C, temperature 277K | ||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 4 ℃ / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 | ||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ELETTRA / ビームライン: 5.2R / 波長: 0.85 |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE AREA DETECTOR / 日付: 1997年7月1日 / 詳細: TOROIDAL MIRROR |
放射 | モノクロメーター: SI(111) / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.85 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.75→10 Å / Num. obs: 43712 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 5 % / Biso Wilson estimate: 11.6 Å2 / Rsym value: 0.059 / Net I/σ(I): 15 |
反射 シェル | 解像度: 1.75→1.79 Å / 冗長度: 5 % / Mean I/σ(I) obs: 4 / Rsym value: 0.232 / % possible all: 100 |
反射 | *PLUS Rmerge(I) obs: 0.059 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 100 % / Rmerge(I) obs: 0.232 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 1XYZ 解像度: 1.75→10 Å / Rfactor Rfree error: 0.0034 / Data cutoff high absF: 100000 / Data cutoff low absF: 0.001 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: FREE R THROUGHOUT / σ(F): 0 詳細: PARAMETER/TOPOLOGY FILES FOR HET GROUPS EXCEPT WATER SELF-SETUP
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原子変位パラメータ | Biso mean: 10 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.75→10 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.75→1.83 Å / Rfactor Rfree error: 0.011 / Total num. of bins used: 8
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Xplor file |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: X-PLOR / バージョン: 3.851 / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | *PLUS Rfactor obs: 0.268 |