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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1bbt | ||||||
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タイトル | METHODS USED IN THE STRUCTURE DETERMINATION OF FOOT AND MOUTH DISEASE VIRUS | ||||||
要素 |
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キーワード | VIRUS (ウイルス) / Icosahedral virus | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 icosahedral viral capsid / host cell cytoplasm / symbiont entry into host cell / structural molecule activity / virion attachment to host cell / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Foot-and-mouth disease virus (口蹄疫ウイルス) | ||||||
手法 | X線回折 / 解像度: 2.6 Å | ||||||
データ登録者 | Acharya, K.R. / Fry, E.E. / Logan, D.T. / Stuart, D.I. | ||||||
引用 | ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.A / 年: 1993 タイトル: Methods used in the structure determination of foot-and-mouth disease virus. 著者: Fry, E. / Acharya, R. / Stuart, D. #1: ジャーナル: New Aspects of Positive-Strand RNA Viruses / 年: 1990 タイトル: The Three-Dimensional Structure of Foot-and-Mouth Disease Virus 著者: Acharya, R. / Fry, E. / Logan, D. / Stuart, D. / Brown, F. / Fox, G. / Rowlands, D. #2: ジャーナル: Semin.Virol. / 年: 1990 タイトル: Architecture and Topography of an Aphthovirus 著者: Fry, E. / Logan, D. / Acharya, R. / Fox, G. / Rowlands, D. / Brown, F. / Stuart, D. #3: ジャーナル: Nature / 年: 1990 タイトル: Structural and Serological Evidence for a Novel Mechanism of Antigenic Variation in Foot-and-Mouth Disease Virus 著者: Parry, N. / Fox, G. / Rowlands, D. / Brown, F. / Fry, E. / Acharya, R. / Logan, D. / Stuart, D. #4: ジャーナル: Use of X-Ray Crystallography in the Design of Antiviral Agents 年: 1990 タイトル: Structure of Foot-and-Mouth Disease Virus 著者: Acharya, R. / Fry, E. / Logan, D. / Stuart, D.I. / Fox, G. / Rowlands, D. / Brown, F. #5: ジャーナル: Vet.Microbiol. / 年: 1990 タイトル: The Structure of Foot-and-Mouth Disease Virus: Implications for its Physical and Biological Properties 著者: Acharya, R. / Fry, E. / Stuart, D. / Fox, G. / Rowlands, D. / Brown, F. #6: ジャーナル: Nature / 年: 1989 タイトル: The Three-Dimensional Structure of Foot-and-Mouth Disease Virus at 2.9 Angstroms Resolution 著者: Acharya, R. / Fry, E. / Stuart, D. / Fox, G. / Rowlands, D. / Brown, F. #7: ジャーナル: Vaccines 89: Modern Approaches to New Vaccines Including Prevention of Aids 年: 1989 タイトル: Implications of the Three-Dimensional Structure of Foot-and-Mouth Disease Virus for its Antigenicity and Cell Attachment 著者: Acharya, R. / Fry, E. / Stuart, D. / Fox, G. / Rowlands, D. / Brown, F. #8: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1987 タイトル: Crystallization and Preliminary X-Ray Diffraction Analysis of Foot-and-Mouth Disease Virus 著者: Fox, G. / Stuart, D. / Acharya, K.R. / Fry, E. / Rowlands, D. / Brown, F. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1bbt.cif.gz | 141.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1bbt.ent.gz | 110.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1bbt.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bb/1bbt ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bb/1bbt | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
類似構造データ |
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-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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| x 5||||||||||||||||||
4 |
| x 6||||||||||||||||||
5 |
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6 |
| x 5||||||||||||||||||
単位格子 |
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Atom site foot note | 1: CIS PROLINE - PRO 1 111 / 2: CIS PROLINE - PRO 2 84 | ||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: (ヘルマン・モーガン記号: 532 / シェーンフリース記号: I (正20面体型対称)) | ||||||||||||||||||
非結晶学的対称性 (NCS) | NCS oper:
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 23814.158 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Foot-and-mouth disease virus (口蹄疫ウイルス) 属: Aphthovirus / 株: BFS, 1860 / 参照: UniProt: Q84771 |
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#2: タンパク質 | 分子量: 24373.455 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Foot-and-mouth disease virus (口蹄疫ウイルス) 属: Aphthovirus / 株: BFS, 1860 / 参照: UniProt: Q84771 |
#3: タンパク質 | 分子量: 23860.830 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Foot-and-mouth disease virus (口蹄疫ウイルス) 属: Aphthovirus / 株: BFS, 1860 / 参照: UniProt: Q84771 |
#4: タンパク質 | 分子量: 8778.129 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Foot-and-mouth disease virus (口蹄疫ウイルス) 属: Aphthovirus / 株: BFS, 1860 / 参照: UniProt: O90754 |
配列の詳細 | SEQUENCE ADVISORY NOTICE: DIFFERENCE BETWEEN SWISS-PROT AND PDB SEQUENCE. SWISS-PROT ENTRY NAME: ...SEQUENCE ADVISORY NOTICE: DIFFERENCE |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 |
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-試料調製
結晶化 | *PLUS pH: 7.6 / 手法: microdialysis | ||||||||||||||||||||||||
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溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
放射 | 散乱光タイプ: x-ray |
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放射波長 | 相対比: 1 |
反射 | *PLUS 最高解像度: 2.8 Å / 最低解像度: 10000 Å / Num. obs: 130500 / % possible obs: 87.2 % / Num. measured all: 393699 / Rmerge(I) obs: 0.139 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | Rfactor Rwork: 0.169 / Rfactor obs: 0.169 / 最高解像度: 2.6 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 最高解像度: 2.6 Å
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拘束条件 |
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精密化 | *PLUS 最高解像度: 2.8 Å / Rfactor obs: 0.17 / Rfactor Rwork: 0.17 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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