+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1b6r | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | N5-CARBOXYAMINOIMIDAZOLE RIBONUCLEOTIDE SYNTHETASE FROM E. COLI | ||||||
要素 | PROTEIN (N5-CARBOXYAMINOIMIDAZOLE RIBONUCLEOTIDE SYNTHETASE) | ||||||
キーワード | LYASE (リアーゼ) / ATP-GRASP / CARBOXYPHOSPHATE / PURINE BIOSYNTHESIS (プリン代謝) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 5-(カルボキシアミノ)イミダゾールリボヌクレオチドシンターゼ / 5-(carboxyamino)imidazole ribonucleotide synthase activity / phosphoribosylaminoimidazole carboxylase activity / 'de novo' IMP biosynthetic process / ATP binding / metal ion binding / 細胞質基質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Escherichia coli (大腸菌) | ||||||
手法 | X線回折 / 多重同系置換 / 解像度: 2.1 Å | ||||||
データ登録者 | Thoden, J.B. / Kappock, T.J. / Stubbe, J. / Holden, H.M. | ||||||
引用 | ジャーナル: Biochemistry / 年: 1999 タイトル: Three-dimensional structure of N5-carboxyaminoimidazole ribonucleotide synthetase: a member of the ATP grasp protein superfamily. 著者: Thoden, J.B. / Kappock, T.J. / Stubbe, J. / Holden, H.M. | ||||||
履歴 |
|
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
---|
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1b6r.cif.gz | 81.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb1b6r.ent.gz | 61.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1b6r.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/b6/1b6r ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/b6/1b6r | HTTPS FTP |
---|
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
単位格子 |
|
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 39528.000 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: P09029, ホスホリボシルアミノイミダゾールカルボキシラーゼ |
---|---|
#2: 化合物 | ChemComp-SO4 / |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 3 |
---|
-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 64 % | ||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
結晶化 | pH: 7.8 / 詳細: 100MM HEPPS, PH 7.8 0.575 M AMMONIUM SULFATE | ||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: macroseeding | ||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
|
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 280 K |
---|---|
放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.5418 |
検出器 | タイプ: BRUKER / 検出器: AREA DETECTOR / 日付: 1998年2月15日 / 詳細: GOBEL MIRRORS |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.1→30 Å / Num. obs: 30332 / % possible obs: 95.6 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.9 % / Rmerge(I) obs: 0.047 / Rsym value: 0.047 / Net I/σ(I): 24.3 |
反射 シェル | 解像度: 2.1→2.2 Å / 冗長度: 2 % / Rmerge(I) obs: 0.292 / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / Rsym value: 0.292 / % possible all: 78.9 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 78.9 % |
-解析
ソフトウェア |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: 多重同系置換 / 解像度: 2.1→30 Å / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: TNT PROTGEO
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | 溶媒モデル: TNT / Bsol: 696.7 Å2 / ksol: 1.032 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.1→30 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ソフトウェア | *PLUS 名称: TNT / バージョン: 5D / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS Rfactor all: 0.196 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
|