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万見
- PDB-1b6g: HALOALKANE DEHALOGENASE AT PH 5.0 CONTAINING CHLORIDE -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1b6g
タイトルHALOALKANE DEHALOGENASE AT PH 5.0 CONTAINING CHLORIDE
要素HALOALKANE DEHALOGENASE
キーワードHYDROLASE (加水分解酵素) / HALOALKANE DEHALOGENASE / ALPHA/BETA-HYDROLASE
機能・相同性
機能・相同性情報


1,2-dichloroethane catabolic process / haloalkane dehalogenase / haloalkane dehalogenase activity / response to toxic substance
類似検索 - 分子機能
Haloalkane dehalogenase, subfamily 1 / Epoxide hydrolase-like / alpha/beta hydrolase fold / Alpha/beta hydrolase fold-1 / Alpha/Beta hydrolase fold, catalytic domain / Alpha/Beta hydrolase fold / ロスマンフォールド / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Haloalkane dehalogenase
類似検索 - 構成要素
生物種Xanthobacter autotrophicus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.15 Å
データ登録者Ridder, I.S. / Rozeboom, H.J. / Dijkstra, B.W.
引用
ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 1999
タイトル: Haloalkane dehalogenase from Xanthobacter autotrophicus GJ10 refined at 1.15 A resolution.
著者: Ridder, I.S. / Rozeboom, H.J. / Dijkstra, B.W.
#1: ジャーナル: Biochemistry / 年: 1998
タイトル: Kinetic Analysis and X-Ray Structure of Haloalkane Dehalogenase with a Modified Halide-Binding Site
著者: Krooshof, G.H. / Ridder, I.S. / Tepper, A.W. / Vos, G.J. / Rozeboom, H.J. / Kalk, K.H. / Dijkstra, B.W. / Janssen, D.B.
#2: ジャーナル: Nature / 年: 1993
タイトル: Crystallographic Analysis of the Catalytic Mechanism of Haloalkane Dehalogenase
著者: Verschueren, K.H. / Seljee, F. / Rozeboom, H.J. / Kalk, K.H. / Dijkstra, B.W.
#3: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1993
タイトル: Refined X-Ray Structures of Haloalkane Dehalogenase at Ph 6.2 And Ph 8.2 And Implications for the Reaction Mechanism
著者: Verschueren, K.H. / Franken, S.M. / Rozeboom, H.J. / Kalk, K.H. / Dijkstra, B.W.
#4: ジャーナル: Embo J. / 年: 1991
タイトル: Crystal Structure of Haloalkane Dehalogenase: An Enzyme to Detoxify Halogenated Alkanes
著者: Franken, S.M. / Rozeboom, H.J. / Kalk, K.H. / Dijkstra, B.W.
#5: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1988
タイトル: Crystallization of Haloalkane Dehalogenase from Xanthobacter Autotrophicus Gj10
著者: Rozeboom, H.J. / Kingma, J. / Janssen, D.B. / Dijkstra, B.W.
履歴
登録1999年1月14日処理サイト: BNL
改定 1.01999年7月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月3日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Non-polymer description / Version format compliance
改定 1.32023年8月2日Group: Database references / Derived calculations ...Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status ...database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.process_site / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: HALOALKANE DEHALOGENASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,38611
ポリマ－35,5741
非ポリマー81210
水10,827601
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)92.180, 72.029, 40.909
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-2499-

HOH

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要素

#1: タンパク質 HALOALKANE DEHALOGENASE /


分子量: 35574.152 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Xanthobacter autotrophicus (バクテリア)
株: GJ10 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P22643, haloalkane dehalogenase
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン / 硫酸塩


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド / 塩化物


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル / グリセリン


分子量: 92.094 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 601 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.89 Å3/Da / 溶媒含有率: 35 %
結晶化pH: 5 / 詳細: pH 5.0
結晶化
*PLUS
手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細
12.5 mg/mlprotein1drop
224-26 %ammonium sulfate1dropsaturated at 273K
3100 mMMES1drop
449-53 %ammonium sulfate1reservoir
5100 mMMES1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-3 / 波長: 0.9475
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 1998年4月6日
放射単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9475 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.152→30 Å / Num. obs: 94837 / % possible obs: 97.6 % / 冗長度: 3.67 % / Rmerge(I) obs: 0.039 / Net I/σ(I): 30.8
反射 シェル解像度: 1.15→1.17 Å / 冗長度: 3.52 % / Rmerge(I) obs: 0.316 / Mean I/σ(I) obs: 2.7 / % possible all: 92.5
反射
*PLUS
Num. measured all: 347849
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 92.5 %

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解析

ソフトウェア
名称分類
SHELXL-97モデル構築
SHELXL-97精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SHELXL-97位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1BE0

1be0


解像度: 1.15→15 Å / Num. parameters: 29678 / Num. restraintsaints: 36636 / 交差検証法: FREE R / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: ENGH AND HUBER
詳細: ANISOTROPIC REFINEMENT REDUCED RWORK (NO CUTOFF) FROM 16.4% TO 13.4% AND RFREE FROM 19.6% TO 17.3%. THE FOLLOWING ARE APPARENT CLOSE CONTACTS BUT ACTUALLY INVOLVE DIFFERENT ALTERNATE ...詳細: ANISOTROPIC REFINEMENT REDUCED RWORK (NO CUTOFF) FROM 16.4% TO 13.4% AND RFREE FROM 19.6% TO 17.3%. THE FOLLOWING ARE APPARENT CLOSE CONTACTS BUT ACTUALLY INVOLVE DIFFERENT ALTERNATE CONFORMATIONS: CLOSE CONTACT C3 GOL 1204 - O HOH 2608 0.604 CLOSE CONTACT CD AGLU 280 - O HOH 2586 0.938 CLOSE CONTACT CE BLYS 192 - O HOH 2549 0.662 CLOSE CONTACT NH1BARG 300 - O HOH 2607 1.006 CLOSE CONTACT NZ BLYS 192 - O HOH 2549 0.874 CLOSE CONTACT O HOH 2558 - O HOH 2565 1.168 CLOSE CONTACT O HOH 2565 - O HOH 2558 1.168 CLOSE CONTACT OD1BASP 137 - O HOH 2585 0.681 CLOSE CONTACT OD2BASP 137 - O HOH 2584 0.868 CLOSE CONTACT OE1AGLU 280 - O HOH 2586 0.955 CLOSE CONTACT OE1BGLU 72 - O HOH 2591 1.117 CLOSE CONTACTCL CL 1999 - O HOH 2000 0.267
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1454 5193 5.5 %RANDOM
all0.1051 94752 --
obs0.1059 -97.6 %-
溶媒の処理溶媒モデル: MOEWS & KRETSINGER, J.MOL.BIOL.91(1973)201-2
Refine analyzeNum. disordered residues: 34 / Occupancy sum hydrogen: 2406.8 / Occupancy sum non hydrogen: 3064.8
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.15→15 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2480 0 49 601 3130
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONs_bond_d0.013
X-RAY DIFFRACTIONs_angle_d0.029
X-RAY DIFFRACTIONs_similar_dist0
X-RAY DIFFRACTIONs_from_restr_planes0.028
X-RAY DIFFRACTIONs_zero_chiral_vol0.092
X-RAY DIFFRACTIONs_non_zero_chiral_vol0.105
X-RAY DIFFRACTIONs_anti_bump_dis_restr0.121
X-RAY DIFFRACTIONs_rigid_bond_adp_cmpnt0.005
X-RAY DIFFRACTIONs_similar_adp_cmpnt0.042
X-RAY DIFFRACTIONs_approx_iso_adps0.08

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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