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- PDB-1b0u: ATP-BINDING SUBUNIT OF THE HISTIDINE PERMEASE FROM SALMONELLA TYP... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1b0u
タイトルATP-BINDING SUBUNIT OF THE HISTIDINE PERMEASE FROM SALMONELLA TYPHIMURIUM
要素HISTIDINE PERMEASE
キーワードTRANSPORT PROTEIN (運搬体タンパク質) / ABC TRANSPORTER / HISTIDINE PERMEASE
機能・相同性
機能・相同性情報


ABC-type amino acid transporter activity / ATP hydrolysis activity / ATP binding / 細胞膜
類似検索 - 分子機能
ABC-type amino acid transport system, ATPase component, HisP-type / ABC transporter-like, conserved site / ABC transporters family signature. / ABC transporter / ABC transporter-like, ATP-binding domain / ATP-binding cassette, ABC transporter-type domain profile. / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase ...ABC-type amino acid transport system, ATPase component, HisP-type / ABC transporter-like, conserved site / ABC transporters family signature. / ABC transporter / ABC transporter-like, ATP-binding domain / ATP-binding cassette, ABC transporter-type domain profile. / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / ロスマンフォールド / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / Histidine transport ATP-binding protein HisP
類似検索 - 構成要素
生物種Salmonella typhimurium (サルモネラ菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.5 Å
データ登録者Hung, L.-W. / Wang, I.X. / Nikaido, K. / Liu, P.-Q. / Ames, G.F.-L. / Kim, S.-H.
引用ジャーナル: Nature / : 1998
タイトル: Crystal structure of the ATP-binding subunit of an ABC transporter.
著者: Hung, L.W. / Wang, I.X. / Nikaido, K. / Liu, P.Q. / Ames, G.F. / Kim, S.H.
履歴
登録1998年11月12日登録サイト: BNL / 処理サイト: RCSB
改定 1.01999年11月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12007年10月16日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年12月27日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: HISTIDINE PERMEASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,9365
ポリマ-29,3231
非ポリマー6144
5,747319
1
A: HISTIDINE PERMEASE
ヘテロ分子

A: HISTIDINE PERMEASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,87310
ポリマ-58,6462
非ポリマー1,2278
362
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation5_645-x+3/2,y-1/2,-z+3/41
単位格子
Length a, b, c (Å)68.809, 68.809, 148.033
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number96
Space group name H-MP43212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-601-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 HISTIDINE PERMEASE / ABC TRANSPORTER / HISP


分子量: 29322.834 Da / 分子数: 1 / 断片: ATP-BINDING SUBUNIT / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Salmonella typhimurium (サルモネラ菌)
生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 細胞内の位置 (発現宿主): CYTOPLASM / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: P02915
#2: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド / 塩化物


分子量: 35.453 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / : Cl
#3: 化合物 ChemComp-ATP / ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / ATP / アデノシン三リン酸


分子量: 507.181 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / : C10H16N5O13P3 / コメント: ATP, エネルギー貯蔵分子*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water /


分子量: 18.015 Da / 分子数: 319 / 由来タイプ: 天然 / : H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.9 Å3/Da / 溶媒含有率: 46 %
結晶化pH: 7 / 詳細: pH 7.00
結晶
*PLUS
結晶化
*PLUS
pH: 7 / 手法: sparse matrix method
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
115 mg/mlprotein11
220 %glycerol11
32 mMEDTA11
450 mMimidazol11
50.1 MHEPES11
610 mMATP11
720 %PEG600012
81.2 M12LiCl
90.1 MHEPES12
1010 mMATP12

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.2 / 波長: 1.000, 0.9800, 0.97977, 0.9686
検出器タイプ: ADSC / 検出器: CCD / 日付: 1998年6月15日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: SI 1 1 1 / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
111
20.981
30.979771
40.96861
反射解像度: 1.5→20 Å / Num. obs: 56098 / % possible obs: 97 % / 冗長度: 3.7 % / Biso Wilson estimate: 17.1 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.05 / Net I/σ(I): 10.4
反射 シェル解像度: 1.5→1.53 Å / 冗長度: 2 % / Rmerge(I) obs: 0.266 / Mean I/σ(I) obs: 3.8 / % possible all: 88.1
反射
*PLUS
最高解像度: 1.5 Å / 最低解像度: 20 Å / % possible obs: 97 % / 冗長度: 3.7 % / Biso Wilson estimate: 17.1 Å2
反射 シェル
*PLUS
冗長度: 2 % / Mean I/σ(I) obs: 3.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SOLVE位相決定
CNS0.4精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 1.5→20 Å / Rfactor Rfree error: 0.003 / Data cutoff high rms absF: 474920 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.211 5039 10.1 %RANDOM
Rwork0.185 ---
obs0.185 49829 86.3 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 46.08 Å2 / ksol: 0.39 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 18.5 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.56 Å20 Å20 Å2
2--1.56 Å20 Å2
3----3.13 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.18 Å0.15 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.07 Å0.06 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.5→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2023 0 34 319 2376
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.018
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg2.3
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d23.3
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d2.61
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.61.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2.382
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it8.592
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it5.072.5
LS精密化 シェル解像度: 1.5→1.59 Å / Rfactor Rfree error: 0.008 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.21 644 10.3 %
Rwork0.19 5603 -
obs--66.2 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2WATER_REP.PARAMWATER.TOP
X-RAY DIFFRACTION3ATP.PARATP.TOP
X-RAY DIFFRACTION4ION.PARAMION.TOP
ソフトウェア
*PLUS
名称: CNS / バージョン: 0.4 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
Rfactor all: 0.195
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg23.3
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg2.61
LS精密化 シェル
*PLUS
Rfactor Rfree: 0.21 / Rfactor Rwork: 0.19

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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