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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1ayl | ||||||
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タイトル | PHOSPHOENOLPYRUVATE CARBOXYKINASE | ||||||
要素 | PHOSPHOENOLPYRUVATE CARBOXYKINASEホスホエノールピルビン酸カルボキシキナーゼ | ||||||
キーワード | KINASE (TRANSPHOSPHORYLATING) / P-LOOP (Walkerモチーフ) / PROTEIN-ATP COMPLEX / NUCLEOTIDE-TRIPHOSPHATE HYDROLASE | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 phosphoenolpyruvate carboxykinase (ATP) / phosphoenolpyruvate carboxykinase (ATP) activity / 糖新生 / calcium ion binding / magnesium ion binding / ATP binding / 細胞質基質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Escherichia coli (大腸菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 1.8 Å | ||||||
データ登録者 | Tari, L.W. / Pugazenthi, U. / Goldie, H. / Delbaere, L.T.J. | ||||||
引用 | ジャーナル: Nat.Struct.Biol. / 年: 1996 タイトル: Snapshot of an enzyme reaction intermediate in the structure of the ATP-Mg2+-oxalate ternary complex of Escherichia coli PEP carboxykinase. 著者: Tari, L.W. / Matte, A. / Pugazhenthi, U. / Goldie, H. / Delbaere, L.T. #1: ジャーナル: To be Published タイトル: Allosteric Control by Calcium and Mechanism of Desensitization of Phosphoenolpyruvate Carboxykinase of Escherichia Coli 著者: Goldie, H. / Sanwal, B.D. #2: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1996 タイトル: Crystal Structure of Escherichia Coli Phosphoenolpyruvate Carboxykinase: A New Structural Family with the P-Loop Nucleoside Triphosphate Hydrolase Fold 著者: Matte, A. / Goldie, H. / Sweet, R.M. / Delbaere, L.T. #3: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1991 タイトル: Crystallization of the Calcium-Activated Phosphoenolpyruvate Carboxykinase from Escherichia Coli K12 著者: Delbaere, L.T. / Vandonselaar, M. / Glaeske, D. / Jabs, C. / Goldie, H. #4: ジャーナル: J.Bacteriol. / 年: 1990 タイトル: Sequence of the Pcka Gene of Escherichia Coli K-12: Relevance to Genetic and Allosteric Regulation and Homology of E. Coli Phosphoenolpyruvate Carboxykinase with the Enzymes from ...タイトル: Sequence of the Pcka Gene of Escherichia Coli K-12: Relevance to Genetic and Allosteric Regulation and Homology of E. Coli Phosphoenolpyruvate Carboxykinase with the Enzymes from Trypanosoma Brucei and Saccharomyces Cerevisiae 著者: Medina, V. / Pontarollo, R. / Glaeske, D. / Tabel, H. / Goldie, H. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1ayl.cif.gz | 155.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1ayl.ent.gz | 121 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1ayl.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ay/1ayl ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ay/1ayl | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 59796.254 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: ORDERED MAGNESIUM ION OBSERVED BOUND TO ATP / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K12 参照: UniProt: P22259, phosphoenolpyruvate carboxykinase (ATP) |
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#2: 化合物 | ChemComp-OXL / |
#3: 化合物 | ChemComp-MG / |
#4: 化合物 | ChemComp-ATP / |
#5: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 49 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 21 ℃ / pH: 4.4 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-6B / 波長: 1 |
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検出器 | タイプ: FUJI / 検出器: IMAGE PLATE |
放射 | 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | Num. obs: 40067 / % possible obs: 76.7 % / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 2.2 % / Rmerge(I) obs: 0.076 |
反射 | *PLUS 最高解像度: 1.8 Å |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 1.8→6 Å / σ(F): 2 詳細: MET 477 HAS DISALLOWED RAMACHANDRAN ANGLES; THE DEPOSITORS ACCOUNT FOR THIS AS IT IS THE SECOND RESIDUE WITHIN A GAMMA-TURN.
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原子変位パラメータ | Biso mean: 21.42 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.2 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.8→6 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: X-PLOR / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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