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- PDB-1ayf: BOVINE ADRENODOXIN (OXIDIZED) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1ayf
タイトルBOVINE ADRENODOXIN (OXIDIZED)
要素ADRENODOXINAdrenal ferredoxin
キーワードELECTRON TRANSPORT (電子伝達系) / [2FE-2S]FERREDOXIN / ADRENODOXIN
機能・相同性
機能・相同性情報


Mitochondrial iron-sulfur cluster biogenesis / Pregnenolone biosynthesis / Endogenous sterols / Electron transport from NADPH to Ferredoxin / hormone biosynthetic process / P450-containing electron transport chain / steroid biosynthetic process / 電子伝達系 / cellular response to forskolin / cellular response to cAMP ...Mitochondrial iron-sulfur cluster biogenesis / Pregnenolone biosynthesis / Endogenous sterols / Electron transport from NADPH to Ferredoxin / hormone biosynthetic process / P450-containing electron transport chain / steroid biosynthetic process / 電子伝達系 / cellular response to forskolin / cellular response to cAMP / cholesterol metabolic process / respiratory electron transport chain / 2 iron, 2 sulfur cluster binding / electron transfer activity / ミトコンドリアマトリックス / protein homodimerization activity / ミトコンドリア / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Adrenodoxin, iron-sulphur binding site / Adrenodoxin family, iron-sulfur binding region signature. / Adrenodoxin / 2Fe-2S iron-sulfur cluster binding domain / Beta-grasp domain / Beta-grasp domain superfamily / 2Fe-2S ferredoxin-type iron-sulfur binding domain profile. / 2Fe-2S ferredoxin-type iron-sulfur binding domain / 2Fe-2S ferredoxin-like superfamily / Ubiquitin-like (UB roll) ...Adrenodoxin, iron-sulphur binding site / Adrenodoxin family, iron-sulfur binding region signature. / Adrenodoxin / 2Fe-2S iron-sulfur cluster binding domain / Beta-grasp domain / Beta-grasp domain superfamily / 2Fe-2S ferredoxin-type iron-sulfur binding domain profile. / 2Fe-2S ferredoxin-type iron-sulfur binding domain / 2Fe-2S ferredoxin-like superfamily / Ubiquitin-like (UB roll) / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER / Adrenodoxin, mitochondrial
類似検索 - 構成要素
生物種Bos taurus (ウシ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.85 Å
データ登録者Mueller, A. / Mueller, J.J. / Heinemann, U.
引用ジャーナル: Structure / 年: 1998
タイトル: New aspects of electron transfer revealed by the crystal structure of a truncated bovine adrenodoxin, Adx(4-108).
著者: Muller, A. / Muller, J.J. / Muller, Y.A. / Uhlmann, H. / Bernhardt, R. / Heinemann, U.
履歴
登録1997年11月3日処理サイト: BNL
改定 1.01998年12月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Non-polymer description / Version format compliance
改定 1.32024年2月7日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / diffrn_source / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ADRENODOXIN
B: ADRENODOXIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,7665
ポリマ－23,3222
非ポリマー4443
水3,009167
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)44.180, 78.340, 60.600
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-603-

HOH

非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper: (Code: given
Matrix: (0.328, 0.9268, 0.183), (0.9442, -0.3158, -0.09306), (-0.02844, 0.2033, -0.9787)
ベクター: -0.2346, 1.556, 13.06)

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要素

#1: タンパク質 ADRENODOXIN / Adrenal ferredoxin


分子量: 11661.205 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bos taurus (ウシ) / 器官: ADRENAL GLAND / Organelle: MITOCHONDRIONミトコンドリア / プラスミド: PKKHC, PMIXT / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): HB 101 / 参照: UniProt: P00257
#2: 化合物 ChemComp-FES / FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER / 鉄・硫黄クラスター


分子量: 175.820 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe2S2
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル / グリセリン


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 167 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.24 Å3/Da / 溶媒含有率: 44 %
結晶化pH: 7.4
詳細: PROTEIN WAS CRYSTALLIZED FROM 30% PEG 4000, 10% GLYCEROL, 100 MM TRIS, PH 7.4, 100MM MGCL2, 20 MG/ML PROTEIN
結晶化
*PLUS
温度: 4 ℃ / pH: 7.3 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
120 mg/mlprotein1drop
230 %(w/v)PEG40001reservoir
3100 mMTris-HCl1reservoir
410 %glycerol1reservoir
5100 mM1reservoirMgCl2

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データ収集

回折平均測定温度: 123 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: X11 / 波長: 0.92
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1997年3月1日 / 詳細: TOROIDAL MIRROR
放射モノクロメーター: SI(111) / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.92 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.75→11 Å / Num. obs: 21775 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 5 % / Biso Wilson estimate: 19.2 Å2 / Rsym value: 0.044 / Net I/σ(I): 30.956
反射 シェル解像度: 1.75→1.81 Å / 冗長度: 4.5 % / Mean I/σ(I) obs: 7.74 / Rsym value: 0.204 / % possible all: 99.1
反射
*PLUS
最低解像度: 10 Å / Rmerge(I) obs: 0.044 / Biso Wilson estimate: 16.4 Å2
反射 シェル
*PLUS
冗長度: 5 % / Rmerge(I) obs: 0.204 / Mean I/σ(I) obs: 7.7

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解析

ソフトウェア
名称分類
直接法モデル構築
HEAVYモデル構築
MLPHARE位相決定
CCP4精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
直接法位相決定
HEAVY位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 1.85→11 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.253 1911 10 %RANDOM
Rwork0.195 ---
obs0.193 18431 99.9 %-
all-18431 --
原子変位パラメータBiso mean: 23.6 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.2 Å / Luzzati d res low obs: 11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.85→11 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1592 0 14 167 1773
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONp_bond_d0.0120.02
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_d0.0150.02
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_deg
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_d
X-RAY DIFFRACTIONp_hb_or_metal_coord
X-RAY DIFFRACTIONp_mcbond_it2.083
X-RAY DIFFRACTIONp_mcangle_it2.8144
X-RAY DIFFRACTIONp_scbond_it2.9434
X-RAY DIFFRACTIONp_scangle_it4.1125
X-RAY DIFFRACTIONp_plane_restr0.02430.03
X-RAY DIFFRACTIONp_chiral_restr0.1280.15
X-RAY DIFFRACTIONp_singtor_nbd0.1850.3
X-RAY DIFFRACTIONp_multtor_nbd0.2620.3
X-RAY DIFFRACTIONp_xhyhbond_nbd00.3
X-RAY DIFFRACTIONp_xyhbond_nbd0.1890.3
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_tor4.24
X-RAY DIFFRACTIONp_staggered_tor19.415
X-RAY DIFFRACTIONp_orthonormal_tor
X-RAY DIFFRACTIONp_transverse_tor29.415
X-RAY DIFFRACTIONp_special_tor015
ソフトウェア
*PLUS
名称: CCP4 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
Rfactor obs: 0.195
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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