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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1axz | |||||||||
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タイトル | ERYTHRINA CORALLODENDRON LECTIN IN COMPLEX WITH D-GALACTOSE | |||||||||
要素 | LECTINレクチン | |||||||||
キーワード | LECTIN (レクチン) / GLYCOPROTEIN (糖タンパク質) | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | |||||||||
生物種 | Erythrina corallodendron (サンゴシトウ) | |||||||||
手法 | X線回折 / DIFFERENCE FOURIER FROM PREVIOUSLY DETERMINED, RELATED STRUCTURE / 解像度: 1.95 Å | |||||||||
データ登録者 | Shaanan, B. / Elgavish, S. | |||||||||
引用 | ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1998 タイトル: Structures of the Erythrina corallodendron lectin and of its complexes with mono- and disaccharides. 著者: Elgavish, S. / Shaanan, B. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1axz.cif.gz | 62.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1axz.ent.gz | 47.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1axz.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ax/1axz ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ax/1axz | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
-タンパク質 , 1種, 1分子 A
#1: タンパク質 | 分子量: 26221.180 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Erythrina corallodendron (サンゴシトウ) 参照: UniProt: P16404 |
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-糖 , 3種, 3分子
#2: 多糖 | beta-D-xylopyranose-(1-2)-[alpha-D-mannopyranose-(1-3)][alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D- ...beta-D-xylopyranose-(1-2)-[alpha-D-mannopyranose-(1-3)][alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-3)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose |
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#3: 糖 | ChemComp-GLA / |
#4: 糖 | ChemComp-GAL / |
-非ポリマー , 3種, 137分子
#5: 化合物 | ChemComp-MN / |
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#6: 化合物 | ChemComp-CA / |
#7: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.83 Å3/Da / 溶媒含有率: 67.89 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | pH: 7 / 詳細: pH 7. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS pH: 7 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 298 K |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RUH3R / 波長: 1.5418 |
検出器 | タイプ: RIGAKU / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1996年6月1日 / 詳細: FRANCKS MIRRORS (SUPPER 2 X 6 CM MIRRORS) |
放射 | モノクロメーター: NI FILTER / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.95→20 Å / Num. obs: 28798 / % possible obs: 95.4 % / 冗長度: 3.4 % / Biso Wilson estimate: 20.4 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.06 / Rsym value: 0.06 / Net I/σ(I): 20 |
反射 シェル | 解像度: 1.95→2.02 Å / 冗長度: 3.3 % / Rmerge(I) obs: 0.06 / Mean I/σ(I) obs: 4.5 / Rsym value: 0.24 / % possible all: 95 |
反射 | *PLUS Num. measured all: 99253 / Rmerge(I) obs: 0.06 |
反射 シェル | *PLUS Rmerge(I) obs: 0.243 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: DIFFERENCE FOURIER FROM PREVIOUSLY DETERMINED, RELATED STRUCTURE 開始モデル: UNLIGANDED ECORL 解像度: 1.95→6 Å / Rfactor Rfree error: 0.005 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 詳細: ALPHA AND BETA ANOMERS (O1) OF D-GALACTOSE WERE REFINED; FINAL OCCUPANCY OF ALPHA ANOMER IS 0.45, THAT OF BETA ANOMER IS 0.55. THE REST OF THE GALACTOSE MOLECULES WAS REFINED AS TWO IDENTICAL ...詳細: ALPHA AND BETA ANOMERS (O1) OF D-GALACTOSE WERE REFINED; FINAL OCCUPANCY OF ALPHA ANOMER IS 0.45, THAT OF BETA ANOMER IS 0.55. THE REST OF THE GALACTOSE MOLECULES WAS REFINED AS TWO IDENTICAL MOLECULES, GLA AND GAL (401 AND 402, RESPECTIVELY), WITH FIXED OCCUPANCIES OF 0.5.
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原子変位パラメータ | Biso mean: 23.2 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.95→6 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.95→2.02 Å / Rfactor Rfree error: 0.016 / Total num. of bins used: 10
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Xplor file |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: CNS / バージョン: 0.1 / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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