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- PDB-1awo: THE SOLUTION NMR STRUCTURE OF ABL SH3 AND ITS RELATIONSHIP TO SH2... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1awo
タイトルTHE SOLUTION NMR STRUCTURE OF ABL SH3 AND ITS RELATIONSHIP TO SH2 IN THE SH(32) CONSTRUCT, 20 STRUCTURES
要素ABL TYROSINE KINASE
キーワードKINASE (キナーゼ) / SH3 DOMAIN (SH3ドメイン) / TRANSFERASE (転移酵素) / PHOSPHOTRANSFERASE / PROTO-ONCOGENE (がん遺伝子) / MULTIPLE DOMAIN / LEUKEMIA (白血病)
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of phospholipase C activity / positive regulation of actin filament binding / positive regulation of oxidoreductase activity / transitional one stage B cell differentiation / protein localization to cytoplasmic microtubule plus-end / DNA conformation change / podocyte apoptotic process / DN4 thymocyte differentiation / Role of ABL in ROBO-SLIT signaling / response to epinephrine ...negative regulation of phospholipase C activity / positive regulation of actin filament binding / positive regulation of oxidoreductase activity / transitional one stage B cell differentiation / protein localization to cytoplasmic microtubule plus-end / DNA conformation change / podocyte apoptotic process / DN4 thymocyte differentiation / Role of ABL in ROBO-SLIT signaling / response to epinephrine / activation of protein kinase C activity / nicotinate-nucleotide adenylyltransferase activity / regulation of modification of synaptic structure / positive regulation of extracellular matrix organization / positive regulation of microtubule binding / delta-catenin binding / B cell proliferation involved in immune response / neuroepithelial cell differentiation / microspike assembly / positive regulation of Wnt signaling pathway, planar cell polarity pathway / cerebellum morphogenesis / positive regulation of blood vessel branching / B-1 B cell homeostasis / mitochondrial depolarization / negative regulation of ubiquitin-protein transferase activity / neuropilin signaling pathway / neuropilin binding / bubble DNA binding / negative regulation of protein serine/threonine kinase activity / regulation of Cdc42 protein signal transduction / activated T cell proliferation / cellular response to dopamine / regulation of cell motility / regulation of axon extension / proline-rich region binding / positive regulation of dendrite development / mitogen-activated protein kinase binding / myoblast proliferation / alpha-beta T cell differentiation / regulation of hematopoietic stem cell differentiation / syntaxin binding / cardiac muscle cell proliferation / HDR through Single Strand Annealing (SSA) / regulation of T cell differentiation / negative regulation of double-strand break repair via homologous recombination / positive regulation of cell migration involved in sprouting angiogenesis / Fc-gamma receptor signaling pathway involved in phagocytosis / negative regulation of cell-cell adhesion / Myogenesis / regulation of microtubule polymerization / positive regulation of osteoblast proliferation / RUNX2 regulates osteoblast differentiation / negative regulation of cellular senescence / platelet-derived growth factor receptor-beta signaling pathway / positive regulation of focal adhesion assembly / negative regulation of long-term synaptic potentiation / Bergmann glial cell differentiation / 学習 / neuromuscular process controlling balance / regulation of endocytosis / actin monomer binding / negative regulation of BMP signaling pathway / negative regulation of mitotic cell cycle / DNAミスマッチ修復 / endothelial cell migration / RHO GTPases Activate WASPs and WAVEs / positive regulation of T cell migration / BMP signaling pathway / canonical NF-kappaB signal transduction / negative regulation of endothelial cell apoptotic process / regulation of cell adhesion / positive regulation of substrate adhesion-dependent cell spreading / four-way junction DNA binding / signal transduction in response to DNA damage / peptidyl-tyrosine autophosphorylation / positive regulation of vasoconstriction / spleen development / positive regulation of stress fiber assembly / ruffle / ERK1 and ERK2 cascade / cellular response to transforming growth factor beta stimulus / positive regulation of establishment of T cell polarity / positive regulation of interleukin-2 production / actin filament polymerization / SH2 domain binding / response to endoplasmic reticulum stress / phosphotyrosine residue binding / ephrin receptor binding / positive regulation of mitotic cell cycle / substrate adhesion-dependent cell spreading / post-embryonic development / protein kinase C binding / positive regulation of release of sequestered calcium ion into cytosol / positive regulation of endothelial cell migration / thymus development / regulation of autophagy / neural tube closure / integrin-mediated signaling pathway / establishment of localization in cell / regulation of actin cytoskeleton organization
類似検索 - 分子機能
F-actin binding / F-actin binding / F-actin binding domain (FABD) / Tyrosine-protein kinase ABL, SH2 domain / SH3 Domains / SH3ドメイン / SH2ドメイン / Src homology 2 (SH2) domain profile. / Src homology 2 domains / Src homology 3 domains ...F-actin binding / F-actin binding / F-actin binding domain (FABD) / Tyrosine-protein kinase ABL, SH2 domain / SH3 Domains / SH3ドメイン / SH2ドメイン / Src homology 2 (SH2) domain profile. / Src homology 2 domains / Src homology 3 domains / SH2ドメイン / SH3 type barrels. / SH2 domain superfamily / SH3-like domain superfamily / Src homology 3 (SH3) domain profile. / SH3ドメイン / Tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Tyrosine kinase, catalytic domain / Tyrosine protein kinases specific active-site signature. / Tyrosine-protein kinase, active site / Protein tyrosine and serine/threonine kinase / Serine-threonine/tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Roll / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Tyrosine-protein kinase ABL1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / VARIABLE TARGET FUNCTION TORSION ANGLE SIMULATED ANNEALING
データ登録者Cowburn, D.
引用
ジャーナル: Structure / 年: 1995
タイトル: The solution structure of Abl SH3, and its relationship to SH2 in the SH(32) construct.
著者: Gosser, Y.Q. / Zheng, J. / Overduin, M. / Mayer, B.J. / Cowburn, D.
#1: ジャーナル: Mol.Cell.Biol. / 年: 1994
タイトル: Mutagenic Analysis of the Roles of Sh2 and SH3 Domains in Regulation of the Abl Tyrosine Kinase
著者: Mayer, B.J. / Baltimore, D.
#2: ジャーナル: Nat.Struct.Biol. / 年: 1994
タイトル: High-Resolution Crystal Structures of Tyrosine Kinase SH3 Domains Complexed with Proline-Rich Peptides
著者: Musacchio, A. / Saraste, M. / Wilmanns, M.
#3: ジャーナル: Science / 年: 1993
タイトル: Identification of a Ten-Amino Acid Proline-Rich SH3 Binding Site
著者: Ren, R. / Mayer, B.J. / Cicchetti, P. / Baltimore, D.
#4: ジャーナル: Embo J. / 年: 1993
タイトル: Crystal Structure of the SH3 Domain in Human Fyn; Comparison of the Three-Dimensional Structures of SH3 Domains in Tyrosine Kinases and Spectrin
著者: Noble, M.E. / Musacchio, A. / Saraste, M. / Courtneidge, S.A. / Wierenga, R.K.
#5: ジャーナル: Cell(Cambridge,Mass.) / 年: 1992
タイトル: Three-Dimensional Solution Structure of the Src Homology 2 Domain of C-Abl
著者: Overduin, M. / Rios, C.B. / Mayer, B.J. / Baltimore, D. / Cowburn, D.
#6: ジャーナル: Nature / 年: 1992
タイトル: Crystal Structure of a Src-Homology 3 (SH3) Domain
著者: Musacchio, A. / Noble, M. / Pauptit, R. / Wierenga, R. / Saraste, M.
履歴
登録1997年10月3日処理サイト: BNL
改定 1.01998年1月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32022年2月16日Group: Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status ...database_2 / pdbx_database_status / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.process_site / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ABL TYROSINE KINASE


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)6,6371
ポリマ－6,6371
非ポリマー00
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 100LOWEST TARGET FUNCTION
代表モデル

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要素

#1: タンパク質 ABL TYROSINE KINASE


分子量: 6637.299 Da / 分子数: 1 / 断片: SRC-HOMOLOGY 3 (SH3) DOMAIN / 変異: N64S, N120S / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 解説: EXPRESSED AS GST FUSIONS AND CLEAVED / プラスミド: PGEX / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): NB42 / 参照: UniProt: P00519, EC: 2.7.1.112

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
111HMQX
121HTQC
131H/13C HSQC
1411H-13C HQQC
151NOESY
161NOESY-HMQC
171J-HMQC
181EXCHANGE
19115N{1H NOE

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試料調製

試料状態pH: 7.5 / 温度: 298 K
結晶化
*PLUS
手法: その他 / 詳細: NMR

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
GE GE OMEGA 400GEGE OMEGA 4005001
Bruker DMX 600BrukerDMX 6005002

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
DIANA2.1WUTHRICH精密化
RUNMR構造決定
UXNMR構造決定
DIANA (REDAC)(REDAC)構造決定
精密化手法: VARIABLE TARGET FUNCTION TORSION ANGLE SIMULATED ANNEALING
ソフトェア番号: 1 / 詳細: USED REDAC STRATEGY
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: LOWEST TARGET FUNCTION
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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