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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1avf | ||||||
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タイトル | ACTIVATION INTERMEDIATE 2 OF HUMAN GASTRICSIN FROM HUMAN STOMACH | ||||||
要素 | (GASTRICSINプロガストリシン) x 2 | ||||||
キーワード | ASPARTYL PROTEASE (アスパラギン酸プロテアーゼ) / GASTRICSIN (プロガストリシン) / ASPARTIC PROTEINASE (アスパラギン酸プロテアーゼ) / INTERMEDIATE / ACTIVATION (活性化) / ACID (酸) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 プロガストリシン / positive regulation of antibacterial peptide production / 消化 / aspartic-type endopeptidase activity / タンパク質分解 / extracellular space 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.36 Å | ||||||
データ登録者 | Khan, A.R. / Cherney, M.M. / Tarasova, N.I. / James, M.N.G. | ||||||
引用 | ジャーナル: Nat.Struct.Biol. / 年: 1997 タイトル: Structural characterization of activation 'intermediate 2' on the pathway to human gastricsin. 著者: Khan, A.R. / Cherney, M.M. / Tarasova, N.I. / James, M.N. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1avf.cif.gz | 148.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1avf.ent.gz | 119 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1avf.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/av/1avf ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/av/1avf | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 1htrS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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2 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCS oper: (Code: given Matrix: (0.19942, 0.01342, -0.97982), ベクター: |
-要素
#1: タンパク質・ペプチド | 分子量: 2983.674 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: ASPARTIC PROTEINASE ACTIVATION INTERMEDIATE / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 器官: STOMACH / 組織: GASTRIC MUCOSA / 参照: UniProt: P20142, プロガストリシン #2: タンパク質 | 分子量: 35464.930 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: ASPARTIC PROTEINASE ACTIVATION INTERMEDIATE / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 器官: STOMACH / 組織: GASTRIC MUCOSA / 参照: UniProt: P20142, プロガストリシン #3: 化合物 | ChemComp-NA / | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 50 % | |||||||||||||||
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結晶化 | pH: 7.8 詳細: PROTEIN WAS CRYSTALLIZED IN 4M NA FORMATE, 100 MM BIS-TRIS-PROPANE, PH 7.8. | |||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 | |||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / タイプ: EMBL/DESY, HAMBURG / 波長: 1 |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1996年9月1日 / 詳細: MIRROR |
放射 | モノクロメーター: GOBEL MIRRORS / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.36→100 Å / Num. obs: 34523 / % possible obs: 95.5 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 4.3 % / Rmerge(I) obs: 0.066 / Rsym value: 0.117 / Net I/σ(I): 9.2 |
反射 シェル | 解像度: 2.36→2.4 Å / 冗長度: 2.5 % / Rmerge(I) obs: 0.045 / Mean I/σ(I) obs: 3 / Rsym value: 0.303 / % possible all: 80.8 |
反射 シェル | *PLUS 最低解像度: 2.4 Å / % possible obs: 80.8 % |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 1HTR 解像度: 2.36→20 Å / 交差検証法: R-FREE / σ(F): 2
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原子変位パラメータ | Biso mean: 18.54 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.3 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.36→20 Å
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拘束条件 |
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Refine LS restraints NCS | Weight Biso : 1 / Weight position: 10 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | 解像度: 2.36→2.39 Å
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ソフトウェア | *PLUS 名称: X-PLOR / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS Num. reflection all: 34523 / Num. reflection obs: 34124 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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