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- PDB-1auk: HUMAN ARYLSULFATASE A -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1auk
タイトルHUMAN ARYLSULFATASE A
要素ARYLSULFATASE Aセレブロシドスルファターゼ
キーワードHYDROLASE (加水分解酵素) / CEREBROSIDE-3-SULFATE HYDROLYSIS / LYSOSOMAL ENZYME
機能・相同性
機能・相同性情報


cerebroside-sulfatase / cerebroside-sulfatase activity / The activation of arylsulfatases / arylsulfatase activity / sulfuric ester hydrolase activity / Glycosphingolipid catabolism / lysosomal lumen / lipid metabolic process / azurophil granule lumen / リソソーム ...cerebroside-sulfatase / cerebroside-sulfatase activity / The activation of arylsulfatases / arylsulfatase activity / sulfuric ester hydrolase activity / Glycosphingolipid catabolism / lysosomal lumen / lipid metabolic process / azurophil granule lumen / リソソーム / 小胞体 / calcium ion binding / Neutrophil degranulation / extracellular exosome / extracellular region
類似検索 - 分子機能
C-terminal region of aryl-sulfatase / Arylsulfatase, C-terminal domain - #10 / Sulfatases signature 2. / Sulfatases signature 1. / Sulfatase, conserved site / Arylsulfatase, C-terminal domain / Sulfatase, N-terminal / Sulfatase / Alkaline Phosphatase, subunit A / Alkaline Phosphatase, subunit A ...C-terminal region of aryl-sulfatase / Arylsulfatase, C-terminal domain - #10 / Sulfatases signature 2. / Sulfatases signature 1. / Sulfatase, conserved site / Arylsulfatase, C-terminal domain / Sulfatase, N-terminal / Sulfatase / Alkaline Phosphatase, subunit A / Alkaline Phosphatase, subunit A / Alkaline-phosphatase-like, core domain superfamily / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
セレブロシドスルファターゼ
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多重同系置換・異常分散 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Lukatela, G. / Krauss, N. / Theis, K. / Gieselmann, V. / Von Figura, K. / Saenger, W.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 1998
タイトル: Crystal structure of human arylsulfatase A: the aldehyde function and the metal ion at the active site suggest a novel mechanism for sulfate ester hydrolysis.
著者: Lukatela, G. / Krauss, N. / Theis, K. / Selmer, T. / Gieselmann, V. / von Figura, K. / Saenger, W.
履歴
登録1997年8月29日処理サイト: BNL
改定 1.01998年3月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Non-polymer description / Version format compliance
改定 1.32012年1月25日Group: Derived calculations
改定 2.02020年7月29日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Non-polymer description / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / database_PDB_caveat / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_validate_chiral / struct_asym / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.id / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ARYLSULFATASE A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,4053
ポリマ－51,9571
非ポリマー4492
水3,171176
1
A: ARYLSULFATASE A
ヘテロ分子
x 8


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)419,24424
ポリマ－415,6548
非ポリマー3,59016
水1448
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,-y,z1
crystal symmetry operation3_555-y,x,z1
crystal symmetry operation4_555y,-x,z1
crystal symmetry operation5_555-x,y,-z1
crystal symmetry operation6_555x,-y,-z1
crystal symmetry operation7_555y,x,-z1
crystal symmetry operation8_555-y,-x,-z1
Buried area22750 Å2
ΔGint-114 kcal/mol
Surface area122670 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)132.630, 132.630, 192.060
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number97
Space group name H-MI422

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要素

#1: タンパク質 ARYLSULFATASE A / セレブロシドスルファターゼ / CEREBROSIDE-3-SULFATE-SULFATASE


分子量: 51956.734 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 解説: C-DNA EXPRESSION / 細胞内の位置: LYSOSOMEリソソーム / 遺伝子: ARSA / 器官: TESTIS精巣 / プラスミド: PBEH / 細胞株 (発現宿主): BABY HAMSTER KIDNEY CELLS (BHK) / 細胞内の位置 (発現宿主): SECRETED ENZYME
発現宿主: Mesocricetus auratus (ゴールデンハムスター)
参照: UniProt: P15289, cerebroside-sulfatase
#2: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharideオリゴ糖 / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][a-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}LINUCSPDB-CARE
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 176 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 63 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.4
詳細: PROTEIN WAS CRYSTALLIZED BY VAPOR DIFFUSION IN HANGING DROPS AT 291 K. SOLUTION CONTAINING 10MG/ML PROTEIN, 10 MM TRIS/HCL (PH 7.4) AND 150 MM NACL WAS MIXED WITH SAME VOLUME OF RESERVOIR ...詳細: PROTEIN WAS CRYSTALLIZED BY VAPOR DIFFUSION IN HANGING DROPS AT 291 K. SOLUTION CONTAINING 10MG/ML PROTEIN, 10 MM TRIS/HCL (PH 7.4) AND 150 MM NACL WAS MIXED WITH SAME VOLUME OF RESERVOIR SOLUTION, CONTAINING 100 MM NA-ACETATE (PH 5.0 - 5.4) AND 10 - 13 % PEG 6000, vapor diffusion - hanging drop
PH範囲: 5.0-5.4
結晶化
*PLUS
温度: 18 ℃ / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
1100 mMsodium acetate1reservoir
210-13 %PEG60001reservoir
3100 mMsodium acetate1drop
410-13 %PEG60001drop
51.25 %octyl-beta-glucopyranoside1drop
610 mMTris-HCl1drop
7150 mM1dropNaCl

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データ収集

回折平均測定温度: 277 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SRS / ビームライン: PX9.5 / 波長: 0.91
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1996年3月1日 / 詳細: MIRRORS
放射単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.91 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→30 Å / Num. obs: 49794 / % possible obs: 96.1 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 6.2 % / Biso Wilson estimate: 34.97 Å2 / Rsym value: 0.055 / Net I/σ(I): 9.4
反射 シェル解像度: 2.1→2.2 Å / 冗長度: 3.5 % / Mean I/σ(I) obs: 4.3 / Rsym value: 0.35 / % possible all: 98
反射
*PLUS
Rmerge(I) obs: 0.063
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 96.7 % / Rmerge(I) obs: 0.276

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解析

ソフトウェア
名称分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
X-PLORモデル構築
REFMAC精密化
X-PLOR精密化
X-PLOR位相決定
精密化構造決定の手法: 多重同系置換・異常分散 / 解像度: 2.1→30 Å / σ(F): 0.5
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.273 2463 5 %SHELLS
Rwork0.232 ---
obs0.248 49794 98.6 %-
原子変位パラメータBiso mean: 43.1 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3580 0 29 176 3785
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONp_bond_d0.013
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_d1.8
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_deg
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_d
X-RAY DIFFRACTIONp_hb_or_metal_coord
X-RAY DIFFRACTIONp_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONp_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONp_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONp_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONp_plane_restr
X-RAY DIFFRACTIONp_chiral_restr
X-RAY DIFFRACTIONp_singtor_nbd
X-RAY DIFFRACTIONp_multtor_nbd
X-RAY DIFFRACTIONp_xhyhbond_nbd
X-RAY DIFFRACTIONp_xyhbond_nbd
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_tor
X-RAY DIFFRACTIONp_staggered_tor
X-RAY DIFFRACTIONp_orthonormal_tor
X-RAY DIFFRACTIONp_transverse_tor
X-RAY DIFFRACTIONp_special_tor
ソフトウェア
*PLUS
名称: REFMAC / 分類: refinement
精密化
*PLUS
Num. reflection all: 49794
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_deg1.8

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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