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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1aql | ||||||
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タイトル | CRYSTAL STRUCTURE OF BOVINE BILE-SALT ACTIVATED LIPASE COMPLEXED WITH TAUROCHOLATE | ||||||
要素 | BILE-SALT ACTIVATED LIPASE | ||||||
キーワード | HYDROLASE (加水分解酵素) / SERINE ESTERASE / LIPID DEGRADATION / GLYCOPROTEIN (糖タンパク質) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 retinyl-palmitate esterase activity / アセチルエステラーゼ / ceramide catabolic process / ステロールエステラーゼ / sterol esterase activity / pancreatic juice secretion / acetylesterase activity / トリアシルグリセロールリパーゼ / triglyceride lipase activity / extracellular region / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Bos taurus (ウシ) | ||||||
手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.8 Å | ||||||
データ登録者 | Wang, X. / Zhang, X. | ||||||
引用 | ジャーナル: Structure / 年: 1997 タイトル: The crystal structure of bovine bile salt activated lipase: insights into the bile salt activation mechanism. 著者: Wang, X. / Wang, C.S. / Tang, J. / Dyda, F. / Zhang, X.C. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1aql.cif.gz | 209.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1aql.ent.gz | 174.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1aql.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/aq/1aql ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/aq/1aql | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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2 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCS oper: (Code: given Matrix: (0.352585, 0.46694, 0.810957), ベクター: |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 59065.461 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 器官: PANCREAS膵臓 / 参照: UniProt: P30122, ステロールエステラーゼ #2: 糖 | #3: 化合物 | ChemComp-TCH / |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.5 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | pH: 7 / 詳細: pH 7 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 20 ℃ / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 293 K |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: SIEMENS / 波長: 1.5418 |
検出器 | タイプ: SIEMENS / 検出器: AREA DETECTOR / 日付: 1997年3月1日 |
放射 | モノクロメーター: CRYSTAL / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.8→17 Å / Num. obs: 33877 / % possible obs: 82.7 % / Observed criterion σ(I): 0.5 / 冗長度: 1.8 % / Biso Wilson estimate: 43.5 Å2 / Rsym value: 0.117 / Net I/σ(I): 9.1 |
反射 シェル | 解像度: 2.8→2.9 Å / 冗長度: 1.3 % / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / Rsym value: 0.206 / % possible all: 48.3 |
反射 | *PLUS Rmerge(I) obs: 0.117 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 48.3 % / Rmerge(I) obs: 0.206 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 1AKN 解像度: 2.8→8 Å / σ(F): 1.5 詳細: AT FINAL STEP, A RESTRAINED TEMPERATURE FACTOR REFINEMENT WAS CARRIED OUT BY TNT.
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原子変位パラメータ | Biso mean: 43.7 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.8→8 Å
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拘束条件 |
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Refine LS restraints NCS | NCS model details: RESTRAINTS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Xplor file |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: X-PLOR / バージョン: 3.1 / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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