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- PDB-1aq0: BARLEY 1,3-1,4-BETA-GLUCANASE IN MONOCLINIC SPACE GROUP -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1aq0
タイトルBARLEY 1,3-1,4-BETA-GLUCANASE IN MONOCLINIC SPACE GROUP
要素1,3-1,4-BETA-GLUCANASE
キーワードHYDROLASE (加水分解酵素) / GLYCOSIDASE / GLYCOPROTEIN (糖タンパク質) / GLYCOSYLATED PROTEIN (グリコシル化)
機能・相同性
機能・相同性情報


licheninase activity / リケニナーゼ / carbohydrate metabolic process
類似検索 - 分子機能
Glycoside hydrolase family 17, plant / Glycosyl hydrolases family 17 signature. / Glycoside hydrolase family 17 / Glycosyl hydrolases family 17 / グリコシダーゼ / Glycoside hydrolase superfamily / TIMバレル / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
酢酸塩 / Lichenase-2
類似検索 - 構成要素
生物種Hordeum vulgare (オオムギ)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Mueller, J.J. / Thomsen, K.K. / Heinemann, U.
引用
ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 1998
タイトル: Crystal structure of barley 1,3-1,4-beta-glucanase at 2.0-A resolution and comparison with Bacillus 1,3-1,4-beta-glucanase.
著者: Muller, J.J. / Thomsen, K.K. / Heinemann, U.
#1: ジャーナル: Plant Physiol.Biochem. (Paris) / 年: 1995
タイトル: Analysis of Glycan Structures of Barley (1-3,1-4)-Beta-D Glucan 4-Glucanohydrolase Isoenzyme Eii
著者: Harthill, J.E. / Thomsen, K.K.
#2: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1993
タイトル: Crystallization of Barley (1-3,1-4)-Beta-Glucanase, Isoenzyme II
著者: Keitel, T. / Thomsen, K.K. / Heinemann, U.
履歴
登録1997年8月5日処理サイト: BNL
改定 1.01998年2月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Non-polymer description / Version format compliance
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_database_status / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / software / struct_asym / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity.pdbx_number_of_molecules / _entity.type / _pdbx_database_status.process_site / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _software.name / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12023年8月2日Group: Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 1,3-1,4-BETA-GLUCANASE
B: 1,3-1,4-BETA-GLUCANASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)65,2506
ポリマ－64,2832
非ポリマー9674
水7,530418
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)49.580, 82.990, 77.560
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 104.36, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper: (Code: given
Matrix: (0.3572, 0.21075, -0.90994), (0.78786, 0.45529, 0.41472), (0.50169, -0.86504, -0.00342)
ベクター: 12.98934, 2.88789, 73.42563)

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要素

#1: タンパク質 1,3-1,4-BETA-GLUCANASE / 1 / 3-1 / 4-BETA-D-GLUCAN 4-GLUCANOHYDROLASE


分子量: 32141.320 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: ISOENZYME 2 / 由来: (天然) Hordeum vulgare (オオムギ) / 参照: UniProt: P12257, リケニナーゼ
#2: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharideオリゴ糖 / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}LINUCSPDB-CARE
#3: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン / 酢酸塩


分子量: 59.044 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 418 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.41 Å3/Da / 溶媒含有率: 25.2 %
結晶化手法: 蒸気拡散法 / pH: 5.8
詳細: PROTEIN SOLUTION: 20MM NAOAC/HOAC (PH 4.6), 2MM CACL2, C=60MG/ML. DROPLETS SIZE: 0.001 ML PROTEIN SOLUTION, 0.001 ML RESERVOIR SOLUTION; RESERVOIR SOLUTION: 100MM NAOAC/HOAC (PH 5.8), 20%(W/W) ...詳細: PROTEIN SOLUTION: 20MM NAOAC/HOAC (PH 4.6), 2MM CACL2, C=60MG/ML. DROPLETS SIZE: 0.001 ML PROTEIN SOLUTION, 0.001 ML RESERVOIR SOLUTION; RESERVOIR SOLUTION: 100MM NAOAC/HOAC (PH 5.8), 20%(W/W) POLYETHYLENE GLYCOL 8000; VAPOUR DIFFUSION, FOUR DAYS, vapor diffusion
結晶化
*PLUS
手法: 蒸気拡散法 / 詳細: Keitel, T., (1993) J.Mol.Biol., 232, 1003.
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
130 mg/mlprotein1drop
260 mM1dropNaOAc
31 mM1dropCaCl2
410 %(w/w)PEG80001drop
5100 mM1reservoirNaOAc
620 %(w/w)PEG80001reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 294.2 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: ENRAF-NONIUS FR571 / 波長: 1.5418
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1992年10月1日 / 詳細: PINHOLE
放射モノクロメーター: GRAPHITE(002) / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→13.65 Å / Num. obs: 40727 / % possible obs: 99.21 % / Observed criterion σ(I): 2 / Biso Wilson estimate: 14.35 Å2 / Rsym value: 0.081
反射 シェル解像度: 2→2.09 Å / % possible all: 96.61
反射
*PLUS
Rmerge(I) obs: 0.081

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
X-PLOR3.1モデル構築
X-PLOR3.1精密化
MOSFLMデータ削減
Agrovataデータスケーリング
ROTAVATAデータスケーリング
X-PLOR3.1位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1GHR

1ghr


解像度: 2→13.6 Å / Rfactor Rfree error: 0.0058 / Data cutoff high absF: 100000 / Data cutoff low absF: 0.1 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.213 1363 3 %RANDOM
Rwork0.17 ---
obs0.17 40727 99.3 %-
原子変位パラメータBiso mean: 14.2 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.2 Å0.19 Å
Luzzati d res low-13.6 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→13.6 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4528 0 64 418 5010
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.007
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.314
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d24.06
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d1.184
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it
Refine LS restraints NCSNCS model details: RESTRAINTS
LS精密化 シェル解像度: 2→2.09 Å / Rfactor Rfree error: 0.015 / Total num. of bins used: 8
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1932 171 3 %
Rwork0.2089 4760 -
obs--96.61 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PARHCSDX.PROTOPHCSDX.PRO
X-RAY DIFFRACTION2TOPH19.PEP
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / バージョン: 3.1 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
Rfactor obs: 0.17 / Rfactor Rwork: 0.17
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_deg24.06
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_deg1.184

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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