+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1amw | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | ADP BINDING SITE IN THE HSP90 MOLECULAR CHAPERONE | ||||||
要素 | HEAT SHOCK PROTEIN 90Hsp90 | ||||||
キーワード | CHAPERONE (シャペロン) / NUCLEOTIDE BINDING SITE | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 The NLRP3 inflammasome / ESR-mediated signaling / Tetrahydrobiopterin (BH4) synthesis, recycling, salvage and regulation / eNOS activation / Extra-nuclear estrogen signaling / VEGFR2 mediated vascular permeability / HSF1-dependent transactivation / HSP90 chaperone cycle for steroid hormone receptors (SHR) in the presence of ligand / HSF1 activation / response to oxygen levels ...The NLRP3 inflammasome / ESR-mediated signaling / Tetrahydrobiopterin (BH4) synthesis, recycling, salvage and regulation / eNOS activation / Extra-nuclear estrogen signaling / VEGFR2 mediated vascular permeability / HSF1-dependent transactivation / HSP90 chaperone cycle for steroid hormone receptors (SHR) in the presence of ligand / HSF1 activation / response to oxygen levels / : / protein targeting to mitochondrion / box C/D snoRNP assembly / regulation of telomere maintenance / response to osmotic stress / 'de novo' protein folding / protein maturation / proteasome assembly / positive regulation of telomere maintenance via telomerase / Neutrophil degranulation / ATP-dependent protein folding chaperone / unfolded protein binding / フォールディング / cellular response to heat / protein refolding / protein stabilization / perinuclear region of cytoplasm / ATP hydrolysis activity / protein-containing complex / ATP binding / identical protein binding / 細胞核 / 細胞膜 / 細胞質基質 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 同系置換 / 解像度: 1.85 Å | ||||||
データ登録者 | Pearl, L.H. / Roe, S.M. / Prodromou, C. | ||||||
引用 | ジャーナル: Cell(Cambridge,Mass.) / 年: 1997 タイトル: Identification and structural characterization of the ATP/ADP-binding site in the Hsp90 molecular chaperone 著者: Prodromou, C. / Roe, S.M. / O'Brien, R. / Ladbury, J.E. / Piper, P.W. / Pearl, L.H. #1: ジャーナル: Nat.Struct.Biol. / 年: 1997 タイトル: A Molecular Clamp in the Crystal Structure of the N-Terminal Domain of the Yeast Hsp90 Chaperone 著者: Prodromou, C. / Roe, S.M. / Piper, P.W. / Pearl, L.H. | ||||||
履歴 |
|
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
---|
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1amw.cif.gz | 60.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb1amw.ent.gz | 46.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1amw.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/am/1amw ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/am/1amw | HTTPS FTP |
---|
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
単位格子 |
| ||||||||
Components on special symmetry positions |
|
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 24208.582 Da / 分子数: 1 / 断片: N-TERMINAL RESIDUES / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: ADP COMPLEX 由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) プラスミド: PRSETA / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P02829 |
---|---|
#2: 化合物 | ChemComp-ADP / |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
---|
-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 61 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
結晶化 | 手法: under oil / pH: 5 詳細: PROTEIN WAS CRYSTALLIZED UNDER OIL IN TERASAKI PLATES. THE DROPS CONTAINED 27MG/ML PROTEIN, 9.75%(W/V) PEGME 550, 65MM AMMONIUM SULFATE, 32.5MM SODIUM SUCCINATE PH5.0, 5MM ADP AND 5MM ...詳細: PROTEIN WAS CRYSTALLIZED UNDER OIL IN TERASAKI PLATES. THE DROPS CONTAINED 27MG/ML PROTEIN, 9.75%(W/V) PEGME 550, 65MM AMMONIUM SULFATE, 32.5MM SODIUM SUCCINATE PH5.0, 5MM ADP AND 5MM MAGNESIUM CHLORIDE., under oil | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 手法: unknown | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
|
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 110 K |
---|---|
放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SRS / ビームライン: PX9.5 / 波長: 0.92 |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1997年6月1日 / 詳細: TORROIDAL PT-COATED SI MIRROR |
放射 | モノクロメーター: SI(111) / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.92 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.84→24 Å / Num. obs: 27146 / % possible obs: 99 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3.5 % / Biso Wilson estimate: 11.6 Å2 / Rsym value: 0.093 / Net I/σ(I): 4.6 |
反射 シェル | 解像度: 1.84→1.89 Å / 冗長度: 3.4 % / Mean I/σ(I) obs: 3.2 / Rsym value: 0.228 / % possible all: 93.7 |
反射 | *PLUS Rmerge(I) obs: 0.093 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 93.7 % / Rmerge(I) obs: 0.228 |
-解析
ソフトウェア |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: 同系置換 開始モデル: PDB ENTRY 1AH6 解像度: 1.85→8 Å / Data cutoff high absF: 1000000 / Data cutoff low absF: 0.001 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / σ(F): 2 / 詳細: BULK SOLVENT MODEL USED /
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 20.4 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.18 Å / Luzzati d res low obs: 5 Å / Luzzati sigma a obs: 0.16 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.85→8 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | 解像度: 1.85→1.93 Å / Total num. of bins used: 8 /
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Xplor file |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ソフトウェア | *PLUS 名称: X-PLOR / バージョン: 3.851 / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS Rfactor Rfree: 0.243 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | *PLUS Rfactor obs: 0.223 |