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- PDB-1ak2: ADENYLATE KINASE ISOENZYME-2 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1ak2
タイトルADENYLATE KINASE ISOENZYME-2
要素ADENYLATE KINASE ISOENZYME-2
キーワードPHOSPHOTRANSFERASE / NUCLEOSIDE MONOPHOSPHATE KINASE
機能・相同性
機能・相同性情報


Interconversion of nucleotide di- and triphosphates / AMP metabolic process / ADP biosynthetic process / adenylate kinase / adenylate kinase activity / sperm mitochondrial sheath / ATP metabolic process / ミトコンドリア / ミトコンドリア内膜 / リン酸化 ...Interconversion of nucleotide di- and triphosphates / AMP metabolic process / ADP biosynthetic process / adenylate kinase / adenylate kinase activity / sperm mitochondrial sheath / ATP metabolic process / ミトコンドリア / ミトコンドリア内膜 / リン酸化 / ミトコンドリア / ATP binding / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Adenylate kinase 2 / Adenylate kinase, active site lid domain / Adenylate kinase, active site lid / Adenylate kinase subfamily / Adenylate kinase / Adenylate kinase, conserved site / Adenylate kinase signature. / Adenylate kinase/UMP-CMP kinase / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase ...Adenylate kinase 2 / Adenylate kinase, active site lid domain / Adenylate kinase, active site lid / Adenylate kinase subfamily / Adenylate kinase / Adenylate kinase, conserved site / Adenylate kinase signature. / Adenylate kinase/UMP-CMP kinase / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / ロスマンフォールド / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Adenylate kinase 2, mitochondrial
類似検索 - 構成要素
生物種Bos taurus (ウシ)
手法X線回折 / 解像度: 1.92 Å
データ登録者Schlauderer, G.J. / Schulz, G.E.
引用
ジャーナル: Protein Sci. / 年: 1996
タイトル: The structure of bovine mitochondrial adenylate kinase: comparison with isoenzymes in other compartments.
著者: Schlauderer, G.J. / Schulz, G.E.
#1: ジャーナル: Structure / 年: 1995
タイトル: Movie of the Structural Changes During a Catalytic Cycle of Nucleoside Monophosphate Kinases
著者: Vonrhein, C. / Schlauderer, G.J. / Schulz, G.E.
#2: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 1987
タイトル: Isolation and Characterization of Two Types of Cdna for Mitochondrial Adenylate Kinase and Their Expression in Escherichia Coli
著者: Kishi, F. / Tanizawa, Y. / Nakazawa, A.
#3: ジャーナル: Eur.J.Biochem. / 年: 1986
タイトル: Mitochondrial Adenylate Kinase (Ak2) from Bovine Heart. The Complete Primary Structure
著者: Frank, R. / Trosin, M. / Tomasselli, A.G. / Noda, L. / Krauth-Siegel, R.L. / Schirmer, R.H.
#4: ジャーナル: Eur.J.Biochem. / 年: 1980
タイトル: Mitochondrial ATP:AMP Phosphotransferase from Beef Heart: Purification and Properties
著者: Tomasselli, A.G. / Noda, L.H.
履歴
登録1995年12月29日処理サイト: BNL
改定 1.01996年6月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ADENYLATE KINASE ISOENZYME-2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,6372
ポリマ－25,5411
非ポリマー961
水2,108117
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)44.200, 50.100, 122.300
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 ADENYLATE KINASE ISOENZYME-2 / ATP\:AMP PHOSPHOTRANSFERASE / MYOKINASE


分子量: 25540.504 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: PRECIPITANT POLYETHYLENE GLYCOL / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 器官: LIVER肝臓 / Organelle: MITOCHONDRIA INTERMEMBRANE SPACE / 参照: UniProt: P08166, adenylate kinase
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン / 硫酸塩


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 117 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
構成要素の詳細THE SECONDARY STRUCTURAL ELEMENTS PRESENTED BELOW ARE FROM PROGRAM DSSP. FOR MANUAL ASSIGNMENTS ...THE SECONDARY STRUCTURAL ELEMENTS PRESENTED BELOW ARE FROM PROGRAM DSSP. FOR MANUAL ASSIGNMENTS PLEASE SEE THE PUBLICATION.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.65 Å3/Da / 溶媒含有率: 54 %
結晶化
*PLUS
手法: unknown
溶液の組成
*PLUS
一般名: PEG / 詳細: precipitant

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データ収集

放射光源由来: 回転陽極 / 波長: 1.5418
検出器タイプ: SIEMENS-NICOLET X100 / 検出器: AREA DETECTOR / 日付: 1992
放射単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.92→10 Å / Num. obs: 20850 / % possible obs: 98 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 13 % / Rmerge(I) obs: 0.077

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータスケーリング
X-PLOR3.1モデル構築
X-PLOR3.1精密化
XDSデータ削減
X-PLOR3.1位相決定
精密化解像度: 1.92→10 Å / σ(F): 0 /
Rfactor反射数%反射
Rwork0.222 --
obs0.222 20850 98 %
原子変位パラメータBiso mean: 34 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.27 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.92→10 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1699 0 5 117 1821
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.011
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.6
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it1.31.5
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it2.42
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it3.73.5
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it5.45
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / 分類: refinement
精密化
*PLUS
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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