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- PDB-1agr: COMPLEX OF ALF4-ACTIVATED GI-ALPHA-1 WITH RGS4 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1agr
タイトルCOMPLEX OF ALF4-ACTIVATED GI-ALPHA-1 WITH RGS4
要素
  • GUANINE NUCLEOTIDE-BINDING PROTEIN G(I)
  • RGS4
キーワードCOMPLEX (SIGNAL TRANSDUCTION/REGULATOR) / GI-ALPHA-1 / HYDROLASE (加水分解酵素) / SIGNAL TRANSDUCTION (シグナル伝達) / RGS4 / COMPLEX (SIGNAL TRANSDUCTION-REGULATOR) / GTP-BINDING / GTPASE ACTIVATING PROTEIN (GTPアーゼ活性化タンパク質) / COMPLEX (SIGNAL TRANSDUCTION-REGULATOR) complex
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of glycine import across plasma membrane / negative regulation of dopamine receptor signaling pathway / Extra-nuclear estrogen signaling / Adenylate cyclase inhibitory pathway / negative regulation of potassium ion transmembrane transport / dorsal root ganglion development / negative regulation of cell growth involved in cardiac muscle cell development / negative regulation of G protein-coupled receptor signaling pathway / regulation of actin filament organization / regulation of potassium ion transmembrane transport ...negative regulation of glycine import across plasma membrane / negative regulation of dopamine receptor signaling pathway / Extra-nuclear estrogen signaling / Adenylate cyclase inhibitory pathway / negative regulation of potassium ion transmembrane transport / dorsal root ganglion development / negative regulation of cell growth involved in cardiac muscle cell development / negative regulation of G protein-coupled receptor signaling pathway / regulation of actin filament organization / regulation of potassium ion transmembrane transport / Adrenaline,noradrenaline inhibits insulin secretion / ADP signalling through P2Y purinoceptor 12 / G alpha (q) signalling events / G alpha (i) signalling events / negative regulation of synaptic transmission / GTPase activating protein binding / positive regulation of heart rate / positive regulation of excitatory postsynaptic potential / regulation of calcium ion transport / positive regulation of protein localization to cell cortex / G-protein alpha-subunit binding / regulation of cAMP-mediated signaling / D2 dopamine receptor binding / G protein-coupled serotonin receptor binding / regulation of mitotic spindle organization / cellular response to forskolin / response to amphetamine / GTPase activator activity / response to cocaine / G protein-coupled receptor binding / G-protein beta/gamma-subunit complex binding / adenylate cyclase-modulating G protein-coupled receptor signaling pathway / GDP binding / heterotrimeric G-protein complex / 細胞皮質 / midbody / response to ethanol / 細胞周期 / G protein-coupled receptor signaling pathway / 細胞分裂 / GTPase activity / 中心体 / GTP binding / protein kinase binding / magnesium ion binding / protein-containing complex / 細胞核 / 細胞膜 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Regulator of G-protein signalling 4, RGS domain / Regulator of G-protein Signalling 4; domain 1 - #10 / Regulator of G-protein Signalling 4; domain 1 / RGS, subdomain 1/3 / Regulator of G-protein Signalling 4, domain 2 / Regulator of G-protein Signalling 4; domain 2 / GI Alpha 1, domain 2-like / GI Alpha 1, domain 2-like / Regulator of G protein signaling domain / RGS, subdomain 2 ...Regulator of G-protein signalling 4, RGS domain / Regulator of G-protein Signalling 4; domain 1 - #10 / Regulator of G-protein Signalling 4; domain 1 / RGS, subdomain 1/3 / Regulator of G-protein Signalling 4, domain 2 / Regulator of G-protein Signalling 4; domain 2 / GI Alpha 1, domain 2-like / GI Alpha 1, domain 2-like / Regulator of G protein signaling domain / RGS, subdomain 2 / RGS domain / RGS domain profile. / Regulator of G protein signalling domain / RGS domain superfamily / G-protein alpha subunit, group I / G-alpha domain profile. / Guanine nucleotide binding protein (G-protein), alpha subunit / G protein alpha subunit, helical insertion / G-protein alpha subunit / G protein alpha subunit / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / ロスマンフォールド / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
TETRAFLUOROALUMINATE ION / クエン酸 / GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / Guanine nucleotide-binding protein G(i) subunit alpha-1 / Regulator of G-protein signaling 4
類似検索 - 構成要素
生物種Rattus norvegicus (ドブネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換, DENSITY MODIFICATION / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Tesmer, J.J.G. / Sprang, S.R.
引用ジャーナル: Cell(Cambridge,Mass.) / 年: 1997
タイトル: Structure of RGS4 bound to AlF4--activated G(i alpha1): stabilization of the transition state for GTP hydrolysis.
著者: Tesmer, J.J. / Berman, D.M. / Gilman, A.G. / Sprang, S.R.
履歴
登録1997年3月25日処理サイト: BNL
改定 1.01997年6月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年8月2日Group: Database references / Derived calculations ...Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status ...database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_conn_type / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.process_site / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: GUANINE NUCLEOTIDE-BINDING PROTEIN G(I)
D: GUANINE NUCLEOTIDE-BINDING PROTEIN G(I)
E: RGS4
H: RGS4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)128,63412
ポリマ－127,1094
非ポリマー1,5258
水1,04558
1
A: GUANINE NUCLEOTIDE-BINDING PROTEIN G(I)
E: RGS4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)64,3176
ポリマ－63,5552
非ポリマー7634
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
D: GUANINE NUCLEOTIDE-BINDING PROTEIN G(I)
H: RGS4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)64,3176
ポリマ－63,5552
非ポリマー7634
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)164.000, 97.200, 110.000
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper: (Code: given
Matrix: (0.964372, 0.208506, -0.162827), (0.207851, -0.97793, -0.021238), (-0.163661, -0.013363, -0.986426)
ベクター: 7.7071, -25.6439, 61.2808)

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要素

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タンパク質 , 2種, 4分子 ADEH

#1: タンパク質 GUANINE NUCLEOTIDE-BINDING PROTEIN G(I) / GI-ALPHA-1


分子量: 40267.836 Da / 分子数: 2 / 断片: ALPHA-1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 細胞株: BL21 / 器官: BRAIN脳 / プラスミド: PQE6/GIA1 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 参照: UniProt: P10824
#2: タンパク質 RGS4 / / REGULATOR OF G-PROTEIN SIGNALLING 4


分子量: 23286.697 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 細胞株: BL21 / 器官: BRAIN脳 / プラスミド: PQE60-H6RGS4 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 参照: UniProt: P49799

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非ポリマー , 5種, 66分子

#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物 ChemComp-ALF / TETRAFLUOROALUMINATE ION / テトラフルオロアルミナ-ト


分子量: 102.975 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: AlF4
#5: 化合物 ChemComp-GDP / GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / GDP / グアノシン二リン酸


タイプ: RNA linking / 分子量: 443.201 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O11P2 / コメント: GDP, エネルギー貯蔵分子*YM
#6: 化合物 ChemComp-CIT / CITRIC ACID / クエン酸 / クエン酸


分子量: 192.124 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H8O7
#7: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 58 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 63 %
結晶化手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.3
詳細: THE COMPLEX WAS CRYSTALLIZED IN HANGING DROPS USING PEG 10000 AS THE PRECIPITANT AND SODIUM CITRATE PH 5.3 AS THE BUFFER., vapor diffusion - hanging drop
結晶化
*PLUS
手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
1100 mMsodium citrate1reservoir
214.4 %(v/v)PEG100001reservoir
35 mMDTT1reservoir
40.140 mM1reservoirAlCl3
570 mM1reservoirNaF

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CHESS / ビームライン: F1 / 波長: 0.918
検出器タイプ: FUJI / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1996年12月1日 / 詳細: MIRRORS
放射単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.918 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→40 Å / Num. obs: 43341 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 4.1 % / Rsym value: 0.12 / Net I/σ(I): 14.5
反射 シェル解像度: 2.8→2.9 Å / 冗長度: 3.8 % / Mean I/σ(I) obs: 2.8 / Rsym value: 0.55 / % possible all: 99.4
反射
*PLUS
Rmerge(I) obs: 0.12

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
AVGSYSモデル構築
X-PLOR3.851モデル構築
X-PLOR3.851精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
AVGSYS位相決定
X-PLOR3.851位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換, DENSITY MODIFICATION
開始モデル: PDB ENTRY 1GFI

1gfi


解像度: 2.8→5 Å / Rfactor Rfree error: 0.0048 / Data cutoff high absF: 100000 / Data cutoff low absF: 0 / 交差検証法: ALL BUT LAST ROUND / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.291 3644 10 %RANDOM
Rwork0.216 ---
obs0.216 35475 99 %-
原子変位パラメータBiso mean: 38 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.8→5 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7580 56 28 56 7720
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.011
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.7
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d21
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d1.2
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it3.60.5
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it5.81
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it7.41
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it10.91.5
Refine LS restraints NCSNCS model details: RESTRAINTS / Rms dev position: 0.05 Å / Weight position: 200
LS精密化 シェル解像度: 2.8→2.84 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rwork0.337 1331

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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