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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1ag9 | ||||||
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タイトル | FLAVODOXINS THAT ARE REQUIRED FOR ENZYME ACTIVATION: THE STRUCTURE OF OXIDIZED FLAVODOXIN FROM ESCHERICHIA COLI AT 1.8 ANGSTROMS RESOLUTION. | ||||||
要素 | FLAVODOXINフラボドキシン | ||||||
キーワード | ELECTRON TRANSPORT (電子伝達系) / REDUCTIVE ACTIVATION / FLAVODOXIN (フラボドキシン) / ESCHERICHIA COLI (大腸菌) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Escherichia coli (大腸菌) | ||||||
手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å | ||||||
データ登録者 | Hoover, D.M. / Ludwig, M.L. | ||||||
引用 | ジャーナル: Protein Sci. / 年: 1997 タイトル: A flavodoxin that is required for enzyme activation: the structure of oxidized flavodoxin from Escherichia coli at 1.8 A resolution. 著者: Hoover, D.M. / Ludwig, M.L. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1ag9.cif.gz | 91.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1ag9.ent.gz | 72 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1ag9.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ag/1ag9 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ag/1ag9 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCS oper: (Code: given Matrix: (-0.814775, -0.137628, -0.563206), ベクター: |
-要素
-タンパク質 , 1種, 2分子 AB
#1: タンパク質 | 分子量: 19623.674 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: DHALPHA / 細胞内の位置: CYTOPLASM細胞質 / 遺伝子: FLDA / プラスミド: PDH01 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P61949 |
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-非ポリマー , 6種, 368分子
#2: 化合物 | ChemComp-CA / #3: 化合物 | #4: 化合物 | ChemComp-NA / #5: 化合物 | #6: 化合物 | #7: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.1 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 295 K / pH: 7 詳細: PROTEIN WAS CRYSTALLIZED BY MICROSEEDING IN 40% MPD, 100 MM CACL2, 20 MM BIS-TRIS, 10 MM IMIDAZOLE, PH 7.0, 295 K. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 22 ℃ / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: microseeding | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 140 K |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RUH2R / 波長: 1.5418 |
検出器 | タイプ: XUONG-HAMLIN MULTIWIRE / 検出器: AREA DETECTOR / 日付: 1994年12月1日 / 詳細: COLLIMATOR |
放射 | モノクロメーター: GRAPHITE(002) / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.8→35 Å / Num. obs: 32752 / % possible obs: 97.1 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6.6 % / Biso Wilson estimate: 15.7 Å2 / Rsym value: 0.072 / Net I/σ(I): 26.3 |
反射 シェル | 解像度: 1.8→1.88 Å / 冗長度: 3.8 % / Mean I/σ(I) obs: 5.9 / Rsym value: 0.166 / % possible all: 93.4 |
反射 | *PLUS Num. measured all: 213264 / Rmerge(I) obs: 0.072 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 93.4 % / Rmerge(I) obs: 0.166 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 1OFV 解像度: 1.8→10 Å / Rfactor Rfree error: 0.004 / Data cutoff high absF: 100000 / Data cutoff low absF: 0.001 / 交差検証法: A POSTERIORI / σ(F): 0 詳細: RESIDUES 170 - 176 ARE PARTIALLY DISORDERED AND WERE MODELED USING INFORMATION FROM A DIFFERENT CRYSTAL FORM OF A HIS-TAGGED MUTANT.
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原子変位パラメータ | Biso mean: 25 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.8→10 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.8→1.88 Å / Rfactor Rfree error: 0.015 / Total num. of bins used: 8
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Xplor file |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: X-PLOR / バージョン: 3.1 / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS Rfactor all: 0.202 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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LS精密化 シェル | *PLUS Rfactor obs: 0.261 |