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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1a82 | |||||||||
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タイトル | DETHIOBIOTIN SYNTHETASE FROM ESCHERICHIA COLI, COMPLEX WITH SUBSTRATES ATP AND DIAMINOPELARGONIC ACID | |||||||||
要素 | DETHIOBIOTIN SYNTHETASE | |||||||||
キーワード | BIOTIN BIOSYNTHESIS / PHOSPHORYL TRANSFER / LIGASE (リガーゼ) | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 デチオビオチン合成酵素 / dethiobiotin synthase activity / biotin biosynthetic process / magnesium ion binding / protein homodimerization activity / ATP binding / 細胞質基質 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Escherichia coli (大腸菌) | |||||||||
手法 | X線回折 / DIFFERENCE FOURIER / 解像度: 1.8 Å | |||||||||
データ登録者 | Kaeck, H. / Gibson, K.J. / Lindqvist, Y. / Schneider, G. | |||||||||
引用 | ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 1998 タイトル: Snapshot of a phosphorylated substrate intermediate by kinetic crystallography. 著者: Kack, H. / Gibson, K.J. / Lindqvist, Y. / Schneider, G. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1a82.cif.gz | 57.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1a82.ent.gz | 43.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1a82.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/a8/1a82 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/a8/1a82 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 24028.289 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 細胞内の位置: CYTOPLASM細胞質 / 細胞内の位置 (発現宿主): CYTOPLASM / 遺伝子 (発現宿主): BIOD / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P13000, デチオビオチン合成酵素 |
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#2: 化合物 | ChemComp-MG / |
#3: 化合物 | ChemComp-DNN / |
#4: 化合物 | ChemComp-ATP / |
#5: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.15 Å3/Da / 溶媒含有率: 43 % | ||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | pH: 6.5 / 詳細: pH 6.5 | ||||||||||||||||||||||||||||||
結晶 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 手法: 蒸気拡散法詳細: drop contained 0.003ml of protein solution mixed with 0.074ml of well solution. | ||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU / 波長: 1.5418 |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1997年2月1日 |
放射 | モノクロメーター: GRAPHITE(002) / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.8→20 Å / Num. obs: 18671 / % possible obs: 98.7 % / 冗長度: 2.5 % / Biso Wilson estimate: 11.9 Å2 / Rsym value: 0.03 / Net I/σ(I): 25.6 |
反射 シェル | 解像度: 1.8→1.86 Å / 冗長度: 2.4 % / Mean I/σ(I) obs: 7 / Rsym value: 0.116 / % possible all: 93.5 |
反射 | *PLUS Num. measured all: 47020 / Rmerge(I) obs: 0.03 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 93.5 % / Rmerge(I) obs: 0.116 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: DIFFERENCE FOURIER 開始モデル: PDB ENTRY 1DAH, WITH NON-PROTEIN ATOMS EXCLUDED 解像度: 1.8→20 Å / Rfactor Rfree error: 0.008 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
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原子変位パラメータ | Biso mean: 9 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.8→20 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.8→1.86 Å / Rfactor Rfree error: 0.024 / Total num. of bins used: 10
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Xplor file |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: X-PLOR / バージョン: 3.1 / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS Rfactor obs: 0.19 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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