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- PDB-1a79: CRYSTAL STRUCTURE OF THE TRNA SPLICING ENDONUCLEASE FROM METHANOC... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1a79
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF THE TRNA SPLICING ENDONUCLEASE FROM METHANOCOCCUS JANNASCHII
要素TRNA ENDONUCLEASE
キーワードENDONUCLEASE (エンドヌクレアーゼ) / TRNA ENDONUCLEASE
機能・相同性
機能・相同性情報


tRNA-type intron splice site recognition and cleavage / tRNA-intron lyase / tRNA-intron endonuclease activity / nucleic acid binding / lyase activity
類似検索 - 分子機能
tRNA-splicing endonuclease, archaeal short subfamily / tRNA intron endonuclease, N-terminal domain / tRNA intron endonuclease, N-terminal domain superfamily / tRNA intron endonuclease, N-terminal / tRNA intron endonuclease, N-terminal domain / tRNA-splicing endonuclease / tRNA intron endonuclease, catalytic domain-like / tRNA intron endonuclease, catalytic C-terminal domain / tRNA intron endonuclease, catalytic domain-like superfamily / Trna Endonuclease; Chain: A, domain 1 - #10 ...tRNA-splicing endonuclease, archaeal short subfamily / tRNA intron endonuclease, N-terminal domain / tRNA intron endonuclease, N-terminal domain superfamily / tRNA intron endonuclease, N-terminal / tRNA intron endonuclease, N-terminal domain / tRNA-splicing endonuclease / tRNA intron endonuclease, catalytic domain-like / tRNA intron endonuclease, catalytic C-terminal domain / tRNA intron endonuclease, catalytic domain-like superfamily / Trna Endonuclease; Chain: A, domain 1 - #10 / Trna Endonuclease; Chain: A, domain 1 / tRNA endonuclease-like domain superfamily / MutS, DNA mismatch repair protein, domain I / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / tRNA-splicing endonuclease
類似検索 - 構成要素
生物種Methanocaldococcus jannaschii (メタン生成菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.28 Å
データ登録者Li, H. / Trotta, C.R. / Abelson, J.N.
引用ジャーナル: Science / 年: 1998
タイトル: Crystal structure and evolution of a transfer RNA splicing enzyme.
著者: Li, H. / Trotta, C.R. / Abelson, J.
履歴
登録1998年3月23日処理サイト: BNL
改定 1.01999年6月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月3日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年2月7日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.process_site / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: TRNA ENDONUCLEASE
B: TRNA ENDONUCLEASE
C: TRNA ENDONUCLEASE
D: TRNA ENDONUCLEASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)79,96310
ポリマ－78,9834
非ポリマー9806
水95553
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area11720 Å2
ΔGint-111 kcal/mol
Surface area29420 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)61.950, 80.040, 193.590
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(-0.958213, 0.27951, 0.060843), (0.265275, 0.947859, -0.176616), (-0.107037, -0.153096, -0.982397)92.7452, -7.6424, 79.7142
2given(-0.752995, -0.619023, 0.22318), (-0.617182, 0.546763, -0.565806), (0.228221, -0.563792, -0.79376)75.4063, 57.8017, 75.5218
3given(0.073066, -0.696801, 0.713533), (-0.776877, -0.488403, -0.397398), (0.625399, -0.525291, -0.577015)8.6011, 68.0995, 64.2857

-
要素

#1: タンパク質
TRNA ENDONUCLEASE


分子量: 19745.783 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Methanocaldococcus jannaschii (メタン生成菌)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / Variant (発現宿主): BLR (DE3) / 参照: UniProt: Q58819
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン / 硫酸塩


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物
ChemComp-AU / GOLD ION


分子量: 196.967 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Au
#4: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 53 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.7 Å3/Da / 溶媒含有率: 54 %
結晶化pH: 6 / 詳細: pH 6.0
結晶化
*PLUS
温度: 22 ℃ / 手法: 蒸気拡散法 / PH range low: 6 / PH range high: 5.5
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
11 M1reservoirKCl
220-80 mMammonium sulfate1reservoir

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X4A / 波長: 1.02 / 波長: 1.02, 1.54
検出器タイプ: FUJI / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1997年9月7日
放射モノクロメーター: NI FILTER / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
11.021
21.541
反射解像度: 2.3→100 Å / Num. obs: 75778 / % possible obs: 90.4 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2.2 % / Biso Wilson estimate: 25.8 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.054 / Rsym value: 0.054 / Net I/σ(I): 10.3
反射 シェル解像度: 2.28→2.36 Å / 冗長度: 1.5 % / Rmerge(I) obs: 0.167 / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / Rsym value: 0.167 / % possible all: 65.4
反射
*PLUS
Num. measured all: 165549
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 65.4 %

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CCP4モデル構築
X-PLOR3.857精密化
HKLデータ削減
HKLデータスケーリング
CCP4位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.28→50 Å / Rfactor Rfree error: 0.004 / Data cutoff high absF: 10000000 / Data cutoff low absF: 0.001 / Isotropic thermal model: ISOTROPIC / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.267 6326 9.7 %RANDOM
Rwork0.2 ---
obs0.2 65480 77.2 %-
原子変位パラメータBiso mean: 42.9 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.59 Å20 Å20 Å2
2---1.75 Å20 Å2
3---2.34 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.37 Å0.3 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.39 Å0.41 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.28→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5584 0 14 65 5663
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.006
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.3
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d27.4
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d0.59
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it
Refine LS restraints NCSNCS model details: CONSTR
LS精密化 シェル解像度: 2.28→2.36 Å / Rfactor Rfree error: 0.021 / Total num. of bins used: 10
Rfactor反射数%反射
Rfree0.324 282 8.1 %
Rwork0.302 3180 -
obs--40.9 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMTOPHCSDX.PRO
X-RAY DIFFRACTION2PARAMETER.ELEMENTSTOPOLGY.ELEMENTS
X-RAY DIFFRACTION3TIP3P.PARAMETERTIP3P.TOPOLOGY
X-RAY DIFFRACTION4PARAM.SO4TOP.SO4
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / バージョン: 3.857 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_deg27.4
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_deg0.59
LS精密化 シェル
*PLUS
Rfactor obs: 0.302

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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