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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1a73 | ||||||
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タイトル | INTRON-ENCODED ENDONUCLEASE I-PPOI COMPLEXED WITH DNA | ||||||
要素 |
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キーワード | HYDROLASE/DNA / COMPLEX (HOMING ENDONUCLEASE-DNA) / INTRON (イントロン) / ZINC (亜鉛) / DNA BINDING (デオキシリボ核酸) / PROTEIN FOLDING (フォールディング) / HYDROLASE-DNA COMPLEX | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Physarum polycephalum (モジホコリ) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 多重同系置換 / 解像度: 1.8 Å | ||||||
データ登録者 | Flick, K.E. / Monnat Junior, R.J. / Stoddard, B.L. | ||||||
引用 | ジャーナル: Nature / 年: 1998 タイトル: DNA binding and cleavage by the nuclear intron-encoded homing endonuclease I-PpoI. 著者: Flick, K.E. / Jurica, M.S. / Monnat Jr., R.J. / Stoddard, B.L. #1: ジャーナル: Protein Sci. / 年: 1997 タイトル: Crystallization and Preliminary X-Ray Studies of I-Ppoi: A Nuclear, Intron- Encoded Homing Endonuclease from Physarum Polycephalum 著者: Flick, K.E. / Mchugh, D. / Heath, J.D. / Stephens, K.M. / Monnat Junior, R.J. / Stoddard, B.L. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1a73.cif.gz | 108.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1a73.ent.gz | 78.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1a73.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/a7/1a73 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/a7/1a73 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCS oper: (Code: given Matrix: (-0.970715, 0.239393, 0.020068), ベクター: |
-要素
-DNA鎖 , 2種, 4分子 CEDF
#1: DNA鎖 | 分子量: 3916.571 Da / 分子数: 2 / 断片: ENDONUCLEASE I-PPOI BINDING SEQUENCE / 由来タイプ: 合成 #2: DNA鎖 | 分子量: 2475.655 Da / 分子数: 2 / 断片: ENDONUCLEASE I-PPOI BINDING SEQUENCE / 由来タイプ: 合成 |
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-タンパク質 , 1種, 2分子 AB
#3: タンパク質 | 分子量: 17811.242 Da / 分子数: 2 / 断片: ENDONUCLEASE (I-PPO) ENCODED ENDONUCLEASE / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Physarum polycephalum (モジホコリ) 細胞内の位置: NUCLEUS細胞核 / プラスミド: PET / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 参照: UniProt: Q94702 |
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-非ポリマー , 3種, 397分子
#4: 化合物 | #5: 化合物 | ChemComp-ZN / #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-詳細
構成要素の詳細 | ADENOSINES |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 60 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.6 詳細: THE CRYSTALS WERE GROWN FROM A 2:1 MOLAR RATIO SOLUTION OF PROTEIN AND DNA SUPPLEMENTED WITH 2.5 MM EDTA AND 5 MM SPERMINE. THE COMPLEX WAS CRYSTALLIZED FROM 21 - 27% PEG 4000, 0.1 M CITRATE, ...詳細: THE CRYSTALS WERE GROWN FROM A 2:1 MOLAR RATIO SOLUTION OF PROTEIN AND DNA SUPPLEMENTED WITH 2.5 MM EDTA AND 5 MM SPERMINE. THE COMPLEX WAS CRYSTALLIZED FROM 21 - 27% PEG 4000, 0.1 M CITRATE, PH 5.4 - 5.8, 20 MM NACL, 2 MM EDTA., pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP PH範囲: 5.4-5.8 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 |
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結晶 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 4 ℃詳細: DNA:protein solution(in 2:1 ratio) was mixed with an equal volume of reservoir solution, Flick, K.E., (1997) Protein Sci., 6, 2677. PH range low: 5.6 / PH range high: 5.4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.2 |
検出器 | タイプ: ADSC / 検出器: CCD / 日付: 1997年12月15日 / 詳細: NONE |
放射 | モノクロメーター: DOUBLE CRYSTAL / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.8→50 Å / Num. obs: 362336 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 5.04 % / Rmerge(I) obs: 0.049 / Rsym value: 0.049 / Net I/σ(I): 19.1 |
反射 シェル | 解像度: 1.8→1.9 Å / 冗長度: 4.97 % / Rmerge(I) obs: 0.12 / Mean I/σ(I) obs: 4.9 / Rsym value: 0.12 / % possible all: 99.7 |
反射 | *PLUS Num. obs: 71892 / Num. measured all: 362336 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 多重同系置換 / 解像度: 1.8→50 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2
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原子変位パラメータ | Biso mean: 32.5 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.8→50 Å
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拘束条件 |
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Refine LS restraints NCS | NCS model details: RESTRAINTS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | 解像度: 1.8→1.87 Å / Total num. of bins used: 10
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Xplor file |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: X-PLOR / バージョン: 3.8 / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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