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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1a6f | ||||||
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タイトル | RNASE P PROTEIN FROM BACILLUS SUBTILIS | ||||||
要素 | RIBONUCLEASE P PROTEINリボヌクレアーゼP | ||||||
キーワード | ENDONUCLEASE (エンドヌクレアーゼ) / RNASE (リボヌクレアーゼ) / SUBUNIT | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 anion binding / 3'-tRNA processing endoribonuclease activity / ribonuclease P RNA binding / ribonuclease P complex / tRNA 3'-end processing / リボヌクレアーゼP / sulfate binding / ribonuclease P activity / tRNA 5'-leader removal / chloride ion binding ...anion binding / 3'-tRNA processing endoribonuclease activity / ribonuclease P RNA binding / ribonuclease P complex / tRNA 3'-end processing / リボヌクレアーゼP / sulfate binding / ribonuclease P activity / tRNA 5'-leader removal / chloride ion binding / phosphate ion binding / tRNA binding / molecular adaptor activity / DNA binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Bacillus subtilis (枯草菌) | ||||||
手法 | X線回折 / 多重同系置換・異常分散 / 解像度: 2.6 Å | ||||||
データ登録者 | Stams, T. / Christianson, D.W. | ||||||
引用 | ジャーナル: Science / 年: 1998 タイトル: Ribonuclease P protein structure: evolutionary origins in the translational apparatus. 著者: Stams, T. / Niranjanakumari, S. / Fierke, C.A. / Christianson, D.W. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1a6f.cif.gz | 36.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1a6f.ent.gz | 25.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1a6f.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/a6/1a6f ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/a6/1a6f | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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2 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 14154.549 Da / 分子数: 1 変異: ALA 2, HIS 3, LEU 4 ARE INSERTED BETWEEN MET 1 AND LYS 2 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus subtilis (枯草菌) / 細胞株: BL21 / プラスミド: BL21 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) PLYSS / 参照: UniProt: P25814, リボヌクレアーゼP | ||||
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#2: 化合物 | #3: 化合物 | ChemComp-SO4 / | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.35 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.7 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | pH: 6.5 / 詳細: pH 6.5 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: drop contains equal volume of protein and reservoir solutions | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 293 K |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RUH2R / 波長: 1.5418 |
検出器 | タイプ: RIGAKU RAXIS IIC / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1997年10月1日 / 詳細: MIRRORS |
放射 | モノクロメーター: NI FILTER / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.6→20 Å / Num. obs: 4058 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 3.7 % / Rsym value: 0.086 / Net I/σ(I): 6 |
反射 シェル | 解像度: 2.6→2.67 Å / 冗長度: 3.7 % / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / Rsym value: 0.357 / % possible all: 100 |
反射 | *PLUS Num. measured all: 15148 / Rmerge(I) obs: 0.086 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 100 % / Rmerge(I) obs: 0.357 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 多重同系置換・異常分散 / 解像度: 2.6→20 Å / Data cutoff high absF: 10000000 / Data cutoff low absF: 0.1 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2
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原子変位パラメータ | Biso mean: 46 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.6→20 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.6→2.72 Å / Total num. of bins used: 8
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Xplor file |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: X-PLOR / バージョン: 3.1 / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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LS精密化 シェル | *PLUS Rfactor obs: 0.376 |