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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1a6e | ||||||
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タイトル | THERMOSOME-MG-ADP-ALF3 COMPLEX | ||||||
要素 |
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キーワード | CHAPERONIN / THERMOPLASMA ACIDOPHILUM / GROUP II CHAPERONIN / CCT / TRIC / PROTEIN FOLDING (フォールディング) / ATPASE (ATPアーゼ) / TRANSITION STATE COMPLEX (遷移状態) / ATP HYDROLYSIS | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 ATP-dependent protein folding chaperone / unfolded protein binding / ATP hydrolysis activity / ATP binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Thermoplasma acidophilum (好酸性) | ||||||
手法 | X線回折 / DIFFERENCE FOURIER SYNTHESIS / 解像度: 3.2 Å | ||||||
データ登録者 | Ditzel, L. / Loewe, J. / Stock, D. / Stetter, K.-O. / Huber, H. / Huber, R. / Steinbacher, S. | ||||||
引用 | ジャーナル: Cell(Cambridge,Mass.) / 年: 1998 タイトル: Crystal structure of the thermosome, the archaeal chaperonin and homolog of CCT. 著者: Ditzel, L. / Lowe, J. / Stock, D. / Stetter, K.O. / Huber, H. / Huber, R. / Steinbacher, S. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1a6e.cif.gz | 240.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1a6e.ent.gz | 191.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1a6e.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/a6/1a6e ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/a6/1a6e | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
| x 8||||||||
2 |
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単位格子 |
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-要素
-タンパク質 , 2種, 2分子 AB
#1: タンパク質 | 分子量: 58323.816 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermoplasma acidophilum (好酸性) / 細胞内の位置: CYTOPLASM細胞質 / 参照: UniProt: P48424 |
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#2: タンパク質 | 分子量: 58552.629 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermoplasma acidophilum (好酸性) / 細胞内の位置: CYTOPLASM細胞質 / 参照: UniProt: P48425 |
-非ポリマー , 4種, 8分子
#3: 化合物 | #4: 化合物 | #5: 化合物 | #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 63 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | pH: 5.6 / 詳細: pH 5.6 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 20 ℃ / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 0.005ml of drop solution was mixed with 0.0025 ml of precipitant | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 295 K |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU / 波長: 1.5418 |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1997年12月15日 / 詳細: MIRRORS |
放射 | 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 3.2→15 Å / Num. obs: 22043 / % possible obs: 92 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.5 % / Rsym value: 0.113 / Net I/σ(I): 6.2 |
反射 シェル | 解像度: 3.2→3.28 Å / 冗長度: 1.7 % / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / Rsym value: 0.458 / % possible all: 61.4 |
反射 | *PLUS Rmerge(I) obs: 0.113 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 61.4 % / Rmerge(I) obs: 0.458 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: DIFFERENCE FOURIER SYNTHESIS / 解像度: 3.2→8 Å / Data cutoff high absF: 100000000 / Data cutoff low absF: 0.1 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
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原子変位パラメータ | Biso mean: 38.4 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 3.2→8 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 3.2→3.34 Å / Total num. of bins used: 8
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Xplor file |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: X-PLOR / バージョン: 3.851 / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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LS精密化 シェル | *PLUS Rfactor obs: 0.262 |