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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1a5c | ||||||
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タイトル | FRUCTOSE-1,6-BISPHOSPHATE ALDOLASE FROM PLASMODIUM FALCIPARUM | ||||||
要素 | FRUCTOSE-1,6-BISPHOSPHATE ALDOLASE | ||||||
キーワード | LYASE (リアーゼ) / FRUCTOSE-1 (フルクトース) / 6-BISPHOSPHATE ALDOLASE / MALARIA (マラリア) / TIM BARREL (TIMバレル) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 fructose-bisphosphate aldolase / fructose-bisphosphate aldolase activity / glycolytic process / actin binding / host cell plasma membrane / 生体膜 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Plasmodium falciparum (マラリア病原虫) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3 Å | ||||||
データ登録者 | Kim, H. / Certa, U. / Dobeli, H. / Jakob, P. / Hol, W.G.J. | ||||||
引用 | ジャーナル: Biochemistry / 年: 1998 タイトル: Crystal structure of fructose-1,6-bisphosphate aldolase from the human malaria parasite Plasmodium falciparum. 著者: Kim, H. / Certa, U. / Dobeli, H. / Jakob, P. / Hol, W.G. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1a5c.cif.gz | 132.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1a5c.ent.gz | 107.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1a5c.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/a5/1a5c ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/a5/1a5c | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 1fbaS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCS oper: (Code: given Matrix: (-0.99998, 0.000661, -0.006211), ベクター: |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 40021.711 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Plasmodium falciparum (マラリア病原虫) 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P14223, fructose-bisphosphate aldolase |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.39 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.7 % | |||||||||||||||
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結晶化 | 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7.6 詳細: VAPOR DIFFUSION: 2.0 M AMMONIUM SULFATE/5% 2-PROPANOL, pH 7.6, vapor diffusion | |||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 | |||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM02 / 波長: 0.9 |
検出器 | 日付: 1996年10月26日 |
放射 | 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 3→100 Å / Num. obs: 20677 / % possible obs: 94 % / Rsym value: 0.077 / Net I/σ(I): 8.2 |
反射 シェル | 解像度: 3→3.08 Å / Mean I/σ(I) obs: 3.4 / Rsym value: 0.175 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 1FBA 解像度: 3→8 Å / 交差検証法: THROUGHOUT 詳細: TWO-FOLD NCS-RESTRAINTS FOR 4 PGKS AT 2.8 A RESOLUTION.
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原子変位パラメータ | Biso mean: 29 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 3→8 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 3→3.13 Å / Total num. of bins used: 8
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Xplor file |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: X-PLOR / バージョン: 3 / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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LS精密化 シェル | *PLUS Rfactor obs: 0.33 |