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- PDB-1a46: THROMBIN COMPLEXED WITH HIRUGEN AND A BETA-STRAND MIMETIC INHIBITOR -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1a46
タイトルTHROMBIN COMPLEXED WITH HIRUGEN AND A BETA-STRAND MIMETIC INHIBITOR
要素
  • (ALPHA-THROMBIN ...) x 2
  • HIRUGEN
キーワードHYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR / COMPLEX (SERINE PROTEASE-INHIBITOR) / HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of lipid kinase activity / positive regulation of phospholipase C-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / cytolysis by host of symbiont cells / thrombospondin receptor activity / Defective factor XII causes hereditary angioedema / トロンビン / neutrophil-mediated killing of gram-negative bacterium / regulation of blood coagulation / ligand-gated ion channel signaling pathway / Defective F8 cleavage by thrombin ...positive regulation of lipid kinase activity / positive regulation of phospholipase C-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / cytolysis by host of symbiont cells / thrombospondin receptor activity / Defective factor XII causes hereditary angioedema / トロンビン / neutrophil-mediated killing of gram-negative bacterium / regulation of blood coagulation / ligand-gated ion channel signaling pathway / Defective F8 cleavage by thrombin / Platelet Aggregation (Plug Formation) / negative regulation of platelet activation / negative regulation of astrocyte differentiation / negative regulation of cytokine production involved in inflammatory response / positive regulation of collagen biosynthetic process / positive regulation of blood coagulation / negative regulation of fibrinolysis / Gamma-carboxylation of protein precursors / Transport of gamma-carboxylated protein precursors from the endoplasmic reticulum to the Golgi apparatus / Common Pathway of Fibrin Clot Formation / Removal of aminoterminal propeptides from gamma-carboxylated proteins / regulation of cytosolic calcium ion concentration / fibrinolysis / Intrinsic Pathway of Fibrin Clot Formation / Peptide ligand-binding receptors / positive regulation of release of sequestered calcium ion into cytosol / Regulation of Complement cascade / acute-phase response / Cell surface interactions at the vascular wall / lipopolysaccharide binding / negative regulation of proteolysis / positive regulation of receptor signaling pathway via JAK-STAT / growth factor activity / serine-type endopeptidase inhibitor activity / positive regulation of insulin secretion / 凝固・線溶系 / response to wounding / Golgi lumen / positive regulation of protein localization to nucleus / Regulation of Insulin-like Growth Factor (IGF) transport and uptake by Insulin-like Growth Factor Binding Proteins (IGFBPs) / positive regulation of reactive oxygen species metabolic process / 凝固・線溶系 / antimicrobial humoral immune response mediated by antimicrobial peptide / Thrombin signalling through proteinase activated receptors (PARs) / heparin binding / regulation of cell shape / positive regulation of cell growth / G alpha (q) signalling events / collagen-containing extracellular matrix / blood microparticle / cell surface receptor signaling pathway / positive regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / positive regulation of protein phosphorylation / G protein-coupled receptor signaling pathway / 小胞体 / signaling receptor binding / serine-type endopeptidase activity / calcium ion binding / positive regulation of cell population proliferation / タンパク質分解 / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / 細胞膜
類似検索 - 分子機能
Thrombin inhibitor hirudin / ヒルジン / Proteinase inhibitor I14, hirudin / Hirudin/antistatin / Prothrombin/thrombin / Thrombin light chain / Thrombin light chain domain superfamily / Thrombin light chain / Kringle domain / Kringle ...Thrombin inhibitor hirudin / ヒルジン / Proteinase inhibitor I14, hirudin / Hirudin/antistatin / Prothrombin/thrombin / Thrombin light chain / Thrombin light chain domain superfamily / Thrombin light chain / Kringle domain / Kringle / Kringle, conserved site / Kringle superfamily / Kringle domain signature. / Kringle domain profile. / Kringle domain / Vitamin K-dependent carboxylation/gamma-carboxyglutamic (GLA) domain / Gamma-carboxyglutamic acid-rich (GLA) domain / Gamma-carboxyglutamic acid-rich (GLA) domain superfamily / Vitamin K-dependent carboxylation domain. / Gla domain profile. / Domain containing Gla (gamma-carboxyglutamate) residues. / Kringle-like fold / Serine proteases, trypsin family, histidine active site / Serine proteases, trypsin family, serine active site / Peptidase S1A, chymotrypsin family / Serine proteases, trypsin family, histidine active site. / Serine proteases, trypsin domain profile. / Serine proteases, trypsin family, serine active site. / Trypsin-like serine protease / Serine proteases, trypsin domain / トリプシン / Trypsin-like serine proteases / Thrombin, subunit H / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Peptidase S1, PA clan / Βバレル / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
MOL-106 / Chem-00K / トロンビン / Hirudin variant-2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Hirudo medicinalis (医用ビル)
手法X線回折 / PREVIOUS STRUCTURE / 解像度: 2.12 Å
データ登録者St Charles, R. / Matthews, J.H. / Zhang, E. / Tulinsky, A. / Kahn, M.
引用
ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 1999
タイトル: Bound structures of novel P3-P1' beta-strand mimetic inhibitors of thrombin.
著者: St Charles, R. / Matthews, J.H. / Zhang, E. / Tulinsky, A.
#1: ジャーナル: Biophys.J. / 年: 1996
タイトル: Crystal Structures of Thrombin with Thiazole-Containing Inhibitors: Probes of the S1' Binding Site
著者: Matthews, J.H. / Krishnan, R. / Costanzo, M.J. / Maryanoff, B.E. / Tulinsky, A.
#2: ジャーナル: Protein Eng. / 年: 1993
タイトル: The Structure of a Designed Peptidomimetic Inhibitor Complex of Alpha-Thrombin
著者: Wu, T.P. / Yee, V. / Tulinsky, A. / Chrusciel, R.A. / Nakanishi, H. / Shen, R. / Priebe, C. / Kahn, M.
#3: ジャーナル: Blood Coagulation Fibrinolysis / 年: 1993
タイトル: Active Site and Exosite Binding of Alpha-Thrombin
著者: Tulinsky, A. / Qiu, X.
履歴
登録1998年2月11日処理サイト: BNL
改定 1.01998年5月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Atomic model / Database references ...Atomic model / Database references / Derived calculations / Non-polymer description / Structure summary / Version format compliance
改定 1.32012年12月12日Group: Other
改定 1.42023年8月2日Group: Database references / Derived calculations ...Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status ...database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.process_site / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_PDB_ins_code / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_PDB_ins_code / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code / _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
L: ALPHA-THROMBIN (SMALL SUBUNIT)
H: ALPHA-THROMBIN (LARGE SUBUNIT)
I: HIRUGEN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,9866
ポリマ－35,4113
非ポリマー5753
水2,972165
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)71.300, 73.090, 73.820
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 101.12, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

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ALPHA-THROMBIN ... , 2種, 2分子 LH

#1: タンパク質・ペプチド ALPHA-THROMBIN (SMALL SUBUNIT)


分子量: 4096.534 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 器官: BLOOD血液 / 組織: BLOOD血液 / 参照: UniProt: P00734, トロンビン
#2: タンパク質 ALPHA-THROMBIN (LARGE SUBUNIT)


分子量: 29780.219 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 器官: BLOOD血液 / 組織: BLOOD血液 / 参照: UniProt: P00734, トロンビン

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タンパク質・ペプチド , 1種, 1分子 I

#3: タンパク質・ペプチド HIRUGEN


分子量: 1534.554 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Hirudo medicinalis (医用ビル) / 参照: UniProt: P09945

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非ポリマー , 3種, 168分子

#4: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / MOL 106 / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#5: 化合物 ChemComp-00K / (1S,7S)-7-amino-N-[(2R,3S)-7-amino-1-(cyclohexylamino)-2-hydroxy-1-oxoheptan-3-yl]-7-benzyl-8-oxohexahydro-1H-pyrazolo[1,2-a]pyridazine-1-carboxamide / MOL-106


タイプ: peptide-likeペプチド, Peptide-likeペプチド
クラス: トロンビン阻害剤 / 分子量: 528.687 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C28H44N6O4 / 参照: MOL-106
#6: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 165 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

構成要素の詳細THROMBIN IS CLEAVED BETWEEN RESIDUES 15 AND 16. CHAIN IDENTIFIER *L* IS USED FOR RESIDUES 1H - 15 ...THROMBIN IS CLEAVED BETWEEN RESIDUES 15 AND 16. CHAIN IDENTIFIER *L* IS USED FOR RESIDUES 1H - 15 AND CHAIN IDENTIFIER *H* IS USED FOR RESIDUES 16 - 247. CHAIN IDENTIFIER *I* IS USED FOR HIRUGEN, THE CARBOXYL TERMINUS OF HIRUDIN, WHICH OCCUPIES THE EXOSITE. THE INHIBITOR 00K IS COVALENTLY CONNECTED TO SER 195 OF THE ENZYME TO FORM A HEMIKETAL.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 51 %
結晶化手法: vapor diffusion - hanging drop, macroseeding / pH: 7.3
詳細: 0.1 M SODIUM PHOSPHATE BUFFER, PH 7.3, 27-28 % PEG 8000, HANGING DROPS AND MACROSEEDING; THEN SOAKED IN PEG-PHOSPHATE-0.1 M NACL, AND THE MOL 106 INHIBITOR WAS ADDED IN 3 STEPS WITH FINAL ...詳細: 0.1 M SODIUM PHOSPHATE BUFFER, PH 7.3, 27-28 % PEG 8000, HANGING DROPS AND MACROSEEDING; THEN SOAKED IN PEG-PHOSPHATE-0.1 M NACL, AND THE MOL 106 INHIBITOR WAS ADDED IN 3 STEPS WITH FINAL CONC. 7.3 MM, vapor diffusion - hanging drop and macroseeding
結晶化
*PLUS
手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: Skrzypczak, J., (1991) J. Mol. Biol., 221, 1379.
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
13.0-3.7 mg/mlprotein1drop
20.05 Msodium phosphate1drop
30.375 M1dropNaCl
40.5 mM1dropNaN3
50.1 Msodium phosphate1reservoir
61-2 mM1reservoirNaN3
725-30 %(v/v)PEG80001reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 298 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RUH2R / 波長: 1.5418
検出器タイプ: SIEMENS / 検出器: AREA DETECTOR / 日付: 1995年5月15日 / 詳細: COLLIMATOR
放射モノクロメーター: GRAPHITE(002) / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射最高解像度: 2.12 Å / Num. obs: 18219 / % possible obs: 86 % / 冗長度: 3 % / Rmerge(I) obs: 0.044 / Net I/σ(I): 23.8
反射 シェル解像度: 2.12→2.26 Å / 冗長度: 1.7 % / Rmerge(I) obs: 0.229 / Mean I/σ(I) obs: 3.5 / % possible all: 60
反射
*PLUS
Num. measured all: 54609
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 60 %

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解析

ソフトウェア
名称分類
XENGENデータ収集
XENGENデータ削減
PROFFT精密化
XENGENデータスケーリング
精密化構造決定の手法: PREVIOUS STRUCTURE
開始モデル: PDB ENTRY 1HAH

1hah


解像度: 2.12→7 Å / σ(F): 4 /
Rfactor反射数%反射
Rwork0.155 --
obs-15585 75 %
原子変位パラメータBiso mean: 24 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.12→7 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2298 0 40 165 2503
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONp_bond_d0.020.02
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_d0.0420.03
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_deg
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_d0.0490.045
X-RAY DIFFRACTIONp_hb_or_metal_coord
X-RAY DIFFRACTIONp_mcbond_it11
X-RAY DIFFRACTIONp_mcangle_it1.71.5
X-RAY DIFFRACTIONp_scbond_it2.42
X-RAY DIFFRACTIONp_scangle_it3.52.5
X-RAY DIFFRACTIONp_plane_restr0.0280.03
X-RAY DIFFRACTIONp_chiral_restr0.190.15
X-RAY DIFFRACTIONp_singtor_nbd0.220.6
X-RAY DIFFRACTIONp_multtor_nbd0.260.6
X-RAY DIFFRACTIONp_xhyhbond_nbd
X-RAY DIFFRACTIONp_xyhbond_nbd0.250.6
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_tor43
X-RAY DIFFRACTIONp_staggered_tor2115
X-RAY DIFFRACTIONp_orthonormal_tor
X-RAY DIFFRACTIONp_transverse_tor3020
X-RAY DIFFRACTIONp_special_tor
ソフトウェア
*PLUS
名称: PROFFT / 分類: refinement
精密化
*PLUS
Rfactor obs: 0.155
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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