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- PDB-1a3c: PYRR, THE BACILLUS SUBTILIS PYRIMIDINE BIOSYNTHETIC OPERON REPRES... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1a3c
タイトルPYRR, THE BACILLUS SUBTILIS PYRIMIDINE BIOSYNTHETIC OPERON REPRESSOR, DIMERIC FORM
要素PYRIMIDINE OPERON REGULATORY PROTEIN PYRR
キーワードTRANSCRIPTION REGULATION / ATTENUATION PROTEIN (減衰) / RNA-BINDING PROTEIN (RNA結合タンパク質) / PYRIMIDINE BIOSYNTHESIS / TRANSFERASE (転移酵素) / PRTASE / PHOSPHORIBOSYLTRANSFERASE / BIFUNCTIONAL ENZYME (ホスホフルクトキナーゼ2)
機能・相同性
機能・相同性情報


uracil phosphoribosyltransferase / uracil phosphoribosyltransferase activity / DNA-templated transcription termination / RNA binding
類似検索 - 分子機能
Bifunctional protein PyrR / Rossmann fold - #2020 / Phosphoribosyl transferase domain / Phosphoribosyltransferase-like / Phosphoribosyltransferase domain / ロスマンフォールド / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
SAMARIUM (III) ION / Bifunctional protein PyrR
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus subtilis (枯草菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.6 Å
データ登録者Tomchick, D.R. / Turner, R.J. / Switzer, R.W. / Smith, J.L.
引用ジャーナル: Structure / 年: 1998
タイトル: Adaptation of an enzyme to regulatory function: structure of Bacillus subtilis PyrR, a pyr RNA-binding attenuation protein and uracil phosphoribosyltransferase.
著者: Tomchick, D.R. / Turner, R.J. / Switzer, R.L. / Smith, J.L.
履歴
登録1998年1月20日処理サイト: BNL
改定 1.01998年8月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32011年11月16日Group: Atomic model
改定 1.42018年3月21日Group: Advisory / Derived calculations / Other
カテゴリ: pdbx_database_status / pdbx_distant_solvent_atoms ...pdbx_database_status / pdbx_distant_solvent_atoms / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_validate_close_contact / struct_conn / struct_conn_type
Item: _pdbx_database_status.process_site
改定 1.52024年2月7日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PYRIMIDINE OPERON REGULATORY PROTEIN PYRR
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,6874
ポリマ－20,2901
非ポリマー3973
水4,630257
1
A: PYRIMIDINE OPERON REGULATORY PROTEIN PYRR
ヘテロ分子

A: PYRIMIDINE OPERON REGULATORY PROTEIN PYRR
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,3748
ポリマ－40,5812
非ポリマー7946
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_656-x+1,y,-z+11
単位格子
Length a, b, c (Å)76.700, 57.700, 55.000
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 129.00, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-182-

SM

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要素

#1: タンパク質 PYRIMIDINE OPERON REGULATORY PROTEIN PYRR / PYRR


分子量: 20290.279 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus subtilis (枯草菌) / 遺伝子: PYRR / プラスミド: PTSROX3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): S0408 / 参照: UniProt: P39765
#2: 化合物 ChemComp-SM / SAMARIUM (III) ION / サマリウム


分子量: 150.360 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Sm
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン / 硫酸塩


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 257 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 40 %
結晶化pH: 5.1
詳細: PROTEIN WAS CRYSTALLIZED FROM 13-16% PEG 6000, 300 MM AMMONIUM SULFATE, 0.2% BETA-OCTYLGLUCOSIDE, 50 MM SODIUM SUCCINATE, PH 5.1, AND 1 MM SAMARIUM NITRATE.
結晶
*PLUS
結晶化
*PLUS
温度: 20 ℃ / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細
110 mg/mlprotein1drop
210 mMTris-acetate1droppH7.5
30.2 %beta-octylglucoside1drop
413-16 %PEG60001reservoir
5300 mMammonium sulfate1reservoir
650 mMsodium succinate1reservoirpH5.1

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM14 / 波長: 0.9799
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1995年9月1日 / 詳細: MIRRORS
放射単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9799 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.55→40 Å / Num. obs: 26609 / % possible obs: 98 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.9 % / Biso Wilson estimate: 14.6 Å2 / Rsym value: 0.085 / Net I/σ(I): 11.7
反射
*PLUS
Num. measured all: 104445 / Rmerge(I) obs: 0.085

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
X-PLOR3.1モデル構築
X-PLOR3.1精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
X-PLOR3.1位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 1.6→15 Å / Data cutoff high absF: 10000000 / Data cutoff low absF: 0.001 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
詳細: THE POSITIONAL COORDINATES OF SM 182, THE SAMARIUM ION ON THE CRYSTALLOGRAPHIC TWO-FOLD AXIS, WAS HELD AT 0,0,0 DURING THE REFINEMENT TO PREVENT OSCILLATION OF THE PROTEIN POSITIONAL ...詳細: THE POSITIONAL COORDINATES OF SM 182, THE SAMARIUM ION ON THE CRYSTALLOGRAPHIC TWO-FOLD AXIS, WAS HELD AT 0,0,0 DURING THE REFINEMENT TO PREVENT OSCILLATION OF THE PROTEIN POSITIONAL COORDINATES. THE MODEL INCLUDES AN X-PLOR BULK SOLVENT CORRECTION WITH PARAMETERS SOLRAD=0.25, DENSITY=0.55, B=100. LYS 40 HAS PHI/PSI VALUES THAT ARE NORMALLY DISALLOWED. IN SOME OTHER PRTASES, THIS PEPTIDE IS TYPICALLY FOUND IN THE CIS CONFORMATION. SEVENTEEN RESIDUES ARE MODELED IN ALTERNATIVE CONFORMATIONS. THESE ARE LEU 8, GLU 10, GLN 11, ARG 14, ARG 19, GLU 52, GLN 56, THR 70, LYS 100, VAL 107, VAL 122, ARG 126, SER 128, VAL 136, ILE 145, LYS 152, AND MET 163. ONLY THE MAIN CHAIN AND C-BETA ATOMS OF ASN 180 WERE VISIBLE IN THE ELECTRON DENSITY. LYS 40 HAS PHI/PSI VALUES THAT ARE NORMALLY DISALLOWED. IN SOME OTHER PRTASES, THIS PEPTIDE IS TYPICALLY FOUND IN THE CIS CONFORMATION.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.233 2376 10 %RANDOM
Rwork0.192 ---
obs0.192 24217 98 %-
原子変位パラメータBiso mean: 17 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.6→15 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1379 0 7 263 1649
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.011
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.6
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d1.58
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it
LS精密化 シェル解像度: 1.6→1.63 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.238 117 9.6 %
Rwork0.225 1054 -
obs--98 %
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / バージョン: 3.1 / 分類: refinement
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_deg1.58

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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