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- PDB-1a0h: THE X-RAY CRYSTAL STRUCTURE OF PPACK-MEIZOTHROMBIN DESF1: KRINGLE... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1a0h
タイトルTHE X-RAY CRYSTAL STRUCTURE OF PPACK-MEIZOTHROMBIN DESF1: KRINGLE/THROMBIN AND CARBOHYDRATE/KRINGLE/THROMBIN INTERACTIONS AND LOCATION OF THE LINKER CHAIN
要素(MEIZOTHROMBIN) x 2
キーワードHYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR / SERINE PROTEASE (セリンプロテアーゼ) / COAGULATION (凝固・線溶系) / THROMBIN (トロンビン) / PROTHROMBIN (トロンビン) / MEIZOTHROMBIN / HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


fibrinogen binding / トロンビン / protein polymerization / positive regulation of blood coagulation / acute-phase response / 凝固・線溶系 / collagen-containing extracellular matrix / serine-type endopeptidase activity / calcium ion binding / タンパク質分解 / extracellular space
類似検索 - 分子機能
Epsilon-Thrombin; Chain L / Thrombin light chain domain / Plasminogen Kringle 4 / Plasminogen Kringle 4 / Prothrombin/thrombin / Thrombin light chain / Thrombin light chain domain superfamily / Thrombin light chain / Kringle domain / Kringle ...Epsilon-Thrombin; Chain L / Thrombin light chain domain / Plasminogen Kringle 4 / Plasminogen Kringle 4 / Prothrombin/thrombin / Thrombin light chain / Thrombin light chain domain superfamily / Thrombin light chain / Kringle domain / Kringle / Kringle, conserved site / Kringle superfamily / Kringle domain signature. / Kringle domain profile. / Kringle domain / Vitamin K-dependent carboxylation/gamma-carboxyglutamic (GLA) domain / Gamma-carboxyglutamic acid-rich (GLA) domain / Gamma-carboxyglutamic acid-rich (GLA) domain superfamily / Vitamin K-dependent carboxylation domain. / Gla domain profile. / Domain containing Gla (gamma-carboxyglutamate) residues. / Kringle-like fold / Few Secondary Structures / イレギュラー / Serine proteases, trypsin family, histidine active site / Serine proteases, trypsin family, serine active site / Peptidase S1A, chymotrypsin family / Serine proteases, trypsin family, histidine active site. / Serine proteases, trypsin domain profile. / Serine proteases, trypsin family, serine active site. / Trypsin-like serine protease / Serine proteases, trypsin domain / トリプシン / Trypsin-like serine proteases / Thrombin, subunit H / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Peptidase S1, PA clan / Βバレル / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
D-Phe-Pro-Arg-CH2Cl / Chem-0G6 / トロンビン
類似検索 - 構成要素
生物種Bos taurus (ウシ)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 3.2 Å
データ登録者Martin, P.D. / Malkowski, M.G. / Box, J. / Esmon, C.T. / Edwards, B.F.P.
引用ジャーナル: Structure / 年: 1997
タイトル: New insights into the regulation of the blood clotting cascade derived from the X-ray crystal structure of bovine meizothrombin des F1 in complex with PPACK.
著者: Martin, P.D. / Malkowski, M.G. / Box, J. / Esmon, C.T. / Edwards, B.F.
履歴
登録1997年11月30日処理サイト: BNL
改定 1.01998年6月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Atomic model / Database references ...Atomic model / Database references / Derived calculations / Non-polymer description / Structure summary / Version format compliance
改定 1.32011年11月16日Group: Atomic model
改定 1.42013年2月27日Group: Other
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / entity_name_com / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_database_status / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_molecule / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_special_symmetry / struct_asym / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity.pdbx_number_of_molecules / _entity.src_method / _entity.type / _entity_name_com.entity_id / _pdbx_database_status.process_site / _pdbx_molecule.asym_id / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_special_symmetry.label_asym_id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12024年4月3日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: MEIZOTHROMBIN
B: MEIZOTHROMBIN
D: MEIZOTHROMBIN
E: MEIZOTHROMBIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)97,0388
ポリマ－95,2824
非ポリマー1,7574
水1,56787
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area18810 Å2
ΔGint-34 kcal/mol
Surface area34590 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)186.150, 186.150, 120.290
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number92
Space group name H-MP41212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-24-

HOH

非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper: (Code: given
Matrix: (-0.90024, -0.43536, -0.00555), (-0.43381, 0.89797, -0.07391), (0.03716, -0.06413, -0.99725)
ベクター: 178.65675, 42.02666, 32.13877)

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要素

#1: タンパク質 MEIZOTHROMBIN / DESF1


分子量: 17868.338 Da / 分子数: 2 / 断片: F2/THROMBIN DOMAIN / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 器官: BLOOD血液 / 組織: BLOOD PLASMA血漿 / 参照: UniProt: P00735, トロンビン
#2: タンパク質 MEIZOTHROMBIN / DESF1


分子量: 29772.422 Da / 分子数: 2 / 断片: F2/THROMBIN DOMAIN / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 器官: BLOOD血液 / 組織: BLOOD PLASMA血漿 / 参照: UniProt: P00735, トロンビン
#3: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharideオリゴ糖 / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}LINUCSPDB-CARE
#4: 化合物 ChemComp-0G6 / D-phenylalanyl-N-[(2S,3S)-6-{[amino(iminio)methyl]amino}-1-chloro-2-hydroxyhexan-3-yl]-L-prolinamide / PPACK / PPACK


タイプ: peptide-likeペプチド, Peptide-likeペプチド
クラス: 阻害剤 / 分子量: 453.986 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H34ClN6O3 / 参照: D-Phe-Pro-Arg-CH2Cl
#5: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 87 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
非ポリマーの詳細THE UNBOUND FORM OF THE INHIBITOR IS D-PHE-PRO-ARG-CHLOROMETHYLKETONE. UPON REACTION WITH PROTEIN ...THE UNBOUND FORM OF THE INHIBITOR IS D-PHE-PRO-ARG-CHLOROMETHYLKETONE. UPON REACTION WITH PROTEIN IT FORMS TWO COVALENT BONDS: 1) A COVALENT BOND TO SER525 (CHAINS B,E) FORMING A HEMIKETAL AR7 AND 2) A COVALENT BOND TO NE2 OF HIS363 (CHAINS B,E)

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 5.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 76 %
結晶化pH: 8
詳細: 17 MG/ML PROTEIN, 2% PEG4000, .25 M AMMONIUM PHOSPHATE, PH 8.0, 33% SATURATED AMMONIUM SULFATE
結晶化
*PLUS
手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式詳細
117 mg/mlprotein1drop
21-4 %PEG40001drop
30.25 Mammonium sulfate1drop
532-34 %ammonium sulfate1reservoir
60.25 M1reservoirNH42PO4
4PPACK1drop10:1 molar excess

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データ収集

回折平均測定温度: 273 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RUH2R / 波長: 1.5418
検出器タイプ: SIEMENS / 検出器: AREA DETECTOR / 日付: 1996年3月1日 / 詳細: 0.3 MM COLLIMATOR
放射モノクロメーター: GRAPHITE(002) / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.2→42.3 Å / Num. obs: 31648 / % possible obs: 88 % / Observed criterion σ(I): 0.5 / Rmerge(I) obs: 0.12 / Rsym value: 0.12 / Net I/σ(I): 5.7
反射 シェル解像度: 3.2→3.3 Å / Rmerge(I) obs: 0.19 / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / Rsym value: 0.19 / % possible all: 60
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 60 %

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XENGENデータ収集
SCALEKデータ削減
X-PLOR3.84モデル構築
X-PLOR3.84精密化
XENGENデータ削減
SCALEKデータスケーリング
X-PLOR3.84位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: THROMBIN

解像度: 3.2→7 Å / Data cutoff high absF: 99999999 / Data cutoff low absF: 0.0001 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.242 -10 %RANDOM
Rwork0.205 ---
obs0.205 30519 84 %-
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.2→7 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6698 0 116 87 6901
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / バージョン: 3.84 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.013
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d1.96
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_deg26.06
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_deg1.72

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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