[日本語] English
万見
- PDB-19hc: NINE-HAEM CYTOCHROME C FROM DESULFOVIBRIO DESULFURICANS ATCC 27774 -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 19hc
タイトルNINE-HAEM CYTOCHROME C FROM DESULFOVIBRIO DESULFURICANS ATCC 27774
要素PROTEIN (NINE-HAEM CYTOCHROME C)
キーワードELECTRON TRANSPORT (電子伝達系) / ELECTRON TRANSFER (電子移動反応) / CYTOCHROME (シトクロム)
機能・相同性
機能・相同性情報


electron transfer activity / ペリプラズム / heme binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Class III cytochrome C / Class III cytochrome C family / Cytochrome c, class III / Cytochrome C3 / Cytochrome C3 / Multiheme cytochrome c family profile. / Multiheme cytochrome superfamily / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
酢酸塩 / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / Nine-heme cytochrome c
類似検索 - 構成要素
生物種Desulfovibrio desulfuricans (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Matias, P.M. / Coelho, R. / Pereira, I.A.C. / Coelho, A.V. / Thompson, A.W. / Sieker, L. / Gall, J.L. / Carrondo, M.A.
引用ジャーナル: Structure Fold.Des. / 年: 1999
タイトル: The primary and three-dimensional structures of a nine-haem cytochrome c from Desulfovibrio desulfuricans ATCC 27774 reveal a new member of the Hmc family.
著者: Matias, P.M. / Coelho, R. / Pereira, I.A. / Coelho, A.V. / Thompson, A.W. / Sieker, L.C. / Gall, J.L. / Carrondo, M.A.
履歴
登録1998年12月1日登録サイト: PDBE / 処理サイト: RCSB
改定 1.01999年12月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月26日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年12月27日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_conn_type / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: PROTEIN (NINE-HAEM CYTOCHROME C)
B: PROTEIN (NINE-HAEM CYTOCHROME C)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)73,97325
ポリマ－62,5812
非ポリマー11,39223
水15,943885
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area25780 Å2
ΔGint-445 kcal/mol
Surface area27400 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)60.380, 106.070, 80.620
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 103.50, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

#1: タンパク質 PROTEIN (NINE-HAEM CYTOCHROME C)


分子量: 31290.666 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Desulfovibrio desulfuricans (バクテリア)
細胞内の位置: PERIPLASMIC (PRESUMED) / 参照: UniProt: Q9RN68
#2: 化合物
ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン / 酢酸塩


分子量: 59.044 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#3: 化合物
ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME / Heme B


分子量: 616.487 Da / 分子数: 18 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4
#4: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 885 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.42 Å3/Da / 溶媒含有率: 64 %
結晶化pH: 5.5
詳細: PEG 6000 2-10% (W/V) SODIUM ACETATE BUFFER PH 5.5 0.25-0.75M
結晶化
*PLUS
温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: Coelho, A.V., (1996) Acta Crystallogr. D52, 1202.
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
12-10 %(v/v)PEG60001reservoir
20.25-0.75 Msodium acetate1reservoir

-
データ収集

回折平均測定温度: 110 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM14 / 波長: 1.7377, 1.7398, 1.7408, 0.8856
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1998年4月1日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: SI (111) / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
11.73771
21.73981
31.74081
40.88561
反射解像度: 1.8→24.2 Å / Num. obs: 91192 / % possible obs: 98.8 % / 冗長度: 4.7 % / Rmerge(I) obs: 0.034 / Net I/σ(I): 16.8
反射 シェル解像度: 1.8→1.87 Å / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.116 / Mean I/σ(I) obs: 6.2 / % possible all: 93.1
反射
*PLUS
Num. measured all: 425233
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 93.1 %

-
解析

ソフトウェア
名称分類
CCP4モデル構築
SHELXL-97精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CCP4位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 1.8→24 Å / Num. parameters: 24762 / Num. restraintsaints: 24527 / 交差検証法: NONE IN LAST CYCLES / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: ENGH AND HUBER
詳細: ANISOTROPIC SCALING APPLIED BY THE METHOD OF PARKIN, MOEZZI & HOPE, J.APPL.CRYST.28 (1995)53-56
Rfactor反射数%反射
obs0.1694 -98.8 %
all-91192 -
溶媒の処理溶媒モデル: MOEWS & KRETSINGER, J.MOL.BIOL.91(1973)201-228
Refine analyzeNum. disordered residues: 14 / Occupancy sum non hydrogen: 5876.5
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→24 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4419 0 794 885 6098
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONs_bond_d0.011
X-RAY DIFFRACTIONs_angle_d0.024
X-RAY DIFFRACTIONs_similar_dist0.006
X-RAY DIFFRACTIONs_from_restr_planes0.029
X-RAY DIFFRACTIONs_zero_chiral_vol0.113
X-RAY DIFFRACTIONs_non_zero_chiral_vol0.116
X-RAY DIFFRACTIONs_anti_bump_dis_restr0.007
X-RAY DIFFRACTIONs_rigid_bond_adp_cmpnt
X-RAY DIFFRACTIONs_similar_adp_cmpnt0.044
X-RAY DIFFRACTIONs_approx_iso_adps

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る