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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 191d | ||||||||||||||||||
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タイトル | CRYSTAL STRUCTURE OF INTERCALATED FOUR-STRANDED D(C3T) | ||||||||||||||||||
要素 | DNA (5'-D(*キーワード | DNA (デオキシリボ核酸) / U-DNA / QUADRUPLE HELIX / PARALLEL-STRANDED TETRAPLEX / BASE INTERCALATED / MISMATCHED | 機能・相同性 | デオキシリボ核酸 | 機能・相同性情報 手法 | X線回折 / 解像度: 1.4 Å | データ登録者 | Kang, C. / Berger, I. / Lockshin, C. / Ratliff, R. / Moyzis, R. / Rich, A. | 引用 | ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 1994 | タイトル: Crystal structure of intercalated four-stranded d(C3T) at 1.4 angstroms resolution. 著者: Kang, C.H. / Berger, I. / Lockshin, C. / Ratliff, R. / Moyzis, R. / Rich, A. 履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 191d.cif.gz | 19.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb191d.ent.gz | 13.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 191d.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/91/191d ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/91/191d | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
#1: DNA鎖 | 分子量: 1126.781 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 #2: 化合物 | #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.76 Å3/Da / 溶媒含有率: 29.93 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: pH 6.50, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 |
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結晶化 | *PLUS 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / PH range low: 7 / PH range high: 6 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 277 K |
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検出器 | タイプ: RIGAKU RAXIS IIC / 検出器: IMAGE PLATE |
放射 | 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 相対比: 1 |
反射 | 最高解像度: 1.4 Å |
-解析
ソフトウェア | 名称: X-PLOR / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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精密化 | 解像度: 1.4→10 Å / σ(F): 2
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Refine Biso |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.4→10 Å
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拘束条件 |
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精密化 | *PLUS 最高解像度: 1.4 Å / 最低解像度: 10 Å / σ(F): 2 / Rfactor obs: 0.177 / Rfactor Rfree: 0.225 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS タイプ: x_angle_d / Dev ideal: 4 |