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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 154l | |||||||||
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タイトル | THE REFINED STRUCTURES OF GOOSE LYSOZYME AND ITS COMPLEX WITH A BOUND TRISACCHARIDE SHOW THAT THE "GOOSE-TYPE LYSOZYMES LACK A CATALYTIC ASPARTATE | |||||||||
要素 | GOOSE LYSOZYME | |||||||||
キーワード | HYDROLASE(O-GLYCOSYL) | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 peptidoglycan catabolic process / リゾチーム / lysozyme activity / killing of cells of another organism / defense response to bacterium / extracellular region 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
手法 | X線回折 / 解像度: 1.6 Å | |||||||||
データ登録者 | Weaver, L.H. / Gruetter, M.G. / Matthews, B.W. | |||||||||
引用 | ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1995 タイトル: The refined structures of goose lysozyme and its complex with a bound trisaccharide show that the "goose-type" lysozymes lack a catalytic aspartate residue. 著者: Weaver, L.H. / Grutter, M.G. / Matthews, B.W. #1: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1987 タイトル: The Structure of Bacteriophage T4 Lysozyme Refined at 1.7 Angstroms Resolution 著者: Weaver, L.H. / Matthews, B.W. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 154l.cif.gz | 48.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb154l.ent.gz | 36.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 154l.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/54/154l ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/54/154l | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 20406.139 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 参照: UniProt: P00718, リゾチーム |
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#2: 多糖 | 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2- ...2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / triacetyl-beta-chitotriose |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.44 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.67 % | |||||||||||||||
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結晶化 | *PLUS pH: 6.6 / 手法: batch method | |||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
放射 | 散乱光タイプ: x-ray |
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放射波長 | 相対比: 1 |
反射 | *PLUS 最高解像度: 1.6 Å / Num. obs: 21303 / % possible obs: 74 % / Num. measured all: 72401 / Rmerge F obs: 0.074 |
-解析
ソフトウェア | 名称: TNT / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||||||||
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精密化 | 解像度: 1.6→6 Å / σ(F): 0 /
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.6→6 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: TNT / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS Rfactor obs: 0.159 | ||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS タイプ: t_angle_d / Dev ideal: 2.5 |