+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 150d | ||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | GUANINE.1,N6-ETHENOADENINE BASE-PAIRS IN THE CRYSTAL STRUCTURE OF D(CGCGAATT(EDA)GCG) | ||||||||||||||||||
要素 | DNA (5'-D(*キーワード | DNA (デオキシリボ核酸) / B-DNA / DOUBLE HELIX / MODIFIED / MISMATCHED | 機能・相同性 | デオキシリボ核酸 / DNA (> 10) | 機能・相同性情報 手法 | X線回折 / 解像度: 2.25 Å | データ登録者 | Leonard, G.A. / McAuley-Hecht, K.E. / Gibson, N.J. / Brown, T. / Watson, W.P. / Hunter, W.N. | 引用 | ジャーナル: Biochemistry / 年: 1994 | タイトル: Guanine-1,N6-ethenoadenine base pairs in the crystal structure of d(CGCGAATT(epsilon dA)GCG). 著者: Leonard, G.A. / McAuley-Hecht, K.E. / Gibson, N.J. / Brown, T. / Watson, W.P. / Hunter, W.N. 履歴 |
|
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
---|
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 150d.cif.gz | 27.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb150d.ent.gz | 17.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 150d.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/50/150d ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/50/150d | HTTPS FTP |
---|
-関連構造データ
類似構造データ |
---|
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
単位格子 |
|
-要素
#1: DNA鎖 | 分子量: 3711.438 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 #2: 化合物 | ChemComp-MG / | #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 |
---|
-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.05 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.91 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: pH 6.50, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277.00K | ||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 |
|
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 297 K |
---|---|
放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 |
検出器 | タイプ: RIGAKU RAXIS IIC / 検出器: IMAGE PLATE |
放射 | 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 相対比: 1 |
反射 | 最高解像度: 2.25 Å / Num. all: 12357 / Num. obs: 9932 / Observed criterion σ(I): 0.5 |
反射 | *PLUS 最高解像度: 2.25 Å / % possible obs: 94 % / Observed criterion σ(I): 0.5 / Rmerge(I) obs: 0.032 |
-解析
ソフトウェア |
| ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 解像度: 2.25→7 Å / σ(F): 2 /
| ||||||||||||
Refine Biso |
| ||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.25→7 Å
| ||||||||||||
精密化 | *PLUS 最高解像度: 2.25 Å / 最低解像度: 7 Å / σ(F): 2 / Rfactor obs: 0.182 / Rfactor Rwork: 0.182 | ||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS |