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- PDB-13pk: TERNARY COMPLEX OF PHOSPHOGLYCERATE KINASE FROM TRYPANOSOMA BRUCEI -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 13pk
タイトルTERNARY COMPLEX OF PHOSPHOGLYCERATE KINASE FROM TRYPANOSOMA BRUCEI
要素3-PHOSPHOGLYCERATE KINASEPhosphoglycerate kinase
キーワードKINASE (キナーゼ) / PHOSPHOGLYCERATE / TERNARY COMPLEX / GLYCOLYSIS (解糖系) / TRANSFERASE (転移酵素)
機能・相同性
機能・相同性情報


phosphoglycerate kinase / phosphoglycerate kinase activity / glycosome / glycolytic process / リン酸化 / ATP binding
類似検索 - 分子機能
Phosphoglycerate kinase, euglenozoa / Phosphoglycerate kinase, N-terminal domain / Phosphoglycerate kinase / Phosphoglycerate kinase, N-terminal / Phosphoglycerate kinase, conserved site / Phosphoglycerate kinase superfamily / Phosphoglycerate kinase / Phosphoglycerate kinase signature. / ロスマンフォールド / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
3-ホスホグリセリン酸 / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / リン酸塩 / Phosphoglycerate kinase, glycosomal
類似検索 - 構成要素
生物種Trypanosoma brucei (トリパノソーマ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Bernstein, B.E. / Michels, P.A.M. / Hol, W.G.J.
引用ジャーナル: Nature / 年: 1997
タイトル: Synergistic effects of substrate-induced conformational changes in phosphoglycerate kinase activation.
著者: Bernstein, B.E. / Michels, P.A. / Hol, W.G.
履歴
登録1996年11月23日処理サイト: BNL
改定 1.01997年12月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年8月2日Group: Database references / Derived calculations ...Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status ...database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.process_site / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 3-PHOSPHOGLYCERATE KINASE
B: 3-PHOSPHOGLYCERATE KINASE
C: 3-PHOSPHOGLYCERATE KINASE
D: 3-PHOSPHOGLYCERATE KINASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)181,54820
ポリマ－178,8004
非ポリマー2,74816
水10,791599
1
A: 3-PHOSPHOGLYCERATE KINASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,5276
ポリマ－44,7001
非ポリマー8285
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: 3-PHOSPHOGLYCERATE KINASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,3384
ポリマ－44,7001
非ポリマー6383
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: 3-PHOSPHOGLYCERATE KINASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,4366
ポリマ－44,7001
非ポリマー7365
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: 3-PHOSPHOGLYCERATE KINASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,2464
ポリマ－44,7001
非ポリマー5463
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)113.213, 115.959, 171.327
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID
11
22
/ NCSアンサンブル:
ID
1
2

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要素

-
タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質
3-PHOSPHOGLYCERATE KINASE / Phosphoglycerate kinase / PGK


分子量: 44699.984 Da / 分子数: 4
変異: TRUNCATION OF T. BRUCEI SPECIFIC C-TERMINAL SEQUENCE
由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Trypanosoma brucei (トリパノソーマ)
Organelle: GLYCOSOME / Variant: GLYCOSOMAL VERSION / プラスミド: PET21A / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: P07378, phosphoglycerate kinase

-
非ポリマー , 5種, 615分子

#2: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物
ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト / リン酸塩


分子量: 94.971 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#4: 化合物
ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP / アデノシン二リン酸


分子量: 427.201 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O10P2 / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
#5: 化合物 ChemComp-3PG / 3-PHOSPHOGLYCERIC ACID / 3-ホスホグリセリン酸 / 3-ホスホグリセリン酸


分子量: 186.057 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H7O7P
#6: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 599 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.9 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.87 % / 解説: MR SOLUTION USED INDIVIDUAL DOMAINS SEPARATELY
結晶化手法: 蒸気拡散法 / pH: 8
詳細: VAPOR DIFFUSION BY MIXING EQUAL VOLUMES OF: PROTEIN: 6MG/ML PGK/25MM TRIS PH 7.5/10MM DTT/10MM MGADP/ 10MM 3- PGA WELL SOLUTION: 2.5 M SODIUM POTASSIUM PHOSPHATE PH 8.0, vapor diffusion
PH範囲: 7.5-8.0
結晶化
*PLUS
温度: 10 ℃ / 手法: 蒸気拡散法
詳細: drop solution was mixed with an equal volume of reservoir solution
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
16 mg/mlprotein1drop
210 mM3-PGA1drop
310 mMMgADP1drop
425 mMTris-HCl1drop
550 mM1dropNaCl
610 mMdithiothreitol1drop
72.5 Mpotassium sodium phosphate1reservoir

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL7-1 / 波長: 1
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1996年6月1日
放射単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→30 Å / Num. obs: 73223 / % possible obs: 98.5 % / Observed criterion σ(I): 2 / Rsym value: 0.061
反射 シェル解像度: 2.5→2.53 Å / Rsym value: 0.328
反射
*PLUS
Rmerge(I) obs: 0.061
反射 シェル
*PLUS
Rmerge(I) obs: 0.328

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
X-PLOR3.8モデル構築
X-PLOR3.8精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
X-PLOR3.8位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1PHP

1php


解像度: 2.5→8 Å / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.291 2549 6.6 %RANDOM
Rwork0.2206 ---
obs0.2206 73223 98.5 %-
原子変位パラメータBiso mean: 47 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-16.65 Å20 Å20 Å2
2---5.29 Å20 Å2
3----11.36 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数12484 0 168 599 13251
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.012
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.6
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d24.3
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d1.55
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it1.5
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it2
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it2
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it2.5
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDNCS model detailsRefine-IDRms dev position (Å)
11RESTRAINTSX-RAY DIFFRACTION100
22X-RAY DIFFRACTION50
LS精密化 シェル解像度: 2.5→2.53 Å / Total num. of bins used: 25 /
Rfactor反射数
Rfree0.362 185
Rwork0.338 2497
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PARAM19X.PROTOPH19X.PRO
X-RAY DIFFRACTION2
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / バージョン: 3.8 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_deg24.3
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_deg1.55
LS精密化 シェル
*PLUS
Rfactor obs: 0.338

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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