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- PDB-11bg: A POTENTIAL ALLOSTERIC SUBSITE GENERATED BY DOMAIN SWAPPING IN BO... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 11bg
タイトルA POTENTIAL ALLOSTERIC SUBSITE GENERATED BY DOMAIN SWAPPING IN BOVINE SEMINAL RIBONUCLEASE
要素PROTEIN (BOVINE SEMINAL RIBONUCLEASE)
キーワードHYDROLASE (加水分解酵素) / PHOSPHORIC DIESTER / RNA (リボ核酸)
機能・相同性
機能・相同性情報


: / pancreatic ribonuclease / ribonuclease A activity / RNA nuclease activity / 代謝 / nucleic acid binding / lyase activity / defense response to Gram-positive bacterium / extracellular region / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
P-30 Protein / Ribonuclease A-like domain / Pancreatic ribonuclease / Ribonuclease A, active site / Ribonuclease A-domain / Ribonuclease A-like domain superfamily / Pancreatic ribonuclease / Pancreatic ribonuclease family signature. / Pancreatic ribonuclease / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
URIDYLYL-2'-5'-PHOSPHO-GUANOSINE / Seminal ribonuclease / Seminal ribonuclease
類似検索 - 構成要素
生物種Bos taurus (ウシ)
手法X線回折 / その他 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Vitagliano, L. / Adinolfi, S. / Sica, F. / Merlino, A. / Zagari, A. / Mazzarella, L.
引用
ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1999
タイトル: A potential allosteric subsite generated by domain swapping in bovine seminal ribonuclease.
著者: Vitagliano, L. / Adinolfi, S. / Sica, F. / Merlino, A. / Zagari, A. / Mazzarella, L.
#1: ジャーナル: J.Cryst.Growth / 年: 1999
タイトル: Crystallization of Multiple Forms of Bovine Seminal Ribonuclease in the Liganded and Unliganded State
著者: Sica, F. / Adinolfi, S. / Berisio, R. / De Lorenzo, C. / Mazzarella, L. / Piccoli, R. / Vitagliano, L. / Zagari, A.
#2: ジャーナル: Protein Sci. / 年: 1998
タイトル: Binding of a substrate analog to a domain swapping protein: X-ray structure of the complex of bovine seminal ribonuclease with uridylyl(2',5')adenosine.
著者: Vitagliano, L. / Adinolfi, S. / Riccio, A. / Sica, F. / Zagari, A. / Mazzarella, L.
#3: ジャーナル: J.Cryst.Growth / 年: 1997
タイトル: Cosolute Effect on Crystallization of Two Dinucleotide Complexes of Bovine Seminal Ribonuclease from Concentrated Salt Solutions
著者: Sica, F. / Adinolfi, S. / Vitagliano, L. / Zagari, A. / Capasso, S. / Mazzarella, L.
#4: ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 1995
タイトル: Swapping structural determinants of ribonucleases: an energetic analysis of the hinge peptide 16-22.
著者: Mazzarella, L. / Vitagliano, L. / Zagari, A.
#5: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 1993
タイトル: Bovine seminal ribonuclease: structure at 1.9 A resolution.
著者: Mazzarella, L. / Capasso, S. / Demasi, D. / Di Lorenzo, G. / Mattia, C.A. / Zagari, A.
履歴
登録1999年3月11日登録サイト: PDBE / 処理サイト: RCSB
改定 1.01999年11月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月26日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32011年11月16日Group: Atomic model
改定 1.42019年11月6日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI ..._citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.52023年8月9日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PROTEIN (BOVINE SEMINAL RIBONUCLEASE)
B: PROTEIN (BOVINE SEMINAL RIBONUCLEASE)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,39114
ポリマ－27,2652
非ポリマー3,12612
水2,234124
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7890 Å2
ΔGint-140 kcal/mol
Surface area12690 Å2
手法PISA
2
A: PROTEIN (BOVINE SEMINAL RIBONUCLEASE)
B: PROTEIN (BOVINE SEMINAL RIBONUCLEASE)
ヘテロ分子

A: PROTEIN (BOVINE SEMINAL RIBONUCLEASE)
B: PROTEIN (BOVINE SEMINAL RIBONUCLEASE)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)60,78328
ポリマ－54,5314
非ポリマー6,25224
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_566x,-y+1,-z+11
Buried area18060 Å2
ΔGint-337 kcal/mol
Surface area23460 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)36.400, 66.700, 107.700
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Cell settingorthorhombic
Space group name H-MP22121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-129-

SO4

21A-319-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 PROTEIN (BOVINE SEMINAL RIBONUCLEASE)


分子量: 13632.640 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: BOVINE (BOS TAURUS) SEMINAL FLUID / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ)
参照: UniProt: RNS_BOVIN, UniProt: P00669*PLUS, EC: 3.1.27.5
#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン / 硫酸塩


分子量: 96.063 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物
ChemComp-U2G / URIDYLYL-2'-5'-PHOSPHO-GUANOSINE / PHOSPHORIC ACID-2'-[2'-DEOXY-URIDINE]ESTER-5'-GUANOSINE ESTER / 5′-O-(2′-ウリジリル)グアノシン


分子量: 589.407 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C19H24N7O13P
#4: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 124 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.68 %
結晶化pH: 4.8 / 詳細: pH 4.8
結晶化
*PLUS
温度: 20 ℃ / 手法: unknown / 詳細: nucleotide to protein molar ratio of 8:1
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
162-64 %satammonium sulfate11
28-10 %(v/v)MPD11
310 mg/mlprotein11

-
データ収集

回折平均測定温度: 298 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: ENRAF-NONIUS / 波長: 1.5418
検出器タイプ: MAC Science DIP-2030 / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1996年10月15日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: FILTER / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→20 Å / Num. obs: 20713 / % possible obs: 96.7 % / Observed criterion σ(I): 3 / 冗長度: 4.7 % / Rmerge(I) obs: 0.072
反射 シェル解像度: 1.9→1.93 Å / % possible all: 90.3
反射
*PLUS
Num. measured all: 97315
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 90 % / Rmerge(I) obs: 0.245

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
X-PLORモデル構築
X-PLOR3.1精密化
X-PLOR位相決定
精密化構造決定の手法: その他
開始モデル: 1BSR

1bsr


解像度: 1.9→12 Å / Data cutoff high absF: 10000000 / Data cutoff low absF: 0.001 / σ(F): 3 /
Rfactor反射数%反射
Rwork0.189 --
obs-19644 92.1 %
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→12 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1882 0 157 124 2163
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.016
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.84
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d25.3
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d1.7
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / バージョン: 3.1 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最低解像度: 12 Å / σ(F): 3 / Rfactor obs: 0.189
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_deg25.3
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_deg1.7

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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