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- PDB-11ba: BINDING OF A SUBSTRATE ANALOGUE TO A DOMAIN SWAPPING PROTEIN IN T... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 11ba
タイトルBINDING OF A SUBSTRATE ANALOGUE TO A DOMAIN SWAPPING PROTEIN IN THE COMPLEX OF BOVINE SEMINAL RIBONUCLEASE WITH URIDYLYL-2',5'-ADENOSINE
要素PROTEIN (RIBONUCLEASE, SEMINAL)
キーワードHYDROLASE (加水分解酵素) / PHOSPHORIC DIESTER / RNA (リボ核酸) / 2'-5'-DINUCLEOTIDE
機能・相同性
機能・相同性情報


pancreatic ribonuclease / ribonuclease A activity / RNA nuclease activity / 代謝 / nucleic acid binding / lyase activity / defense response to Gram-positive bacterium / extracellular region / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
P-30 Protein / Ribonuclease A-like domain / Pancreatic ribonuclease / Ribonuclease A, active site / Ribonuclease A-domain / Ribonuclease A-like domain superfamily / Pancreatic ribonuclease / Pancreatic ribonuclease family signature. / Pancreatic ribonuclease / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
URIDYLYL-2'-5'-PHOSPHO-ADENOSINE / : / Seminal ribonuclease
類似検索 - 構成要素
生物種Bos taurus (ウシ)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.06 Å
データ登録者Vitagliano, L. / Adinolfi, S. / Riccio, A. / Sica, F. / Zagari, A. / Mazzarella, L.
引用
ジャーナル: Protein Sci. / 年: 1998
タイトル: Binding of a substrate analog to a domain swapping protein: X-ray structure of the complex of bovine seminal ribonuclease with uridylyl(2',5')adenosine.
著者: Vitagliano, L. / Adinolfi, S. / Riccio, A. / Sica, F. / Zagari, A. / Mazzarella, L.
#1: ジャーナル: J.Cryst.Growth / 年: 1997
タイトル: Cosolute Effect on Crystallization of Two Dinucleotide Complexes of Bovine Seminal Ribonuclease from Concentrated Salt Solutions
著者: Sica, F. / Adinolfi, S. / Vitagliano, L. / Zagari, A. / Capasso, S. / Mazzarella, L.
#2: ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 1995
タイトル: Swapping structural determinants of ribonucleases: an energetic analysis of the hinge peptide 16-22.
著者: Mazzarella, L. / Vitagliano, L. / Zagari, A.
#3: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 1993
タイトル: Bovine seminal ribonuclease: structure at 1.9 A resolution.
著者: Mazzarella, L. / Capasso, S. / Demasi, D. / Di Lorenzo, G. / Mattia, C.A. / Zagari, A.
履歴
登録1999年3月17日登録サイト: PDBE / 処理サイト: RCSB
改定 1.01999年3月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12007年10月16日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32017年10月4日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.42019年11月6日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI ..._citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.52023年8月9日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PROTEIN (RIBONUCLEASE, SEMINAL)
B: PROTEIN (RIBONUCLEASE, SEMINAL)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,7007
ポリマ－27,2652
非ポリマー1,4355
水1,946108
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6120 Å2
ΔGint-65 kcal/mol
Surface area12840 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)49.450, 60.640, 50.750
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 117.35, 90.00
Int Tables number4
Cell settingmonoclinic
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper: (Code: given
Matrix: (-0.724319, 0.008343, -0.689414), (-0.023453, -0.999646, 0.012543), (-0.689066, 0.025254, 0.724258)
ベクター: 0.358, -0.549, -0.346)

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要素

#1: タンパク質 PROTEIN (RIBONUCLEASE, SEMINAL)


分子量: 13632.640 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: COMPLEXED WITH URIDYLYL-2',5'-ADENOSINE / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / Secretion: SEMINAL FLUID / 参照: UniProt: P00669, GenBank: 1438988, EC: 3.1.27.5
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン / 硫酸塩


分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物 ChemComp-UPA / URIDYLYL-2'-5'-PHOSPHO-ADENOSINE / 5′-O-(2′-ウリジリル)アデノシン


分子量: 573.407 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C19H24N7O12P
#4: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 108 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.48 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.36 %
結晶化pH: 4.8 / 詳細: pH 4.8
結晶化
*PLUS
温度: 20 ℃ / 手法: batch method
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細
162-64 %satammonium sulfate11
28-10 %(v/v)MPD11
310 mg/mlprotein11
4nucleotide/protein11molar ratio of 8:1

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データ収集

回折平均測定温度: 298 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.5418
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS II / 検出器: IMAGE PLATE / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: NI FILTER / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.06→10 Å / Num. obs: 15798 / % possible obs: 92 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3 % / Rmerge(I) obs: 0.059
反射 シェル解像度: 2.06→2.25 Å / % possible all: 91
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 91 %

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
bioteXデータ収集
bioteXデータ削減
X-PLORモデル構築
X-PLOR3.1精密化
bioteXデータスケーリング
X-PLOR位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1BSR

1bsr


解像度: 2.06→10 Å / Data cutoff high absF: 10000000 / Data cutoff low absF: 0.001 / σ(F): 2 /
Rfactor反射数%反射
Rwork0.184 --
obs-14764 92 %
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.06→10 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1882 0 93 108 2083
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.019
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg2.8
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d27.1
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d1.85
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / バージョン: 3.1 / 分類: refinement
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_deg27.1
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_deg1.85
X-RAY DIFFRACTIONx_plane_restr0.008
X-RAY DIFFRACTIONx_chiral_restr0.117

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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